Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,073,879 – 5,073,999 |
Length | 120 |
Max. P | 0.943496 |
Location | 5,073,879 – 5,073,999 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.28 |
Mean single sequence MFE | -51.54 |
Consensus MFE | -43.14 |
Energy contribution | -43.28 |
Covariance contribution | 0.15 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -2.81 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 1.34 |
SVM RNA-class probability | 0.943496 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5073879 120 - 22407834 CAGUGCUUACAGCGUGCCACGCGGGACGAUGCCAAUACGCCGCUGCUGCGUCCCUGCAGCUACGGAAAGGGCCAGCAGUGGCUAAUGGAGUCCAAGUUCAAGUGGCAGGCUCACUAGCUG ....(((...(((.((((((...(((((((.(((.((.((((((((((.(.((((....(....)..))))))))))))))))).))).)))...))))..)))))).)))....))).. ( -58.00) >DroVir_CAF1 2941 120 - 1 CAGUGCUUGCAGCGUGCCACGCGAGAUGAUGCCAGCACGCCGCUGCUGCGGCCCUGCAACUAUUCCAAGGGGCAGCAGUGGCUGAUGGAGUCCAAGUUCAAGUGGCAGGCGCACUAGCUA ....((((((.((.((((((..(((..(((.(((.((.(((((((((((..((((............))))))))))))))))).))).)))....)))..)))))).)))))..))).. ( -58.10) >DroGri_CAF1 3130 120 - 1 CAGUGUUUGCAGCGUGCCACACGCGACGAUGCCAGCACGCCGCUGCUGAGGCCGUGCAACUAUGCCAAGGGGCAGCAGUGGCUCAUGGAGUCGAAAUUCAAGUGGCAGGCGCACUAGCUG ((((...(((.((.((((((...((((....(((....((((((((((...((..(((....)))...))..))))))))))...))).))))........)))))).)))))...)))) ( -54.50) >DroWil_CAF1 9999 120 - 1 CAGUGCUUACAGCGUGCCACACGAGAUGAUGCAAAUACGCCAUUAUUGCGACCCUGUGAUUAUAGCAAGGGUCAACAAUGGCUUAUGGAAUCGAAAUUCAAGUGGCAGGCCCACUAGCUG ((((.......((.((((((..(((.((((....(((.((((((.....((((((((.......)).))))))...)))))).)))...))))...)))..)))))).))......)))) ( -38.72) >DroMoj_CAF1 3502 120 - 1 CAGUGCUUGCAACGUGCCACGCGAGAUGAUGCAAGCACGCCGCUGCUGCGGCCCUGCAACUACUCCAAGGGACAGCAGUGGCUGAUGGAGUCCAAGUUCAAGUGGCAGGCGCACUAGCUA .(((((..((....((((((..(((..(((.(...((.((((((((((...((((............)))).))))))))))))...).)))....)))..)))))).)))))))..... ( -48.40) >DroPer_CAF1 7246 119 - 1 CAGUGCUUACAGCGUGCCAACAGAGAUGAUGCCAAUACGCCGCUGUUGCGGCCCUGCAGCUAUGGCAAGGGCCAGCAGUGGCUGAUGGAGUCCAAGUUCAAGUGGCAGGCACACUAGCA- ...((((....((.(((((...(((..(((.(((.((.(((((((((..((((((...((....)).))))))))))))))))).))).)))....)))...))))).)).....))))- ( -51.50) >consensus CAGUGCUUACAGCGUGCCACGCGAGAUGAUGCCAACACGCCGCUGCUGCGGCCCUGCAACUAUGCCAAGGGCCAGCAGUGGCUGAUGGAGUCCAAGUUCAAGUGGCAGGCGCACUAGCUG ....(((....((.((((((..(((..(((.(((.((.((((((((((...((((............)))).)))))))))))).))).)))....)))..)))))).)).....))).. (-43.14 = -43.28 + 0.15)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:12:28 2006