Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,134,166 – 5,134,286 |
Length | 120 |
Max. P | 0.771841 |
Location | 5,134,166 – 5,134,286 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.28 |
Mean single sequence MFE | -45.07 |
Consensus MFE | -22.37 |
Energy contribution | -21.79 |
Covariance contribution | -0.58 |
Combinations/Pair | 1.48 |
Mean z-score | -2.32 |
Structure conservation index | 0.50 |
SVM decision value | 0.53 |
SVM RNA-class probability | 0.771841 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5134166 120 - 22407834 CCUUCGGUUGCUGUGGACCCAUAGCACUUCUCGCCCAGCUCAACGGUGCUAUUUAGAAGCUGAGUAGCUGUUGGCUGCUGGGCCAGAAGCUCCUGGAUGACCACUUGUUUCUUGAGAAGA .(....).(((((((....)))))))(((((((((((((((((((..(((((((((...)))))))))))))))..))))))).((((((...(((....)))...)))))).)))))). ( -53.30) >DroVir_CAF1 50692 120 - 1 CCUUCUUUGGCCGUUGAGCUAUAGCACUUUUCGCCCAAUUCCACGGUGCUGUUCAGCAGCUGCGUAGCCGUGGGCUGCUGUGCCAGCAGCUCCUGUAUGACCAGCUGCUUCUUGAGAAGA .((((((.(((.(((((((...((((((................)))))))))))))(((((.((.((.(.(((((((((...)))))))))).))...))))))))))....)))))). ( -46.19) >DroGri_CAF1 42479 120 - 1 CCAUCCGUUGCUGUUGAACUGUAGCACUUCUCACCCAGUUCGACGGUGCUAUUUAGGAGUUGUGUGGCGGUCGGUUGCUGUGCCAGCAACUCCUGUAUGACCAGUUGCUUCUUGAGCAGA .........((((((((((((..............))))))))))))..(((.((((((((((.(((((..(((...)))))))))))))))))).))).....((((((...)))))). ( -39.84) >DroWil_CAF1 16943 120 - 1 CCCUCAGUUGCGGUUGAACCAUAACACUUUUCACCCAAUUCCACAGUACUAUUAAGCAGUUGUGUGGCUGUAGGCUGUUGGGCCAACAAUUCUUGGAUUACCAAUUGUUUCUUGAGUAAA ..(((((..(((((((.................((((((.(((((((........(((....))).))))).))..))))))((((......)))).....)))))))..).)))).... ( -28.40) >DroMoj_CAF1 70284 120 - 1 CCUUCGGUGGCUGUGGAGCUAUAGCACUUUUCACCCAGCUCCACGGUGCUAUUCAGCAGCUGGGUUGCCGUGGGCUGCUGUGCCAGCAGCUCCUGGAUGAUCAGCUGUUUCUUGAGCAGA .(....)..(((((((((((................)))))))))))(((....(((((((((....(((.(((((((((...))))))))).)))....))))))))).....)))... ( -53.89) >DroAna_CAF1 18092 120 - 1 CCUUCGGUCGCGGUGGAUCCGUAGCAUUUCUCGCCAAGCUCCACAGUGCUGUUGAGUAGCUGCGUGGCCGUGGGCUGCUGUGCCAGAAGUUCUUGGAUAACCACUUGCUUCUUCAGCAGA (((.(((((((((.....))(((((....((((...(((........)))..))))..)))))))))))).)))((((((....((((((...(((....)))...)))))).)))))). ( -48.80) >consensus CCUUCGGUUGCUGUGGAACCAUAGCACUUCUCACCCAGCUCCACGGUGCUAUUCAGCAGCUGCGUGGCCGUGGGCUGCUGUGCCAGCAGCUCCUGGAUGACCAGUUGCUUCUUGAGCAGA ....................((((((((................))))))))..((((((((.((..(((..((((((((...))))))))..)))...))))))))))........... (-22.37 = -21.79 + -0.58)
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