Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,556,080 – 4,556,200 |
Length | 120 |
Max. P | 0.554707 |
Location | 4,556,080 – 4,556,200 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.83 |
Mean single sequence MFE | -44.67 |
Consensus MFE | -25.08 |
Energy contribution | -23.20 |
Covariance contribution | -1.88 |
Combinations/Pair | 1.52 |
Mean z-score | -1.69 |
Structure conservation index | 0.56 |
SVM decision value | 0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.554707 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 4556080 120 - 22407834 CAAAUUGGGCUGUGUGCAACUGCAAUAUUGCCAGCAGGACGGACAAUGUGCCCAGGGAAGCAUAUGCUCCCAUGGAAUUUGCAGUCCGCUGUGCAGCACCAACCGCGAUUGUAUUUCGGA ....((((((((..(((.((((((((((((((........)).))))))..(((((((.((....)))))).)))....))))))..)).)..)))).))))(((.(((...))).))). ( -43.70) >DroVir_CAF1 875 120 - 1 UAAACAAGGCUGUGUGCCGCUUCAAUACUGCCAACAGGACACUCAGUGUCCACAGGGCAGCAUCUGUGCGCACGGAAUAUGCAGUCCUUUAUGCAGCAGUAAUCGCGAUUGUAUUUCGGA ...(((((((.....)))((.....((((((.....((((((...))))))..(((((.((((((((....)))))...))).))))).......))))))...))..))))........ ( -37.20) >DroPse_CAF1 875 120 - 1 CAAACAGGGAUGUGUGCCACUGCAGUACUGCCAGCAGGAUGCGCAGUGCGCACAGGGAAGCAUUUGCUCGCAUGGAAUUUGCAGCCCCCUCUGCAGCACCAACAGGGAUUGCAUCUCGGA ......(((((((...((.(((..(((((((((......)).)))))))(((.((((.(((....))).(((.......)))....)))).)))........)))))...)))))))... ( -43.40) >DroGri_CAF1 875 120 - 1 CAAGCAAGGCUGUGUGUCGCUGCAGUACUGUCAAAAAGAUGCACAGUGCCCUCAGGGCAGCAUCUGCGCCCAUGGCAUCUGUAGUCCACUGUGUAGCAGUAAUCGUGAUUGCAUUUCGGA ...(((((((.....)))(((((....((.......)).(((((((((..((((((((((...))))(((...))).)))).))..))))))))))))))........))))........ ( -39.60) >DroMoj_CAF1 866 120 - 1 CAAACAGGGCUGCGUCCAACUGCAGUACUGCCAGCAGGACGCGCAGUGCCCGCAGGGCAGCAUCUGUGCCCACGGCAUCUGCAGUCCGCUGUGCAGCAGCAAUCGCGACUGCAUCGCGGA ......(((((((((((..(((((....)).)))..))))))((((((((....(((((.(....))))))..)))).)))))))))((.((((((..((....))..)))))).))... ( -58.60) >DroAna_CAF1 875 120 - 1 CAAGCUGGGCUGUGUCCCACUGCAAUACUGCCAGAAGGAUGGCCAGUGUGCCCAGGGAAGCAUCUGCUCCCAUGGCAUAUGUAGCCCCCUGUGCAGCACCAAGCGCGACUGCAUCUCGGA ...((((((((((((((..(((((....)).)))..))))(((..(((((((..((((.((....))))))..)))))))...)))......))))).)).)))((....))........ ( -45.50) >consensus CAAACAGGGCUGUGUGCCACUGCAAUACUGCCAGCAGGACGCACAGUGCCCACAGGGAAGCAUCUGCGCCCAUGGAAUAUGCAGUCCCCUGUGCAGCACCAAUCGCGAUUGCAUCUCGGA ......(((((((...........((((((.............)))))).....((((.((....)))))).........)))))))...((((((..((....))..))))))...... (-25.08 = -23.20 + -1.88)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:08:14 2006