Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,266,306 – 5,266,416 |
Length | 110 |
Max. P | 0.993187 |
Location | 5,266,306 – 5,266,416 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 5 |
Columns | 110 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.09 |
Mean single sequence MFE | -29.26 |
Consensus MFE | -21.49 |
Energy contribution | -21.17 |
Covariance contribution | -0.32 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -2.46 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 1.09 |
SVM RNA-class probability | 0.913072 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5266306 110 + 22407834 CUAUUGAUUUUACAGAACUCAAUUGUUCCGAUCACUGAGUUCUAAUCAGUAUUCGUCAUUUAUAGAUCGGAGCUUAAUCUGAGAGGUAUUGGAACCUCUGACCGGAAUAU ..((((((((....))).)))))(((((((.((..(((((((..(((.(((.........))).)))..))))))).....((((((......)))))))).))))))). ( -29.90) >DroSec_CAF1 43009 110 + 1 CUAUUGAUUUUACAGAACUCAAUUGUUCCGAUCACUGAGUUCUAAUCAGCUUCGGUCAUUUGUAGAUCGGAGCUUAAUCUGAGAGGUAUUGGAACCUCUGGCCGGAAUAU ..((((((((....))).)))))(((((((..((..(.((((((((.((((((((((.......))))))))))....((....)).)))))))))..))..))))))). ( -34.70) >DroSim_CAF1 47645 110 + 1 CUAUUGAUUUUACAGAACUCAAUUGUUCCGAUCACUGAGUUCUAAUCAGCUUCGGUCAUUUAUAGAUCGGAGCUUAAUCUGAGAGGUAUUGGAACCUCUUACCGGAAUAU ....(((((....((((((((..((.......)).)))))))))))))(((((((((.......)))))))))....((((((((((......))))))...)))).... ( -33.60) >DroEre_CAF1 36325 109 + 1 GUAUUGAUUUUACAAAACUCAAUUAGU-CGAUCACUGAGUUUUAAUCAGCAUCUGCCAUUUACAGAUCAGAGCUUAAUCUGAAAGGUACUGGUACCUCUAGCCGGAAUAU ...((((((....((((((((......-.......))))))))))))))..((((.(.........(((((......))))).(((((....)))))...).)))).... ( -21.42) >DroYak_CAF1 45456 110 + 1 AUAUUGAUUUUACAAAACUCAAUUGUUCCGAUCACUGAGUUCUAAUCAGUAUUCGGCAUUUAUAGAUCAGAGCUUGAUCUGGAAGGUAUUAGAACCUCUAGUCGGAAUAU ..(((((.((.....)).)))))((((((((.....(((((((.(((.(((.........))).))).)))))))...(((((.(((......)))))))))))))))). ( -26.70) >consensus CUAUUGAUUUUACAGAACUCAAUUGUUCCGAUCACUGAGUUCUAAUCAGCAUCCGUCAUUUAUAGAUCGGAGCUUAAUCUGAGAGGUAUUGGAACCUCUAGCCGGAAUAU ..((((((((....))).)))))(((((((.....((((((((.(((.................))).)))))))).....((((((......))))))...))))))). (-21.49 = -21.17 + -0.32)
Location | 5,266,306 – 5,266,416 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 5 |
Columns | 110 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 89.09 |
Mean single sequence MFE | -27.60 |
Consensus MFE | -22.84 |
Energy contribution | -22.36 |
Covariance contribution | -0.48 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -2.46 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 2.38 |
SVM RNA-class probability | 0.993187 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5266306 110 - 22407834 AUAUUCCGGUCAGAGGUUCCAAUACCUCUCAGAUUAAGCUCCGAUCUAUAAAUGACGAAUACUGAUUAGAACUCAGUGAUCGGAACAAUUGAGUUCUGUAAAAUCAAUAG .(((((..(((((((((......)))))..(((((.......))))).....))))))))).(((((((((((((((..........)))))))))))....)))).... ( -28.00) >DroSec_CAF1 43009 110 - 1 AUAUUCCGGCCAGAGGUUCCAAUACCUCUCAGAUUAAGCUCCGAUCUACAAAUGACCGAAGCUGAUUAGAACUCAGUGAUCGGAACAAUUGAGUUCUGUAAAAUCAAUAG ...........((((((......))))))..((((.((((.((.((.......)).)).))))...(((((((((((..........)))))))))))...))))..... ( -28.80) >DroSim_CAF1 47645 110 - 1 AUAUUCCGGUAAGAGGUUCCAAUACCUCUCAGAUUAAGCUCCGAUCUAUAAAUGACCGAAGCUGAUUAGAACUCAGUGAUCGGAACAAUUGAGUUCUGUAAAAUCAAUAG ...........((((((......))))))..((((.((((.((.((.......)).)).))))...(((((((((((..........)))))))))))...))))..... ( -28.80) >DroEre_CAF1 36325 109 - 1 AUAUUCCGGCUAGAGGUACCAGUACCUUUCAGAUUAAGCUCUGAUCUGUAAAUGGCAGAUGCUGAUUAAAACUCAGUGAUCG-ACUAAUUGAGUUUUGUAAAAUCAAUAC ......((((.(((((((....)))))))((((......))))((((((.....))))))))))..(((((((((((.....-....)))))))))))............ ( -29.30) >DroYak_CAF1 45456 110 - 1 AUAUUCCGACUAGAGGUUCUAAUACCUUCCAGAUCAAGCUCUGAUCUAUAAAUGCCGAAUACUGAUUAGAACUCAGUGAUCGGAACAAUUGAGUUUUGUAAAAUCAAUAU .(((...((((.(((((......)))))..((((((.....)))))).......((((.((((((.......)))))).))))........))))..))).......... ( -23.10) >consensus AUAUUCCGGCCAGAGGUUCCAAUACCUCUCAGAUUAAGCUCCGAUCUAUAAAUGACCGAUGCUGAUUAGAACUCAGUGAUCGGAACAAUUGAGUUCUGUAAAAUCAAUAG ......((((.((((((......)))))).(((((.......))))).............))))..(((((((((((..........)))))))))))............ (-22.84 = -22.36 + -0.48)
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