Locus 1856

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 5,100,153 – 5,100,300
Length 147
Max. P 0.996533
window2991 window2992 window2993 window2994

overview

Window 1

Location 5,100,153 – 5,100,267
Length 114
Sequences 5
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.28
Mean single sequence MFE -36.72
Consensus MFE -29.02
Energy contribution -29.10
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.58
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 1.94
SVM RNA-class probability 0.983229
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5100153 114 + 22407834
AAAUUUGUACGCAAAAUGUAUUCUGACACGAAACACCCUGUAACUGUCAGGCUGACAGCGUCAGCUGGCCUAACAGCAAGCUAACGGCGCAGAUGUUAGUUUACAUUUACCGAU
.........((..(((((((..(((((((....((.((((.......)))).))...(((((((((.((......)).))))...))))).).))))))..)))))))..)).. ( -33.60)
>DroSec_CAF1 552 114 + 1
AAAUUUGUACGCAAAAUGUAUUGUGACACGAAACACCCUGUAGCUGUCAGGCUGACAGCGUCAGCUGGCCUAACAGCGAGCUAACAGCGCAGAUGUUAGUUUACAUUUACCGAU
.....(((.(((((......))))))))((............(((((.((((...((((....)))))))).)))))(((((((((.......)))))))))........)).. ( -34.20)
>DroSim_CAF1 552 114 + 1
AAAUUUGUACGCAAAAUGUAUUGUGACACGAAACACCCUGUAGCUGUCAGGCUGACAGCGUCAGCUGGCCUAACAGCGAGCUAACAGCGCAGAUGUUAGUUUACAUUUGCCGAU
.....(((.(((((......))))))))((.......((((.((((((.....))))))...((((.((......)).)))).)))).((((((((......)))))))))).. ( -36.40)
>DroEre_CAF1 551 114 + 1
AAAUUUGUUCGCAAAAUGUAUUGUGACAGGAUUCACCCUGUGGCUGUCAGGCUUACAGCGUCAGCUGGCCUAACAGCGUGUUUACAGAGCAGGUGUUAGUUUACAUUUUCCGAA
.......((((.((((((((((((((((((......))))).(((((.((((...((((....)))))))).))))).....)))))(((....)))....)))))))).)))) ( -37.70)
>DroYak_CAF1 548 114 + 1
AAAUUUGUUCGCAAAAUGUAUUGUGACAGGAAUCACCCUGUGGCUGUCAGGCUGACAGCGUCAGCUGGCUUAACAGCGAGCUAACGGCGCAGGUGUUAGUUUACAUUUUCCGAU
........(((.((((((((..((((......))))((((((((((((.....))))))((.((((.(((....))).)))).))..))))))........)))))))).))). ( -41.70)
>consensus
AAAUUUGUACGCAAAAUGUAUUGUGACACGAAACACCCUGUAGCUGUCAGGCUGACAGCGUCAGCUGGCCUAACAGCGAGCUAACAGCGCAGAUGUUAGUUUACAUUUACCGAU
.........((..(((((((...(((((.(......)((((.(((((.((((...((((....)))))))).)))))..((.....)))))).)))))...)))))))..)).. (-29.02 = -29.10 +   0.08)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 2

