Locus 1879

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	5,155,612 – 5,155,772
Length	160
Max. P	0.990572

overview

Window 9

Location	5,155,612 – 5,155,732
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.39
Mean single sequence MFE	-52.93
Consensus MFE	-44.01
Energy contribution	-42.93
Covariance contribution	-1.08
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-3.17
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	1.52
SVM RNA-class probability	0.961001
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5155612 120 + 22407834
GGUGAUCCGCGCCUGAGCGAGAACGUCGAUGAUCUGGUGCGCGUGCUCGACGGCCUCGGCGAAUUGGUCAAGGCCAAGUCGCAGAGCCUCGAGCAGACGCUGGCCCAGAUCGACGUUUAC
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>DroVir_CAF1 76146 120 + 1
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.....(((((......))).)).......((((((((.((((((((((((.(.((((((.....((((....))))...)))))).).))))))..))))..))))))))))........ ( -42.70)
>DroGri_CAF1 66475 120 + 1
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>DroWil_CAF1 42420 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 95688 120 + 1
GGUGAUCCGCGCCUGAGCGAAAAUGUUGACGAUUUGGUGCGCGUGCUCGAUGGCCUCGGUGAACUGGUGAAGACCAAGUCACAGAGUCUCGAGCAGACGCUGGCCCAAAUCGAUGUCUAU
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>DroAna_CAF1 40595 120 + 1
GGUGAUCCGCGCCUGAGCGAAAAUGUCGACGAUCUGGUGCGCGUGCUCGAUGGCUUGGGCGAAUUGGUCAAGGCCAAGUCGCAGAGCCUCGAGCAGACGCUAUCCCAGAUUGACGUCUAC
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>consensus
GGUGAUCCGCGCCUGAGCGAGAAUGUUGAUGAUUUGGUGCGCGUGCUCGAUGGCCUCGGCGAAUUGGUCAAGGCCAAAUCGCAGAGCCUCGAGCAGACGCUGGCCCAAAUCGAUGUCUAC
((((.....))))................((((((((.(((..(((((((.(((....((((..((((....))))..))))...))))))))))..)))....))))))))........ (-44.01 = -42.93 +  -1.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	5,155,612 – 5,155,732
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.39
Mean single sequence MFE	-48.80
Consensus MFE	-42.51
Energy contribution	-42.68
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-3.66
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	2.22
SVM RNA-class probability	0.990572
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5155612 120 - 22407834
GUAAACGUCGAUCUGGGCCAGCGUCUGCUCGAGGCUCUGCGACUUGGCCUUGACCAAUUCGCCGAGGCCGUCGAGCACGCGCACCAGAUCAUCGACGUUCUCGCUCAGGCGCGGAUCACC
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>DroVir_CAF1 76146 120 - 1
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>DroGri_CAF1 66475 120 - 1
GUAUACAUCGAUUUGGCUCAGCGUCUGCUCCAGGCUCUGCGAUUUGGAGCGAACCAAAUCGCCGAGACCAUCGAGCAAACGCACCAAAUCAUCAACAUUCUCGCUGAGGCGCGGAUCACC
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>DroWil_CAF1 42420 120 - 1
AUAGACAUCGAUUUGGGCCAGCGUUUGCUCGAGGCUCUGCGAUUUGGUUUUCACCACACCACCCAAGCCAUCGAGCACGCGCACCAAAUCAUCAACAUUCUCGCUAAGGCGUGGAUCACC
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>DroMoj_CAF1 95688 120 - 1
AUAGACAUCGAUUUGGGCCAGCGUCUGCUCGAGACUCUGUGACUUGGUCUUCACCAGUUCACCGAGGCCAUCGAGCACGCGCACCAAAUCGUCAACAUUUUCGCUCAGGCGCGGAUCACC
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>DroAna_CAF1 40595 120 - 1
GUAGACGUCAAUCUGGGAUAGCGUCUGCUCGAGGCUCUGCGACUUGGCCUUGACCAAUUCGCCCAAGCCAUCGAGCACGCGCACCAGAUCGUCGACAUUUUCGCUCAGGCGCGGAUCACC
((.((((...((((((....((((.(((((((((((..((((.((((......)))).))))...)))).))))))).)))).)))))))))).))...(((((......)))))..... ( -53.80)
>consensus
AUAGACAUCGAUUUGGGCCAGCGUCUGCUCGAGGCUCUGCGACUUGGCCUUGACCAAUUCGCCCAGGCCAUCGAGCACGCGCACCAAAUCAUCAACAUUCUCGCUCAGGCGCGGAUCACC
.........(((((((....((((.(((((((((((..((((.((((......)))).))))...)))).))))))).)))).)))))))......((((.(((....))).)))).... (-42.51 = -42.68 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	5,155,652 – 5,155,772
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.00
Mean single sequence MFE	-45.87
Consensus MFE	-31.80
Energy contribution	-32.83
Covariance contribution	1.03
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-2.34
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.19
SVM RNA-class probability	0.627926
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5155652 120 + 22407834
