Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,880,337 – 4,880,457 |
Length | 120 |
Max. P | 0.784700 |
Location | 4,880,337 – 4,880,457 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 98.89 |
Mean single sequence MFE | -37.78 |
Consensus MFE | -36.35 |
Energy contribution | -36.68 |
Covariance contribution | 0.33 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -0.94 |
Structure conservation index | 0.96 |
SVM decision value | 0.57 |
SVM RNA-class probability | 0.784700 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 4880337 120 + 22407834 AACGCCCUGCCACAAUAGCCACAUCUAAAUGGUUUCUCACCUGUAUGUAUGCGAGUGUGCUGUUUUAGUGUAUUCGAUUGAGUGAAGGACUUGCCGCAGUAGGAGCACGUGUAGGGGCGU .(((((((..(((...(((((........))))).....(((.(((.....((((((..(((...)))..)))))).....))).))).(((((....))))).....)))..))))))) ( -37.80) >DroGri_CAF1 42368 120 + 1 AACGCCCUGUCACAAUAGCCACAUCUAAAUGGUUUCUCACCUGUAUGUAUGCGAGUGUGCUGUUUUAGUGUAUUCGAUUGAGUGAAGGACUUGCCGCAGUAGGAGCACGUGUAGGGGCGU .(((((((..(((...(((((........))))).....(((.(((.....((((((..(((...)))..)))))).....))).))).(((((....))))).....)))..))))))) ( -36.80) >DroWil_CAF1 49535 120 + 1 AACGCCCUGCCACAAUAUCCACAUCUAAAUGGUUUCUCACCUGUAUGUAUGCGAGUGUGCUGUUUUAGUGUAUUCGAUUGAGUGAAGGACUUGCCGCAGUAGGAGCACGUGUAGGGGCGU .(((((((..(((....(((((........((((..((((..(((....)))(((((..(((...)))..)))))......))))..)))).......)).)))....)))..))))))) ( -37.36) >DroMoj_CAF1 47704 120 + 1 AACGCCCUGCCACAAAAGCCACAUCUAAAUGGUUUCUCACCUGUAUGUAUGCGAGUGUGCUGUUUUAGUGUAUUCGAUUGAGUGAAGGACUUGCCGCAGUAGGAGCACGUGUAGGGGCGU .(((((((..(((..((((((........))))))....(((.(((.....((((((..(((...)))..)))))).....))).))).(((((....))))).....)))..))))))) ( -38.80) >DroAna_CAF1 35290 120 + 1 AACGCCCUGCCACAAUAGCCACAUCUAAAUGGUUUCUCACCUGUAUGUAUGCGAGUGUGCUGUUUUAGUGUAUUCGAUUGAGUGAAGGACUUGCCGCAGUAGGAGCACGUGUAGGGGCGU .(((((((..(((...(((((........))))).....(((.(((.....((((((..(((...)))..)))))).....))).))).(((((....))))).....)))..))))))) ( -37.80) >DroPer_CAF1 38489 120 + 1 AACGCCCUGCCACAAUAGCCACAUCUAAAUGGUUUCUCACCUGUAUGUAUGCGAGUGUGCUGUUUUAGUGUAUUCGAUUGAGUGAAGGACUUGCCGCAGUACGAGCACGUGUAGGGGCGU .(((((((..((((((((((((.((.....(((.....))).(((....)))))))).))))))...((((..(((((((.(..(.....)..)..)))).))))))))))..))))))) ( -38.10) >consensus AACGCCCUGCCACAAUAGCCACAUCUAAAUGGUUUCUCACCUGUAUGUAUGCGAGUGUGCUGUUUUAGUGUAUUCGAUUGAGUGAAGGACUUGCCGCAGUAGGAGCACGUGUAGGGGCGU .(((((((..(((...(((((........))))).....(((.(((.....((((((..(((...)))..)))))).....))).))).(((((....))))).....)))..))))))) (-36.35 = -36.68 + 0.33)
Location | 4,880,337 – 4,880,457 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 98.89 |
Mean single sequence MFE | -30.52 |
Consensus MFE | -28.83 |
Energy contribution | -28.83 |
Covariance contribution | -0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -0.87 |
Structure conservation index | 0.94 |
SVM decision value | 0.12 |
SVM RNA-class probability | 0.591986 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 4880337 120 - 22407834 ACGCCCCUACACGUGCUCCUACUGCGGCAAGUCCUUCACUCAAUCGAAUACACUAAAACAGCACACUCGCAUACAUACAGGUGAGAAACCAUUUAGAUGUGGCUAUUGUGGCAGGGCGUU ((((((...((((((((((......))..(((..(((........)))...))).....)))))....((.(((((..(((((......)))))..)))))))....)))...)))))). ( -30.50) >DroGri_CAF1 42368 120 - 1 ACGCCCCUACACGUGCUCCUACUGCGGCAAGUCCUUCACUCAAUCGAAUACACUAAAACAGCACACUCGCAUACAUACAGGUGAGAAACCAUUUAGAUGUGGCUAUUGUGACAGGGCGUU ((((((...((((((((((......))..(((..(((........)))...))).....)))))....((.(((((..(((((......)))))..)))))))....)))...)))))). ( -29.40) >DroWil_CAF1 49535 120 - 1 ACGCCCCUACACGUGCUCCUACUGCGGCAAGUCCUUCACUCAAUCGAAUACACUAAAACAGCACACUCGCAUACAUACAGGUGAGAAACCAUUUAGAUGUGGAUAUUGUGGCAGGGCGUU ((((((......(((....)))(((.(((((((((((........))).((((((((...((......)).........(((.....))).))))).))))))).)))).))))))))). ( -31.10) >DroMoj_CAF1 47704 120 - 1 ACGCCCCUACACGUGCUCCUACUGCGGCAAGUCCUUCACUCAAUCGAAUACACUAAAACAGCACACUCGCAUACAUACAGGUGAGAAACCAUUUAGAUGUGGCUUUUGUGGCAGGGCGUU ((((((...((((((((((......))..(((..(((........)))...))).....)))))....((.(((((..(((((......)))))..)))))))....)))...)))))). ( -30.50) >DroAna_CAF1 35290 120 - 1 ACGCCCCUACACGUGCUCCUACUGCGGCAAGUCCUUCACUCAAUCGAAUACACUAAAACAGCACACUCGCAUACAUACAGGUGAGAAACCAUUUAGAUGUGGCUAUUGUGGCAGGGCGUU ((((((...((((((((((......))..(((..(((........)))...))).....)))))....((.(((((..(((((......)))))..)))))))....)))...)))))). ( -30.50) >DroPer_CAF1 38489 120 - 1 ACGCCCCUACACGUGCUCGUACUGCGGCAAGUCCUUCACUCAAUCGAAUACACUAAAACAGCACACUCGCAUACAUACAGGUGAGAAACCAUUUAGAUGUGGCUAUUGUGGCAGGGCGUU ((((((...((((((((((.....))...(((..(((........)))...))).....)))))....((.(((((..(((((......)))))..)))))))....)))...)))))). ( -31.10) >consensus ACGCCCCUACACGUGCUCCUACUGCGGCAAGUCCUUCACUCAAUCGAAUACACUAAAACAGCACACUCGCAUACAUACAGGUGAGAAACCAUUUAGAUGUGGCUAUUGUGGCAGGGCGUU ((((((...((((((((...(((......)))..(((........)))...........))))).(((((..........)))))...((((......)))).....)))...)))))). (-28.83 = -28.83 + -0.00)
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