Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,260,501 – 5,260,620 |
Length | 119 |
Max. P | 0.999893 |
Location | 5,260,501 – 5,260,620 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 97.38 |
Mean single sequence MFE | -33.02 |
Consensus MFE | -32.71 |
Energy contribution | -33.02 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -2.18 |
Structure conservation index | 0.99 |
SVM decision value | 4.42 |
SVM RNA-class probability | 0.999893 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5260501 119 - 22407834 AAGAUUUAUUGACAUAAUGAAGACUAAUUCGCGCGUCUGUGGCCGAGCAUUUUGACAAUUAUUUAUGUUGUAUUAAGUUGUUUGGCGGCAGCGCGUGUAACGAUGUAAUUAAUUGCCAU- ..(((((((((.......(((......)))(((((.((((.(((((((((((..(((((.......)))))...))).)))))))).)))))))))....))))).)))).........- ( -35.60) >DroPse_CAF1 38583 120 - 1 AAGAUUUAUUGACAUAAUGAAGACUAAUUCGCGCGUCUGUGGCCGCACAUUUUGACAAUUAUUUAUGUUGUAUUAAGUUGUUUGGCGGCUGCGCGUGUAACGAUGUAAUUAAUUGCCAUU ..(((((((((.......(((......)))((((((..(..(((((((((((..(((((.......)))))...))).)))...)))))..)))))))..))))).)))).......... ( -28.50) >DroSim_CAF1 38815 119 - 1 AAGAUUUAUUGACAUAAUGAAGAAUAAUUCGCGCGUCUGUGGCCGAGCAUUUUGACAAUUAUUUAUGUUGUAUUAAGUUGUUUGGCGGCAGCGCGUGGAACGAUGUAAUUAAUUGCCAU- ..(((((((((.(.....)........((((((((.((((.(((((((((((..(((((.......)))))...))).)))))))).)))))))))))).))))).)))).........- ( -37.00) >DroYak_CAF1 39509 119 - 1 AAGAUUUAUUGACAUAAUGAAGACUAAUUCGCGCGUCUGUGGCCGAGCAUUUUGACAAUUAUUUAUGUUGUAUUAAGUUGUUUGGCGGCAGCGCGUGUAACGAUGUAAUUAAUUGCCAU- ..(((((((((.......(((......)))(((((.((((.(((((((((((..(((((.......)))))...))).)))))))).)))))))))....))))).)))).........- ( -35.60) >DroAna_CAF1 18765 119 - 1 AAGAUUUAUUGACAUAAUGAAGACUAAUUCGCGCGUCUGUGGUCGAGCAUUUUGACAAUUAUUUAUGUUGUAUUAAGUUGUUUGGCGGCAGCGCGUGUAACGAUGUAAUUAAUUGCCAU- ..(((((((((.......(((......)))(((((.((((.(((((((((((..(((((.......)))))...))).)))))))).)))))))))....))))).)))).........- ( -32.90) >DroPer_CAF1 38658 120 - 1 AAGAUUUAUUGACAUAAUGAAGACUAAUUCGCGCGUCUGUGGCCGCACAUUUUGACAAUUAUUUAUGUUGUAUUAAGUUGUUUGGCGGCUGCGCGUGUAACGAUGUAAUUAAUUGCCAUU ..(((((((((.......(((......)))((((((..(..(((((((((((..(((((.......)))))...))).)))...)))))..)))))))..))))).)))).......... ( -28.50) >consensus AAGAUUUAUUGACAUAAUGAAGACUAAUUCGCGCGUCUGUGGCCGAGCAUUUUGACAAUUAUUUAUGUUGUAUUAAGUUGUUUGGCGGCAGCGCGUGUAACGAUGUAAUUAAUUGCCAU_ ..(((((((((.......(((......)))(((((.((((.(((((((((((..(((((.......)))))...))).)))))))).)))))))))....))))).)))).......... (-32.71 = -33.02 + 0.31)
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