Location 5,100,153 – 5,100,267
Length 114
Sequences 5
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.28
Mean single sequence MFE -40.40
Consensus MFE -30.56
Energy contribution -30.96
Covariance contribution 0.40
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -3.94
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 2.22
SVM RNA-class probability 0.990614
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5100153 114 - 22407834
AUCGGUAAAUGUAAACUAACAUCUGCGCCGUUAGCUUGCUGUUAGGCCAGCUGACGCUGUCAGCCUGACAGUUACAGGGUGUUUCGUGUCAGAAUACAUUUUGCGUACAAAUUU
....(((((((((..((.((((..((((((((((((.(((....))).)))))))((((((.....)))))).....)))))...)))).))..)))).))))).......... ( -38.80)
>DroSec_CAF1 552 114 - 1
AUCGGUAAAUGUAAACUAACAUCUGCGCUGUUAGCUCGCUGUUAGGCCAGCUGACGCUGUCAGCCUGACAGCUACAGGGUGUUUCGUGUCACAAUACAUUUUGCGUACAAAUUU
....(((((((((.....((((..((((((((((((.(((....))).)))))))((((((.....)))))).....)))))...)))).....)))).))))).......... ( -36.50)
>DroSim_CAF1 552 114 - 1
AUCGGCAAAUGUAAACUAACAUCUGCGCUGUUAGCUCGCUGUUAGGCCAGCUGACGCUGUCAGCCUGACAGCUACAGGGUGUUUCGUGUCACAAUACAUUUUGCGUACAAAUUU
....(((((((((.....((((..((((((((((((.(((....))).)))))))((((((.....)))))).....)))))...)))).....)))).))))).......... ( -38.50)
>DroEre_CAF1 551 114 - 1
UUCGGAAAAUGUAAACUAACACCUGCUCUGUAAACACGCUGUUAGGCCAGCUGACGCUGUAAGCCUGACAGCCACAGGGUGAAUCCUGUCACAAUACAUUUUGCGAACAAAUUU
((((.((((((((........((((....((....))((((((((((((((....))))...))))))))))..))))((((......))))..)))))))).))))....... ( -41.80)
>DroYak_CAF1 548 114 - 1
AUCGGAAAAUGUAAACUAACACCUGCGCCGUUAGCUCGCUGUUAAGCCAGCUGACGCUGUCAGCCUGACAGCCACAGGGUGAUUCCUGUCACAAUACAUUUUGCGAACAAAUUU
.(((.((((((((........((((.(..(((((((.(((....))).)))))))((((((.....))))))).))))(((((....)))))..)))))))).)))........ ( -46.40)
>consensus
AUCGGAAAAUGUAAACUAACAUCUGCGCUGUUAGCUCGCUGUUAGGCCAGCUGACGCUGUCAGCCUGACAGCUACAGGGUGUUUCGUGUCACAAUACAUUUUGCGUACAAAUUU
..((..(((((((........((((.((.....))..((((((((((((((....))))...))))))))))..))))(((........)))..)))))))..))......... (-30.56 = -30.96 +   0.40)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 3

Location 5,100,188 – 5,100,300
Length 112
Sequences 5
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.38
Mean single sequence MFE -36.06
Consensus MFE -28.46
Energy contribution -28.94
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 1.22
SVM RNA-class probability 0.932504
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5100188 112 + 22407834
CCCUGUAACUGUCAGGCUGACAGCGUCAGCUGGCCUAACAGCAAGCUAACGGCGCAGAUGUUAGUUUACAUUUACCGAUCAGCGGUCACACUGGUUAUUUAAAAAUAGCUUA
........((((.((((...((((....)))))))).)))).((((((.(((...((((((......)))))).)))(((((.(....).)))))..........)))))). ( -32.60)
>DroSec_CAF1 587 112 + 1
CCCUGUAGCUGUCAGGCUGACAGCGUCAGCUGGCCUAACAGCGAGCUAACAGCGCAGAUGUUAGUUUACAUUUACCGAUCAGCGGUCACACUGGUUAUUUAAAAAUAGCUCA
.......(((((.((((...((((....)))))))).)))))((((((.......((((((......))))))...((((((.(....).)))))).........)))))). ( -38.40)
>DroSim_CAF1 587 112 + 1
CCCUGUAGCUGUCAGGCUGACAGCGUCAGCUGGCCUAACAGCGAGCUAACAGCGCAGAUGUUAGUUUACAUUUGCCGAUCAGCGGUCACACUGGUUAUUUAAAAAUAGCUUA
.......(((((.((((...((((....)))))))).)))))((((((...(.((((((((......)))))))))((((((.(....).)))))).........)))))). ( -42.20)
>DroEre_CAF1 586 111 + 1
CCCUGUGGCUGUCAGGCUUACAGCGUCAGCUGGCCUAACAGCGUGUUUACAGAGCAGGUGUUAGUUUACAUUUUCCGAACAGCGGUCACACUGGAUAUUUAAUU-UUUUUGA
.((.((((((((.((((...((((....)))))))).)))))((((..((..(((....))).))..))))...(((.....)))...))).))..........-....... ( -30.70)
>DroYak_CAF1 583 112 + 1
CCCUGUGGCUGUCAGGCUGACAGCGUCAGCUGGCUUAACAGCGAGCUAACGGCGCAGGUGUUAGUUUACAUUUUCCGAUCAACGGUCACUCUGGUUAUUUCAAAAUCGGGUA
.((((((((((((.....))))))((.((((.(((....))).)))).))..))))))................(((.....)))..((.((((((.......)))))))). ( -36.40)
>consensus
CCCUGUAGCUGUCAGGCUGACAGCGUCAGCUGGCCUAACAGCGAGCUAACAGCGCAGAUGUUAGUUUACAUUUACCGAUCAGCGGUCACACUGGUUAUUUAAAAAUAGCUUA
...(((.(((((.((((...((((....)))))))).)))))(((((((((.......))))))))))))......((((((.(....).))))))................ (-28.46 = -28.94 +   0.48)

