Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,121,847 – 5,121,963 |
Length | 116 |
Max. P | 0.789066 |
Location | 5,121,847 – 5,121,963 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 86.67 |
Mean single sequence MFE | -36.85 |
Consensus MFE | -30.16 |
Energy contribution | -29.72 |
Covariance contribution | -0.44 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -2.25 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 0.58 |
SVM RNA-class probability | 0.789066 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5121847 116 + 22407834 GCAAACGAAUCAAGUUGGUCAAUAUCAAUCCCGCAGAUCUGGUGGAUGGGAGACCACCAGUUGUGUUGGGCUUGAUAUGGACGAUCAUCUUGUACUUCCAGGUAAGCAUGCCUUAU---- ......(((.((((.(((((.(((((((.((((((.(.(((((((........))))))).).)).)))).)))))))....))))).))))...))).(((((....)))))...---- ( -40.40) >DroVir_CAF1 38245 118 + 1 GCAAACGCAUCAAAUUGGUCAAUAUUAAUCCCGCAGAUCUGGUGGAUGGGAGACCACCAGUUGUGUUGGGUCUGAUAUGGACGAUCAUAUUGUACUUCCAGGUGAG--UUAGAAUCCUAA ((....)).........(((.((((((..((((((.(.(((((((........))))))).).)).))))..)))))).)))(((..((...((((....))))..--.))..))).... ( -33.30) >DroGri_CAF1 29956 117 + 1 GCAAACGCAUCAAGUUGGUCAAUAUUAAUCCCGCAGAUCUGGUGGAUGGGAGACCACCAGUUGUGUUGGGUCUGAUAUGGACGAUCAUAUUGUACUUCCAGGUGAG--UUA-AACACUAU ...(((.((((..(.(.(((.((((((..((((((.(.(((((((........))))))).).)).))))..)))))).))).).)....((......)))))).)--)).-........ ( -33.20) >DroWil_CAF1 4426 116 + 1 GCAAACGCAUCAAAUUGGUCAAUAUUAACCCGGCAGAUCUGGUGGAUGGGAGACCACCAGUUGUGUUGGGUCUGAUAUGGACAAUUAUAUUGUACUUCCAGGUAAGAAAUGAAACA---- ((....)).........(((.((((((((((((((.(.(((((((........))))))).).)))))))).)))))).)))..((((.((.((((....)))).)).))))....---- ( -36.90) >DroMoj_CAF1 57847 120 + 1 GCAAACGUAUCAAAUUAGUCAAUAUUAAUCCCGCAGAUCUGGUGGAUGGGAGACCACCAGUUGUGCUGGGUCUGAUAUGGACGAUUAUAUUGUACUUCCAGGUGAGCAUUUCAGUACUGA .........(((.....(((.((((((..((((((.(.(((((((........))))))).).))).)))..)))))).))).........(((((.....(....).....)))))))) ( -34.50) >DroAna_CAF1 5751 116 + 1 GCAAACGGAUCAAGUUGGUCAAUAUUAAUCCCGCAGAUCUGGUGGAUGGGAGACCACCAGUUGUGCUGGGCUUGAUAUGGACGAUCAUCUUGUACUUCCAGGUAAUUAAUCCGAAA---- .....(((((((((.(((((.(((((((.((((((.(.(((((((........))))))).).))).))).)))))))....))))).))))((((....))))....)))))...---- ( -42.80) >consensus GCAAACGCAUCAAAUUGGUCAAUAUUAAUCCCGCAGAUCUGGUGGAUGGGAGACCACCAGUUGUGUUGGGUCUGAUAUGGACGAUCAUAUUGUACUUCCAGGUAAG_AUUACAAAA____ .................(((.((((((..((((((.(.(((((((........))))))).).))).)))..)))))).)))..........((((....))))................ (-30.16 = -29.72 + -0.44)
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