Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,184,804 – 5,184,914 |
Length | 110 |
Max. P | 0.680089 |
Location | 5,184,804 – 5,184,914 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.11 |
Mean single sequence MFE | -34.82 |
Consensus MFE | -22.68 |
Energy contribution | -22.22 |
Covariance contribution | -0.47 |
Combinations/Pair | 1.43 |
Mean z-score | -1.24 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.30 |
SVM RNA-class probability | 0.680089 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5184804 110 + 22407834 ---CACCAACGC------UUGGUAACCUCGAUCAGUUGCGUCUGAAUCUGUAUCUGGACGAUUGGCAGCCAGCUAGUGUGGAUGCACAUUUGGCUGACGAUUUGUUCGAUGGAUUGAAA ---.((((....------.))))....((((((.(((((((((..((....))..)))))((((.(((((((...(((((....)))))))))))).)))).....)))).)))))).. ( -32.20) >DroVir_CAF1 101743 113 + 1 ---CAGCAGCGCCUG---UCAGCAGUCUCGAUCAGUUGCGUCUAAAUCUGUACCUGGAUGACUGGCAAACGGGCAGCAUCGAUGCAGAUUUAUUCGAGAGCAGCAUCGACAGACUGAAA ---..((((...)))---)...((((((((((..(((((.((((((((((((..(.((((.(((.(.....).))))))).)))))))))))...))..))))))))))..)))))... ( -37.20) >DroPse_CAF1 80403 119 + 1 CAGCACUAACACCGAGCAGUGGCAAUUUCGACCAGUUGCGGCUUAAUCUGUAUCUGGACGAUUGGCAAUCAGCUGGCGUCAAUGCAGAUUUAGUCGAGGACACUAUUGAGAGAUUGAAA .........(((......))).(((((((.....(((.(((((.(((((((((...((((.(..((.....))..))))).))))))))).)))))..))).(....).)))))))... ( -36.60) >DroSec_CAF1 62039 110 + 1 ---CACCAUCAC------UUGGCAACCUCGAUCAGUUGCGUCUGAAUCUGUAUCUGGACGAUUGGCAGCCAGCUAGUGUCGAUGCACAUUUGGCCAACGAUUUGUUCGACGGACUGAAA ---..(((....------.)))...((((((.(((...((((..(((.((((((..(((.((((((.....))))))))))))))).)))..)...)))..))).)))).))....... ( -31.00) >DroYak_CAF1 63410 110 + 1 ---CACCAUCGG------UUGGCAACCUCGAUCAGUUGCGUCUGAAUCUGUAUCUGGACGAUUGGCAGCCAGCUAGUGUUGAUGCAGAUUUGGCCGACAAUUUGUUCGACAGACUAAAU ---.......((------(((....).((((.((((((((.(..((((((((((..(((.((((((.....)))))))))))))))))))..).)).))).))).))))..)))).... ( -35.30) >DroPer_CAF1 74858 119 + 1 CAGCACCAACACCGAGCAGUGGCAAUUUCGACCAGUUGCGGCUUAAUCUGUAUCUGGACGAUUGGCAAUCAGCUGGCGUCAAUGCAGAUUUAGUCGAGGACACUAUUGAGAGAUUGAAA .........(((......))).(((((((.....(((.(((((.(((((((((...((((.(..((.....))..))))).))))))))).)))))..))).(....).)))))))... ( -36.60) >consensus ___CACCAACAC______UUGGCAACCUCGAUCAGUUGCGUCUGAAUCUGUAUCUGGACGAUUGGCAACCAGCUAGCGUCGAUGCAGAUUUAGCCGACGACAUGAUCGACAGACUGAAA .....................(((((........)))))(.(((((((((((((..((((.(((((.....)))))))))))))))))))))).)........................ (-22.68 = -22.22 + -0.47)
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