Locus 1796

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	4,954,776 – 4,954,976
Length	200
Max. P	0.972792

overview

Window 3

Location	4,954,776 – 4,954,896
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.11
Mean single sequence MFE	-50.78
Consensus MFE	-44.08
Energy contribution	-43.95
Covariance contribution	-0.13
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.59
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	0.35
SVM RNA-class probability	0.698916
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4954776 120 + 22407834
CAGUUGUGGUUCUGGAUGAAGUCGCCGCUGCCGACGGUGUGGGUGAACUGGGCGUUGGUGCGCCAGGUGGCUCCGUAGUAGAUGGUCACCUGGGAGGCGCCGUUGGUGCAGUGAGCAGCA
..(((((..(((.....))).((((.((.((((((((((((((((((((.(((((....))))).)))....((((.....)))))))))).....))))))))))))).))))))))). ( -51.20)
>DroPse_CAF1 2775 120 + 1
CAGUUGUGGUUCUGGAUGAAGUUACCGCUGCCAAUGGUGUGGGUGAACUGGGCGUUGGUGCGCCAGGUUGCGCCGUAGUAGACGGUCACCUGGCUGGCUCCGUUGGUGCAGUGAGCAGCA
..((((((((.((......))..)))((.((((((((.((.((((((((.(((((....))))).)))).))))........(((((....))))))).)))))))))).....))))). ( -49.40)
>DroEre_CAF1 3096 120 + 1
CAGUUGUGGUUCUGGAUGAAGUUGCCGCUACCGAUGGUGUGGGUGAACUGGGCGUUAGUGCGCCAGGUGGCUCCGUAGUAGACGGUCACCUGAGAGGCGCCGUUGGUGCAGUGAGCAGCA
(((........)))......(((((((((((((((((((((((((((((.(((((....))))).)))....((((.....)))))))))).....)))))))))))..)))).))))). ( -51.40)
>DroYak_CAF1 2385 120 + 1
CAGUUGUGGUUCUGGAUGAAGUCGCCGCUGCCGAUGGUGUGGGUGAACUGGGCGUUGGUGCGCCAGGUGGCUCCGUAGUAGACGGUCACCUGAGAGGCGGCGUUGGUGCAGUGAGCAGCA
..(((((....(((.((.((((((((((.(((((((.(.(((.....))).))))))))))..(((((((..((((.....)))))))))))...)))))).)).)).)))...))))). ( -50.90)
>DroAna_CAF1 2845 120 + 1
CAGUUUCCGUUCUGACGGAAUUCGUGGGAUCCCACGGUGUGGGUGAACUGGGCGUUGGUGCGCCAGGUGGCUCCGUAGUAGAUGGUGACCUGGCUAGCGCCGUUGGUGCAGUGAGCAGCA
....((((((....)))))).((((((....))))))(((..((..((((.((..(((((((((((((.(((.(......)..))).)))))))..))))))...)).))))..)).))) ( -52.40)
>DroPer_CAF1 2489 120 + 1
CAGUUGUGGUUCUGGAUGAAGUUACCGCUGCCAAUGGUGUGGGUGAACUGGGCGUUGGUGCGCCAGGUUGCGCCGUAGUAGACGGUCACCUGGCUGGCUCCGUUGGUGCAGUGAGCAGCA
..((((((((.((......))..)))((.((((((((.((.((((((((.(((((....))))).)))).))))........(((((....))))))).)))))))))).....))))). ( -49.40)
>consensus
CAGUUGUGGUUCUGGAUGAAGUCGCCGCUGCCGAUGGUGUGGGUGAACUGGGCGUUGGUGCGCCAGGUGGCUCCGUAGUAGACGGUCACCUGGCAGGCGCCGUUGGUGCAGUGAGCAGCA
..(((((..(((.....))).((((.((.((((((((((((((((((((.(((((....))))).)))....((((.....)))))))))).....))))))))))))).))))))))). (-44.08 = -43.95 +  -0.13)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	4,954,816 – 4,954,936
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.22
Mean single sequence MFE	-49.47
Consensus MFE	-41.53
Energy contribution	-42.25
Covariance contribution	0.72
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.83
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	1.70
SVM RNA-class probability	0.972792
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4954816 120 - 22407834
GGUGCGGUGGUUCUAUCAUCGCCCACGAUUGGGUCCUGACUGCUGCUCACUGCACCAACGGCGCCUCCCAGGUGACCAUCUACUACGGAGCCACCUGGCGCACCAACGCCCAGUUCACCC
(((((((((((.(..(((..(((((....)))))..)))..)..)).)))))))))...((.((...(((((((....(((.....)))..))))))).)).))................ ( -45.40)
>DroPse_CAF1 2815 120 - 1
GGUGCGGCGGUUCCAUCAUUGCCCACGACUGGGUUCUGACUGCUGCUCACUGCACCAACGGAGCCAGCCAGGUGACCGUCUACUACGGCGCAACCUGGCGCACCAACGCCCAGUUCACCC
(((((...((((((.(((..(((((....)))))..))).((.(((.....))).))..)))))).(((((((...((((......))))..))))))))))))................ ( -52.70)
>DroEre_CAF1 3136 120 - 1
GGUGCGGUGGUUCCAUCAUCGCCCACGACUGGGUCUUGACUGCUGCUCACUGCACCAACGGCGCCUCUCAGGUGACCGUCUACUACGGAGCCACCUGGCGCACUAACGCCCAGUUCACCC
