Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,934,413 – 4,934,533 |
Length | 120 |
Max. P | 0.539100 |
Location | 4,934,413 – 4,934,533 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.61 |
Mean single sequence MFE | -39.72 |
Consensus MFE | -25.74 |
Energy contribution | -26.38 |
Covariance contribution | 0.64 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -1.54 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.01 |
SVM RNA-class probability | 0.539100 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 4934413 120 - 22407834 UUGUGCGAGGUAAUGCAGUUGGAUCCCCUGCCCGUGGUGAUGGGCAUUAUAGUGCAUGCCAAUAUCGGAGGAGCCCUGACGCCCAUCGGAGAUCCCAUCAGUAUUAUAGUCAGCACCAAU ..((((((.(((((((.((.(((((.((.(((...)))(((((((.(((..((.(...((......))..).))..))).))))))))).))))).))..)))))))..)).)))).... ( -40.00) >DroVir_CAF1 2229 120 - 1 UUGUGUGAGGUCAUGCAGCUGGAUCCCCUGCCCGUCGUCAUGGGCAUCAUUGUCCACGCGAACAUCGGCGGCGCCCUAACACCCAUUGGAGAUCCCAUCAGCAUUAUCGUCGGCACAAAU (((((((((((.((((....(((((.((.(((..((((..((((((....)))))).)))).....)))((.(......).))....)).))))).....)))).))).)).)))))).. ( -38.30) >DroGri_CAF1 1339 120 - 1 UUGUGCGAAGUGAUGCAACUGGAUCCCAUUCCAGUUGUGAUGGGCAUCAUUGUCCAUGCGAAUAUUGGUGGGGCUCUGUCGCCCAUUGGAGAUCCCAUCAGCAUCAUUAUUAGCACCAAU ..((((..(((((((((((((((......)))))))((.(((((((....)))))))))......(((((((((((((........))))).))))))))))))))))....)))).... ( -50.80) >DroWil_CAF1 1140 120 - 1 CUAUGCGAGGUAAUGCAACUGGAUCCGUUGCCGGUGGUUAUGGGCAUUAUUGUUCAUGCAAAUAUCGGUGGGGCUCUGACACCCAUUGGAGAUCCAAUUAGCAUAAUCGUCAGCACCAAU ...((((((((.((((((.(((((((...(((((((..((((((((....))))))))....)))))))(((.........)))....).)))))).)).)))).))).)).)))..... ( -38.10) >DroMoj_CAF1 2022 120 - 1 CUGUGCGAGGUCAUGCAACUGGAUCCCAUACCCGUUGUCAUGGGCAUCAUUGUCCACGCGAACAUCGGCGGAGCCCUGUCACCCAUCGGCGAUCCCAUUAGCAUCAUCGUGGGCACGAAC .(((((..(((.((((((..(((((((......(((((..((((((....)))))).)).)))...(((((....))))).......)).)))))..)).)))).)))....)))))... ( -36.80) >DroAna_CAF1 1127 120 - 1 UUGUGCGAAGUCAUGCAGCUAGAUCCUUUGCCCGUGGUGAUGGGUAUCAUAGUCCAUGCCAAUAUCGGAGGAGCUCUAACUCCCAUCGGAGAUCCCAUAAGCAUUAUAGUCAGCACCAAU ..((((((....((((...(((((((((((....((((.(((((........)))))))))....)))))))..)))).((((....)))).........)))).....)).)))).... ( -34.30) >consensus UUGUGCGAGGUCAUGCAACUGGAUCCCAUGCCCGUGGUGAUGGGCAUCAUUGUCCAUGCGAAUAUCGGAGGAGCCCUGACACCCAUCGGAGAUCCCAUCAGCAUUAUCGUCAGCACCAAU ..((((..(((.((((....(((((((.......((((.(((((((....))))))))))).....((..(........)..))...)).))))).....)))).)))....)))).... (-25.74 = -26.38 + 0.64)
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