alignment

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secondary structure

Postscript

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Window 4

Location 5,100,188 – 5,100,300
Length 112
Sequences 5
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.38
Mean single sequence MFE -36.53
Consensus MFE -31.12
Energy contribution -31.64
Covariance contribution 0.52
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.44
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 2.71
SVM RNA-class probability 0.996533
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5100188 112 - 22407834
UAAGCUAUUUUUAAAUAACCAGUGUGACCGCUGAUCGGUAAAUGUAAACUAACAUCUGCGCCGUUAGCUUGCUGUUAGGCCAGCUGACGCUGUCAGCCUGACAGUUACAGGG
.((((((............(((((....)))))..((((..((((......))))....)))).))))))((((((((((((((....))))...))))))))))....... ( -35.80)
>DroSec_CAF1 587 112 - 1
UGAGCUAUUUUUAAAUAACCAGUGUGACCGCUGAUCGGUAAAUGUAAACUAACAUCUGCGCUGUUAGCUCGCUGUUAGGCCAGCUGACGCUGUCAGCCUGACAGCUACAGGG
.((((((............(((((....)))))....(((.((((......)))).))).....))))))((((((((((((((....))))...))))))))))....... ( -40.20)
>DroSim_CAF1 587 112 - 1
UAAGCUAUUUUUAAAUAACCAGUGUGACCGCUGAUCGGCAAAUGUAAACUAACAUCUGCGCUGUUAGCUCGCUGUUAGGCCAGCUGACGCUGUCAGCCUGACAGCUACAGGG
..................((..((((...((((((.((((.((((......)))).))).).))))))..((((((((((((((....))))...)))))))))))))).)) ( -39.30)
>DroEre_CAF1 586 111 - 1
UCAAAAA-AAUUAAAUAUCCAGUGUGACCGCUGUUCGGAAAAUGUAAACUAACACCUGCUCUGUAAACACGCUGUUAGGCCAGCUGACGCUGUAAGCCUGACAGCCACAGGG
.......-...........(((.(((.(((.....))).....(....)...))))))((((((......((((((((((((((....))))...)))))))))).)))))) ( -31.30)
>DroYak_CAF1 583 112 - 1
UACCCGAUUUUGAAAUAACCAGAGUGACCGUUGAUCGGAAAAUGUAAACUAACACCUGCGCCGUUAGCUCGCUGUUAAGCCAGCUGACGCUGUCAGCCUGACAGCCACAGGG
...((((((........((....)).......))))))................((((.(..(((((((.(((....))).)))))))((((((.....))))))).)))). ( -36.06)
>consensus
UAAGCUAUUUUUAAAUAACCAGUGUGACCGCUGAUCGGAAAAUGUAAACUAACAUCUGCGCUGUUAGCUCGCUGUUAGGCCAGCUGACGCUGUCAGCCUGACAGCUACAGGG
..................((..((((...(((((.((((..((((......))))....)))))))))..((((((((((((((....))))...)))))))))))))))). (-31.12 = -31.64 +   0.52)

alignment

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