GCGUGCUCGACGGCCUCGGCGAAUUGGUCAAGGCCAAGUCGCAGAGCCUCGAGCAGACGCUGGCCCAGAUCGACGUUUACCAACAGCAGAUGCAGUCCCUGCGCCAGCGUAUCAUCCAGG
...(((((((.(((.((.((((.(((((....))))).)))).)))))))))))).((((((((.(((...((((((....))).((....)).))).))).)))))))).......... ( -55.50)
>DroVir_CAF1 76186 120 + 1
GCGUGCUCGAUGGUCUGGGCGAACUGGUCAAAGCCAAAUCUCAGAGUCUCGAGCAGACGCUAGCCCAAAUCGAUGUCUAUCAACAGCAAAUGCAAACGCUGCGCCAGCGUAUUAUACAGG
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>DroGri_CAF1 66515 120 + 1
GUUUGCUCGAUGGUCUCGGCGAUUUGGUUCGCUCCAAAUCGCAGAGCCUGGAGCAGACGCUGAGCCAAAUCGAUGUAUACCAACAGCAAAUGCAAACGCUCCGUCAGCGUAUUAUACAGG
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>DroWil_CAF1 42460 120 + 1
GCGUGCUCGAUGGCUUGGGUGGUGUGGUGAAAACCAAAUCGCAGAGCCUCGAGCAAACGCUGGCCCAAAUCGAUGUCUAUCAGCAGCAAAUGCAAACGCUGCGCCAACGGAUUAUACAGG
((((((((((.(((((..(((((.((((....)))).))))).)))))))))))..))))((((.......(((....))).(((((..........))))))))).............. ( -49.50)
>DroMoj_CAF1 95728 120 + 1
GCGUGCUCGAUGGCCUCGGUGAACUGGUGAAGACCAAGUCACAGAGUCUCGAGCAGACGCUGGCCCAAAUCGAUGUCUAUCAACAGCAAAUGCAAACGCUCCGCCAGCGUAUUAUACAGG
...(((((((.(((.((.((((..((((....))))..)))).)))))))))))).((((((((.......(((....)))....((....)).........)))))))).......... ( -43.50)
>DroPer_CAF1 47015 120 + 1
GCGUGCUCGAUGGCUUGGGUGAAUUGGUGAAGGCCAAGUCCCAGAGCCUCGAACAGACGCUCGCCCAGAUCGAUGUCUACCAGCAGCAGAUGCAAACGCUGCGGCAGCGCAUCAUCCAGG
(((((.((((.((((((((....(((((....)))))..)))).)))))))).)..))))...((..(((.(((((((.((.(((((..........))))))).)).))))))))..)) ( -45.40)
>consensus
GCGUGCUCGAUGGCCUCGGCGAAUUGGUGAAGGCCAAAUCGCAGAGCCUCGAGCAGACGCUGGCCCAAAUCGAUGUCUACCAACAGCAAAUGCAAACGCUGCGCCAGCGUAUUAUACAGG
...(((((((.(((....((((..((((....))))..))))...)))))))))).((((((((.........(((......)))((....)).........)))))))).......... (-31.80 = -32.83 +   1.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	5,155,652 – 5,155,772
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.00
Mean single sequence MFE	-46.84
Consensus MFE	-32.47
Energy contribution	-33.08
Covariance contribution	0.62
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-2.12
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.07
SVM RNA-class probability	0.570411
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5155652 120 - 22407834
CCUGGAUGAUACGCUGGCGCAGGGACUGCAUCUGCUGUUGGUAAACGUCGAUCUGGGCCAGCGUCUGCUCGAGGCUCUGCGACUUGGCCUUGACCAAUUCGCCGAGGCCGUCGAGCACGC
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>DroVir_CAF1 76186 120 - 1
CCUGUAUAAUACGCUGGCGCAGCGUUUGCAUUUGCUGUUGAUAGACAUCGAUUUGGGCUAGCGUCUGCUCGAGACUCUGAGAUUUGGCUUUGACCAGUUCGCCCAGACCAUCGAGCACGC
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>DroGri_CAF1 66515 120 - 1
CCUGUAUAAUACGCUGACGGAGCGUUUGCAUUUGCUGUUGGUAUACAUCGAUUUGGCUCAGCGUCUGCUCCAGGCUCUGCGAUUUGGAGCGAACCAAAUCGCCGAGACCAUCGAGCAAAC
............(((((.((((((..(((....(((((((((....))))))..)))...)))..)))))).(((((.(((((((((......))))))))).))).)).)).))).... ( -44.40)
>DroWil_CAF1 42460 120 - 1
CCUGUAUAAUCCGUUGGCGCAGCGUUUGCAUUUGCUGCUGAUAGACAUCGAUUUGGGCCAGCGUUUGCUCGAGGCUCUGCGAUUUGGUUUUCACCACACCACCCAAGCCAUCGAGCACGC
...........(((((((((((((........))))))((((....))))......)))))))..(((((((((((........((((....)))).........)))).)))))))... ( -40.93)
>DroMoj_CAF1 95728 120 - 1
CCUGUAUAAUACGCUGGCGGAGCGUUUGCAUUUGCUGUUGAUAGACAUCGAUUUGGGCCAGCGUCUGCUCGAGACUCUGUGACUUGGUCUUCACCAGUUCACCGAGGCCAUCGAGCACGC
..........((((((((..((((........))))((((((....))))))....)))))))).(((((((..(((.((((.(((((....))))).)))).)))....)))))))... ( -46.10)
>DroPer_CAF1 47015 120 - 1
CCUGGAUGAUGCGCUGCCGCAGCGUUUGCAUCUGCUGCUGGUAGACAUCGAUCUGGGCGAGCGUCUGUUCGAGGCUCUGGGACUUGGCCUUCACCAAUUCACCCAAGCCAUCGAGCACGC
((..(((((((..(((((((((((........)))))).))))).)))).)))..))...((((..((((((((((.((((..((((......))))....)))))))).)))))))))) ( -54.70)
>consensus
CCUGUAUAAUACGCUGGCGCAGCGUUUGCAUUUGCUGUUGAUAGACAUCGAUUUGGGCCAGCGUCUGCUCGAGGCUCUGCGACUUGGCCUUCACCAAUUCACCCAGGCCAUCGAGCACGC
..........((((((((((((((........))))))((((....))))......)))))))).(((((((((((..(.((.((((......)))).)).)...)))).)))))))... (-32.47 = -33.08 +   0.62)

alignment

secondary structure

dotplot

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