Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,122,735 – 5,122,855 |
Length | 120 |
Max. P | 0.995931 |
Location | 5,122,735 – 5,122,855 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 87.89 |
Mean single sequence MFE | -40.35 |
Consensus MFE | -36.99 |
Energy contribution | -35.83 |
Covariance contribution | -1.16 |
Combinations/Pair | 1.36 |
Mean z-score | -2.69 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 2.63 |
SVM RNA-class probability | 0.995931 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5122735 120 + 22407834 CAUCAAGGCGAACCUGGUCAAUUUGGCUGAGCUGAAGAAGACCAGCAACCGUCAGCGUUUGGAGACCGCUUUCGAUGUGGCCGAAAGCAAAUUGGGCAUUGCCAAGCUCCUGGACGCUGA ......((((...((((((..((..((...))..))...))))))....))))(((((((((((...(((((((.......)))))))...((((......)))).)))).))))))).. ( -45.00) >DroGri_CAF1 30893 120 + 1 AAUCAAAGCGAAUCUGGUCAAUUUAGCUGAGCUAAAGAAGGCCAGCAAUCGUCAGCGUUUAGAGACUGCUUUCGAUGUGGCCGAAAACAAAUUGGGCAUUGCCAAACUUUUAGACGCUGA .......((((..((((((..((((((...))))))...))))))...))))((((((((((((..((.(((((.......))))).))..((((......))))..)))))))))))). ( -38.10) >DroWil_CAF1 5542 120 + 1 CAUUAAAGCGAAUUUGGUUAAUUUAGCUGAGCUAAAGAAGGCCAGCAAUCGUCAACGUUUGGAAACUGCUUUCGAUGUGGCCGAAAGUAAAUUAGGUAUUGCCAAACUUUUAGAUGCCGA .............(((((..(((((((((.(((......)))))))..........((((((..((((((((((.......)))))))......)))....))))))...)))))))))) ( -28.20) >DroMoj_CAF1 58790 120 + 1 AAUUAAAGCGAAUCUGGUUAAUUUAGCUGAGCUAAAGAAGACCAGCAAUCGUCAGCGUUUGGAAACAGCUUUCGAUGUGGCCGAAAGCAAAUUGGGCAUUGCCAAAAUUUUGGACGCUGA .......((((..((((((..((((((...))))))...))))))...))))(((((((..(((...(((((((.......)))))))...((((......))))..)))..))))))). ( -43.80) >DroAna_CAF1 6667 120 + 1 CAUCAAGGCGAACCUGGUCAACUUGGCUGAGUUGAAGAAGACCAGCAACCGUCAGCGAUUGGAGACUGCUUUCGAUGUGGCCGAGAGCAAGCUGGGCAUUGCCAAGCUCCUAGACGCUGA ......((((...((((((..(((.(......).)))..))))))....))))((((.((((.((.((((((((.......)))))))).(((.(((...))).))))))))).)))).. ( -40.90) >DroPer_CAF1 8772 120 + 1 CAUAAAAGCGAAUCUGGUCAAUUUAGCAGAGCUAAAGAAGACCAGCAAUCGUCAGCGUUUGGAGACAGCUUUCGAUGUGGCCGAAAGCAAGUUGGGCAUUGCCAAACUAUUGGACGCUGA .......((((..((((((..((((((...))))))...))))))...))))(((((((..(.....(((((((.......))))))).((((.(((...))).)))).)..))))))). ( -46.10) >consensus CAUCAAAGCGAAUCUGGUCAAUUUAGCUGAGCUAAAGAAGACCAGCAAUCGUCAGCGUUUGGAGACUGCUUUCGAUGUGGCCGAAAGCAAAUUGGGCAUUGCCAAACUUUUAGACGCUGA .......((((..((((((..((((((...))))))...))))))...))))((((((((((.....(((((((.......)))))))......(((...)))......)))))))))). (-36.99 = -35.83 + -1.16)
Location | 5,122,735 – 5,122,855 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 87.89 |
Mean single sequence MFE | -35.17 |
Consensus MFE | -29.91 |
Energy contribution | -31.58 |
Covariance contribution | 1.67 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.12 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 0.83 |
SVM RNA-class probability | 0.861398 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5122735 120 - 22407834 UCAGCGUCCAGGAGCUUGGCAAUGCCCAAUUUGCUUUCGGCCACAUCGAAAGCGGUCUCCAAACGCUGACGGUUGCUGGUCUUCUUCAGCUCAGCCAAAUUGACCAGGUUCGCCUUGAUG (((((((...((((((.(((...)))......((((((((.....)))))))))).))))..))))))).(((((((((......)))))..)))).......(.(((....))).)... ( -40.40) >DroGri_CAF1 30893 120 - 1 UCAGCGUCUAAAAGUUUGGCAAUGCCCAAUUUGUUUUCGGCCACAUCGAAAGCAGUCUCUAAACGCUGACGAUUGCUGGCCUUCUUUAGCUCAGCUAAAUUGACCAGAUUCGCUUUGAUU (((((((.((.(((((.(((...))).)))))((((((((.....))))))))......)).)))))))(((...((((.(...((((((...))))))..).))))..)))........ ( -33.80) >DroWil_CAF1 5542 120 - 1 UCGGCAUCUAAAAGUUUGGCAAUACCUAAUUUACUUUCGGCCACAUCGAAAGCAGUUUCCAAACGUUGACGAUUGCUGGCCUUCUUUAGCUCAGCUAAAUUAACCAAAUUCGCUUUAAUG ............(((((((...................((((((((((..(((.(((....))))))..))).)).)))))...((((((...))))))....))))))).......... ( -23.10) >DroMoj_CAF1 58790 120 - 1 UCAGCGUCCAAAAUUUUGGCAAUGCCCAAUUUGCUUUCGGCCACAUCGAAAGCUGUUUCCAAACGCUGACGAUUGCUGGUCUUCUUUAGCUCAGCUAAAUUAACCAGAUUCGCUUUAAUU (((((((...(((((..(((...))).)))))((((((((.....)))))))).........)))))))(((...(((((....((((((...))))))...)))))..)))........ ( -34.50) >DroAna_CAF1 6667 120 - 1 UCAGCGUCUAGGAGCUUGGCAAUGCCCAGCUUGCUCUCGGCCACAUCGAAAGCAGUCUCCAAUCGCUGACGGUUGCUGGUCUUCUUCAACUCAGCCAAGUUGACCAGGUUCGCCUUGAUG ((((((....((((((.(((...))).)))(((((.((((.....)))).)))))..)))...)))))).(((..((((((..(((..........)))..))))))....)))...... ( -37.90) >DroPer_CAF1 8772 120 - 1 UCAGCGUCCAAUAGUUUGGCAAUGCCCAACUUGCUUUCGGCCACAUCGAAAGCUGUCUCCAAACGCUGACGAUUGCUGGUCUUCUUUAGCUCUGCUAAAUUGACCAGAUUCGCUUUUAUG (((((((.....((((.(((...))).)))).((((((((.....)))))))).........)))))))(((...((((((...((((((...))))))..))))))..)))........ ( -41.30) >consensus UCAGCGUCCAAAAGUUUGGCAAUGCCCAAUUUGCUUUCGGCCACAUCGAAAGCAGUCUCCAAACGCUGACGAUUGCUGGUCUUCUUUAGCUCAGCUAAAUUGACCAGAUUCGCUUUGAUG (((((((....(((((.(((...))).)))))((((((((.....)))))))).........)))))))(((...((((((...((((((...))))))..))))))..)))........ (-29.91 = -31.58 + 1.67)
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