Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,971,967 – 4,972,087 |
Length | 120 |
Max. P | 0.613509 |
Location | 4,971,967 – 4,972,087 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.50 |
Mean single sequence MFE | -47.50 |
Consensus MFE | -32.42 |
Energy contribution | -32.87 |
Covariance contribution | 0.45 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -1.75 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.16 |
SVM RNA-class probability | 0.613509 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 4971967 120 + 22407834 GACGACCAACUGGUAUCUGUGCAGGCCAGCGAGGAGGACGGUGGUCAGGACGAUCGCUGCUAUCACUCUCUGUUGGCCUUCGUUUGCCGGGAUCUAGGCAGGAUCUACAUCUACACAGAG ....(((....))).((((((.(((((((((..(((((((((((((.....))))))))...)).)))..)))))))))...((((((........))))))...........)))))). ( -47.80) >DroPse_CAF1 2495 120 + 1 GAAGAUCAGCUCGUUUCCAUCCAGGCCAGCGAGGAGGAUGGCGGCAAGGAUGACCUGUGCUACAAGUCUAUGCUGGCAUUCAUCUGUCGAGAUCUGGGGCGAAUCUACGUGUACACGGAG ..((((..((((....((((((...((.....)).))))))(((((..(((((...((((((((......)).)))))))))))))))).......))))..)))).(((....)))... ( -37.60) >DroSec_CAF1 2883 120 + 1 GACGACCAACUGGUCUCUGUGCAGGCCAGCGAGGAGGACGGUGGUCAGGACGAUCGCUGCUACCACUCUCUGUUGGCCUUCGUUUGCCGGGAUCUCGGCAGGAUCUACAUAUACACGGAG ...((((....))))((((((.(((((((((..(((...(((((.((((.....).)))))))).)))..)))))))))...((((((((....))))))))...........)))))). ( -53.00) >DroEre_CAF1 2936 120 + 1 GACGACCAACUGGUCUCUGUCCAGGCCAGCGAGGAGGAUGGUGGUCAGGACGAUCUAUGCUACCAGUCCUUGCUGGCCUUCGUCUGCCGGGAUCUAGGCAGGGUAUACAUCUACACGGAG ((.((((....))))))..((((((((((((((((...(((((((..((.....))..))))))).)))))))))))))...((((((........))))))..............))). ( -54.90) >DroYak_CAF1 2950 120 + 1 GACGACCAACUGGUCUCUGUACAGGCUAGCGAGGAAGACGGUGGUGAGGACGAUCUGUGCUACCACUCCUUGCUGGCCUUCGUCUGCCGUGAUCUCGGCAGAAUCUACAUCUACACGGAG ...((((....))))(((((..(((((((((((((....(((((((.((.....)).)))))))..)))))))))))))...(((((((......)))))))............))))). ( -54.10) >DroPer_CAF1 2454 120 + 1 GAAGAUCAGCUCGUUUCCAUCCAGGCCAGCGAGGAGGAUGGCGGCAAGGAUGACCUGUGCUACAAGUCUAUGCUGGCAUUCAUCUGUCGAGAUCUGGGGCGAAUCUACGUGUACACGGAG ..((((..((((....((((((...((.....)).))))))(((((..(((((...((((((((......)).)))))))))))))))).......))))..)))).(((....)))... ( -37.60) >consensus GACGACCAACUGGUCUCUGUCCAGGCCAGCGAGGAGGACGGUGGUCAGGACGAUCUGUGCUACCACUCUAUGCUGGCCUUCGUCUGCCGGGAUCUAGGCAGAAUCUACAUCUACACGGAG ...((((....))))(((((..(((((((((.(((....((((((..((.....))..))))))..))).)))))))))...((((((........))))))............))))). (-32.42 = -32.87 + 0.45)
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