Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,555,280 – 4,555,440 |
Length | 160 |
Max. P | 0.955391 |
Location | 4,555,280 – 4,555,400 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 89.50 |
Mean single sequence MFE | -56.32 |
Consensus MFE | -49.16 |
Energy contribution | -48.75 |
Covariance contribution | -0.41 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -2.25 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 1.45 |
SVM RNA-class probability | 0.955391 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 4555280 120 - 22407834 AUGUCUGUGCCCAGCUGCAAUGUGGCCCCAAUGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACGUGGCGCAGUGUGCAUGCCGCAGCGGCUACGAUGGCCAACCCGCCGACCGGGUGGCCGGCUGUA ........(((.((((((...(((((((.....(((((....)))))..)))))))(((((((.....))..))))).)))))).....(((((.((((.....)))))))))))).... ( -61.00) >DroVir_CAF1 75 120 - 1 AUGUGUGCGCUCAGCUGCAGUGUGGCCCCAAUGCGGAAUGUGUUCCGAAAGGUCAUGUGGCGCACUGUGCAUGUCGCAAUGGCUACGACGGCCAACCCGCUGACCGGCUGGCCGGUUGCA .....((((..((((.((((((((.((((.....)).(((((..((....)).))))))))))))))))).)).)))).(((((.....)))))....((.((((((....)))))))). ( -48.40) >DroPse_CAF1 75 120 - 1 AUGUCUGCGCACAACUGCAAUGUGGCCCCAACGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACAUCGCUCACUGUGCAUGCCGCAUGGGCUACGACGGCCAACCCGCUGACCGGGUGGCCGGCUGUA ......(((((((...((.(((((((((.....(((((....)))))..))))))))).))....)))))..(((.....))).....((((((.((((.....)))))))))))).... ( -57.60) >DroGri_CAF1 75 120 - 1 ACGUGUGCGCCCAUCUACAAUGUGGCCCCAAUGCGGAAUGUGUUCCGAAAGGUCAUGUGGCGCACUGUGCAUGCCGCAAUGGCUACGACGGCCAACCCGCUGACCGGGUGGCCGGCUGCA (((.(((((((........((((((((......(((((....)))))...))))))))))))))))))(((.(((((....))......(((((.((((.....))))))))))))))). ( -53.70) >DroAna_CAF1 75 120 - 1 AUGUCUGCGCCCAGCUGCAAUGUGGCCCCAACGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACGUGGCGCAGUGUGCAUGCCGCACCGGCUAUGACGGCCAGCCCGCCGACCGGGUGGCCGGUUGUA ..((((((((...(((((.(((((((((.....(((((....)))))..)))))))))...)))))))))).((((...))))...)))(((((.((((.....)))))))))....... ( -59.60) >DroPer_CAF1 75 120 - 1 AUGUCUGCGCACAACUGCAAUGUGGCCCCAACGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACAUCGCUCACUGUGCAUGCCGCAUGGGCUACGACGGCCAACCCGCUGACCGGGUGGCCGGCUGUA ......(((((((...((.(((((((((.....(((((....)))))..))))))))).))....)))))..(((.....))).....((((((.((((.....)))))))))))).... ( -57.60) >consensus AUGUCUGCGCCCAGCUGCAAUGUGGCCCCAACGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACGUGGCGCACUGUGCAUGCCGCAACGGCUACGACGGCCAACCCGCUGACCGGGUGGCCGGCUGUA ....(((((((........(((((((((.....(((((....)))))..))))))))))))))))..((((.(((((....))......((((.(((((.....)))))))))))))))) (-49.16 = -48.75 + -0.41)
Location | 4,555,320 – 4,555,440 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.72 |
Mean single sequence MFE | -50.25 |
Consensus MFE | -42.66 |
Energy contribution | -42.05 |
Covariance contribution | -0.61 |
Combinations/Pair | 1.36 |
Mean z-score | -2.47 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 1.18 |
SVM RNA-class probability | 0.927208 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 4555320 120 - 22407834 GCCGCAUGCACCAAAACCAAUGGGGUGGCCAAGUGCCGCGAUGUCUGUGCCCAGCUGCAAUGUGGCCCCAAUGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACGUGGCGCAGUGUGCAUGCCGCAGC ((.((((((((.........(((((((((.....)))))(....)....))))(((((.(((((((((.....(((((....)))))..)))))))))...))))))))))))).))... ( -59.10) >DroVir_CAF1 115 120 - 1 GCCGCAUGUACCAAGACUAACGGAGUACCCAAAUGCCAGGAUGUGUGCGCUCAGCUGCAGUGUGGCCCCAAUGCGGAAUGUGUUCCGAAAGGUCAUGUGGCGCACUGUGCAUGUCGCAAU ((.((((((((..........((.....))..............(((((((...(((((...((....)).))))).(((((..((....)).)))))))))))).)))))))).))... ( -41.50) >DroPse_CAF1 115 120 - 1 GCUGCAUGCACCAAAACUAACGGCGUGGCCAAGUGUCACGAUGUCUGCGCACAACUGCAAUGUGGCCCCAACGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACAUCGCUCACUGUGCAUGCCGCAUG ((.((((((((........(((.((((((.....)))))).)))..(((((....))).(((((((((.....(((((....)))))..))))))))).)).....)))))))).))... ( -51.80) >DroGri_CAF1 115 120 - 1 GCUGCAUGCACCAAGACUAACGGUGUGCCCAAGUGCCAAGACGUGUGCGCCCAUCUACAAUGUGGCCCCAAUGCGGAAUGUGUUCCGAAAGGUCAUGUGGCGCACUGUGCAUGCCGCAAU ((.((((((((........(((.((.((......))))...)))(((((((........((((((((......(((((....)))))...))))))))))))))).)))))))).))... ( -47.50) >DroMoj_CAF1 106 120 - 1 GCUGCAUGUGUCAAGACCAAUGGUGUGCCCAAAUGUCAGGAUGUGUGCGCCCAGCUGCAAUGUGGCCCCAACGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGUCACGUGGCGCACUGUGCGUGCCGCAAU ((.(((((((((..(((...(((.....)))...)))..)))..(((((((........(((((((((.....(((((....)))))..))))))))))))))))...)))))).))... ( -49.80) >DroPer_CAF1 115 120 - 1 GCUGCAUGCACCAAAACUAACGGCGUGGCCAAGUGUCACGAUGUCUGCGCACAACUGCAAUGUGGCCCCAACGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACAUCGCUCACUGUGCAUGCCGCAUG ((.((((((((........(((.((((((.....)))))).)))..(((((....))).(((((((((.....(((((....)))))..))))))))).)).....)))))))).))... ( -51.80) >consensus GCUGCAUGCACCAAAACUAACGGCGUGCCCAAGUGCCACGAUGUCUGCGCCCAGCUGCAAUGUGGCCCCAACGCGGAAUGUGUUCCGAAGGGCCACGUGGCGCACUGUGCAUGCCGCAAU ((.((((((((..........((.....))..............(((((((........(((((((((.....(((((....)))))..)))))))))))))))).)))))))).))... (-42.66 = -42.05 + -0.61)
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