Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 539,623 – 539,719 |
Length | 96 |
Max. P | 0.616647 |
Location | 539,623 – 539,719 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.77 |
Mean single sequence MFE | -48.15 |
Consensus MFE | -34.46 |
Energy contribution | -34.93 |
Covariance contribution | 0.48 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -2.03 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 0.17 |
SVM RNA-class probability | 0.616647 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 539623 96 - 22407834 GGCGG---------CAGCUGCUGCGGCAGCCACGCUGCUGCUGUUUCCCAGCGGAGAAGUCAUCGGCGGAACCAGCCCGCCGGGCGCAGCAUCCGCUCCGACUUC (((((---------..(((((.((((((((...))))))))..(((((....))))).(((..((((((.......))))))))))))))..)))))........ ( -46.80) >DroSec_CAF1 85099 96 - 1 GGCGG---------CAGCUGCUGCUGCAGCCACGCUGCUGCUGUUUCCCAGCGGAGAAGUCAUCGGCGGAACCAGCCCGCCGGGCGCAGCAUCCGCUCCGACUUC ..(((---------.(((.(.((((((.(((..(((.((((((.....))))))...)))...((((((.......))))))))))))))).).))))))..... ( -46.70) >DroSim_CAF1 87532 96 - 1 GGCGG---------CAGCUGCUGCGGCAGCCACGCUGCUGCUGUUUCCCAGCGGAGAAGUCAUCGGCGGAACCAGCCCGCCGGGCGCAGCAUCCGCUCCGACUUC (((((---------..(((((.((((((((...))))))))..(((((....))))).(((..((((((.......))))))))))))))..)))))........ ( -46.80) >DroEre_CAF1 88818 96 - 1 GGCGG---------CAGCUGCUGCGGCAGCCAUGCUGCUGCUGUUUCCCAGCGGAGAAGUCAUCGGCGGAACCAGCCCGCCGGGCGCGGCAUCCGUUCCGACUUC (((((---------(((((((....)))))..)))))))((((.....))))...((((((..((((((.......))))))((.((((...)))).)))))))) ( -49.10) >DroYak_CAF1 88285 96 - 1 GGCGG---------CAGCUGCUGCGGCAGCCAUGCUGCUGCUGUUUCCCAGCGGAGAAGUCAUCGGCGGAACCAGCCCGCCGGCCGCAGCAUCCGCUCCGACCUC (((((---------.((((((((((((....(((((.((((((.....))))))...)).)))((((((.......)))))))))))))))...)))))).)).. ( -51.40) >DroAna_CAF1 106118 96 - 1 GGCGGCGGCAGCUGCAGCUGCUGCGGCUGCCACACUA---CUGUUGCCCAGGGGUGAUGCCACAGGCGGGG-----GUGCCA-GUGCCACAUCUACCCCAAUGUC (((((((((((((((((...)))))))))))......---..))))))..(((((((((.(((.((((...-----.)))).-)))...)))).)))))...... ( -48.10) >consensus GGCGG_________CAGCUGCUGCGGCAGCCACGCUGCUGCUGUUUCCCAGCGGAGAAGUCAUCGGCGGAACCAGCCCGCCGGGCGCAGCAUCCGCUCCGACUUC (((((...........(((((....))))).....((((((..(((((....))))).(((..((((((.......))))))))))))))).)))))........ (-34.46 = -34.93 + 0.48)
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