((((.(((((((((.(((..(((((....)))))..))).((.(((.....))).))((((((((.....)))).)))).......))))))))).((((......)))).....)))). ( -51.00)
>DroYak_CAF1 2425 120 - 1
GGUGCGGUGGUUCCAUCAUCGCCAACACCUGGGUCCUGACUGCUGCUCACUGCACCAACGCCGCCUCUCAGGUGACCGUCUACUACGGAGCCACCUGGCGCACCAACGCCCAGUUCACCC
((((.(((((((((...........((((((((..(.(..((.(((.....))).))...).)...))))))))...((.....))))))))))).((((......)))).....)))). ( -43.10)
>DroAna_CAF1 2885 120 - 1
GGUGCGGUGGCUCCAUCAUCGCCCACGACUGGGUGCUGACUGCUGCUCACUGCACCAACGGCGCUAGCCAGGUCACCAUCUACUACGGAGCCACCUGGCGCACCAACGCCCAGUUCACCC
(((((((((((..(((((.((((((....)))))).))).))..)).)))))))))...((((...(((((((.....(((.....)))...))))))).......)))).......... ( -51.90)
>DroPer_CAF1 2529 120 - 1
GGUGCGGCGGUUCCAUCAUUGCCCACGACUGGGUUCUGACUGCUGCUCACUGCACCAACGGAGCCAGCCAGGUGACCGUCUACUACGGCGCAACCUGGCGCACCAACGCCCAGUUCACCC
(((((...((((((.(((..(((((....)))))..))).((.(((.....))).))..)))))).(((((((...((((......))))..))))))))))))................ ( -52.70)
>consensus
GGUGCGGUGGUUCCAUCAUCGCCCACGACUGGGUCCUGACUGCUGCUCACUGCACCAACGGCGCCACCCAGGUGACCGUCUACUACGGAGCCACCUGGCGCACCAACGCCCAGUUCACCC
(((((((((((..(((((..(((((....)))))..))).))..)).)))))))))..............(((((((((.....))))......((((.((......)))))).))))). (-41.53 = -42.25 +   0.72)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	4,954,856 – 4,954,976
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.72
Mean single sequence MFE	-54.32
Consensus MFE	-46.02
Energy contribution	-46.13
Covariance contribution	0.11
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.74
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	0.28
SVM RNA-class probability	0.666769
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4954856 120 - 22407834
UACACCGUGGGUCUGGGCUUCAGCGGCAACGGCGGCUGGUGGUGCGGUGGUUCUAUCAUCGCCCACGAUUGGGUCCUGACUGCUGCUCACUGCACCAACGGCGCCUCCCAGGUGACCAUC
..((((.((((...((((((((((.((....)).)))))((((((((((((.(..(((..(((((....)))))..)))..)..)).))))))))))..))).)).))))))))...... ( -56.70)
>DroPse_CAF1 2855 120 - 1
UACACUGUUGGACUCGGCUUCAGCGGCAACGGCGGCUGGUGGUGCGGCGGUUCCAUCAUUGCCCACGACUGGGUUCUGACUGCUGCUCACUGCACCAACGGAGCCAGCCAGGUGACCGUC
..((((..(((.((.(((((((((.((....)).)))(.((((((((.(((..(((((..(((((....)))))..))).))..)).).)))))))).))))))))))))))))...... ( -51.90)
>DroSec_CAF1 1854 119 - 1
-ACACCGUGGAUCUGGGCUUCAGCGGCAACGGCGGCUGGUGGUGCGGUGGUUCCAUCAUCGCCCACGAUUGGGUCCUGACUGCUGCUCACUGCACCAACGGCGCAUCCCAGGUGACCGUC
-.((((.(((...((.((((((((.((....)).)))))((((((((((((..(((((..(((((....)))))..))).))..)).))))))))))..))).))..)))))))...... ( -54.10)
>DroYak_CAF1 2465 120 - 1
UACACCGUGGGUCUGGGCUUCAGCGGCAACGGCGGCUGGUGGUGCGGUGGUUCCAUCAUCGCCAACACCUGGGUCCUGACUGCUGCUCACUGCACCAACGCCGCCUCUCAGGUGACCGUC
..((((.((((.....((....))(....)((((((...((((((((((((..(((((..(((........)))..))).))..)).))))))))))..)))))).))))))))...... ( -51.70)
>DroAna_CAF1 2925 120 - 1
UACACUGUGGGUCUGGGCUUCAGCGGUAACGGCGGCUGGUGGUGCGGUGGCUCCAUCAUCGCCCACGACUGGGUGCUGACUGCUGCUCACUGCACCAACGGCGCUAGCCAGGUCACCAUC
......(((((.((.((((..(((.((....)).((((.((((((((((((..(((((.((((((....)))))).))).))..)).)))))))))).))))))))))).)).).)))). ( -55.90)
>DroPer_CAF1 2569 120 - 1
UACACUGUUGGGCUCGGCUUCAGCGGCAACGGCGGCUGGUGGUGCGGCGGUUCCAUCAUUGCCCACGACUGGGUUCUGACUGCUGCUCACUGCACCAACGGAGCCAGCCAGGUGACCGUC
..((((....((((.(((((((((.((....)).)))(.((((((((.(((..(((((..(((((....)))))..))).))..)).).)))))))).))))))))))).))))...... ( -55.60)
>consensus
UACACCGUGGGUCUGGGCUUCAGCGGCAACGGCGGCUGGUGGUGCGGUGGUUCCAUCAUCGCCCACGACUGGGUCCUGACUGCUGCUCACUGCACCAACGGCGCCACCCAGGUGACCGUC
..((((...((....(((.(((((.((....)).)))))((((((((((((..(((((..(((((....)))))..))).))..)).)))))))))).....)))..)).))))...... (-46.02 = -46.13 +   0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

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