Locus 1896

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	5,199,997 – 5,200,157
Length	160
Max. P	0.816177

overview

Window 2

Location	5,199,997 – 5,200,117
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.78
Mean single sequence MFE	-58.97
Consensus MFE	-31.75
Energy contribution	-30.15
Covariance contribution	-1.60
Combinations/Pair	1.58
Mean z-score	-2.15
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	0.66
SVM RNA-class probability	0.816177
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5199997 120 - 22407834
UUCGCAUGGCGGUGGCCAGCGCGUCGUCACAAUGCCUGGCCAGCUCCUGCUGCUGCUCCUGCAAAGCCUUGCUCUGUUGUUCUCCCUGAUCCAAUUGCUGGAUCAUGGCAUCCAGGCGGU
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>DroVir_CAF1 117149 120 - 1
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>DroPse_CAF1 96515 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 137702 120 - 1
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>DroAna_CAF1 80244 120 - 1
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>DroPer_CAF1 91136 120 - 1
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>consensus
UGCGCAUGGCGGUGGCCAGGGCAUCGUCGCAGUGCCGGGACAGCUCCUGCUGCUGCUCCUGCAGAGCCUUGCUCUGCUGCUCGCCCUGGUCCAGCUGCUGGAGCAGAGCGUCCAGGCGGC
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	5,200,037 – 5,200,157
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.61
Mean single sequence MFE	-51.77
Consensus MFE	-32.35
Energy contribution	-33.80
Covariance contribution	1.45
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-1.84
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	0.18
SVM RNA-class probability	0.621175
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5200037 120 - 22407834
CGCAGAUUGCUUAUCCGCUGACCAAUGCUGGCCUGCUCCAUUCGCAUGGCGGUGGCCAGCGCGUCGUCACAAUGCCUGGCCAGCUCCUGCUGCUGCUCCUGCAAAGCCUUGCUCUGUUGU
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>DroVir_CAF1 117189 120 - 1
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>DroPse_CAF1 96555 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 137742 120 - 1
CGCAGAUUGCUGAUGCGCUGAUUGAUGCUCGCCUGCUCCAUGCGCAUGGCCGUGGCCAGUGCAUCGUCGCAGUACUGCAGCAGCUGCUGCUGCUGCGCCUUCAGCGCUGCGCUCUGCUGC
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>DroAna_CAF1 80284 120 - 1
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>DroPer_CAF1 91176 120 - 1
CGCAGAUUGUUAAUCCGCUGCCCGAUGCUGGCCUGCUCCAUGCGCAUGGCUGUGGCCAGGGCCUCGUCGCAGUGACGGGACAGCUGUUGCUGCUGCUCCUGCAGGGACUUGCUCUGCUGC
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>consensus
CGCAGAUUGCUAAUCCGCUGACCGAUGCUGGCCUGCUCCAUGCGCAUGGCGGUGGCCAGGGCAUCGUCGCAGUGCCGGGACAGCUCCUGCUGCUGCUCCUGCAGAGCCUUGCUCUGCUGC
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alignment

secondary structure

dotplot

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