Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,521,499 – 4,521,618 |
Length | 119 |
Max. P | 0.877234 |
Location | 4,521,499 – 4,521,618 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 87.79 |
Mean single sequence MFE | -46.80 |
Consensus MFE | -40.82 |
Energy contribution | -40.52 |
Covariance contribution | -0.30 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.95 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 0.90 |
SVM RNA-class probability | 0.877234 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 4521499 119 - 22407834 CGUCCGGAAUGCGUGGUGAACAGUGAUUGCUCGCGCGACAAGUCGUGUGUCAACCAGAAAUGCGUGGACCCGUGUCCAGGUGUUUGUGGCUUGAACGCCCAGUGUCGUGUGUCCAAUCA (..(((.....)).)..).....((((((..(((((((((....((((.(((((((.((((((.(((((....))))).)))))).))).))))))))....)))))))))..)))))) ( -48.70) >DroPse_CAF1 37513 119 - 1 CGUCCCGAGUGCGUGGUUAAUAGCGAUUGCUCACGCGACAAGUCCUGCGUCAACCAGAAAUGCGUGGACCCUUGUCCUGGCGUUUGUGGCCUGAACGCCGAGUGUCGUGUGUCCAAUCA ...((((....)).))........(((((..(((((((((..((..((((((.(((.((((((..((((....))))..)))))).)))..)).)))).)).)))))))))..))))). ( -47.00) >DroGri_CAF1 37775 119 - 1 CGUCCGGAAUGCGUGGUAAACAGUGAUUGUCCACGCGACAGAUCCUGCAUCAACCAGAAAUGUGCGGACCCUUGUCCGGGCGUUUGUGGCUUGAAUGCGGAAUGCCGCGUUUCCAAUCA .....((((.((((((((......(((((((.....)))).)))((((((((((((.((((((.(((((....))))).)))))).))).))).))))))..))))))))))))..... ( -51.30) >DroMoj_CAF1 45054 119 - 1 CGUCCAGAGUGUGUGGUGAACAGUGAUUGCCCACGCGACAGAUCUUGCAUCAACCAGAAAUGCGUGGACCCUUGUCCAGGUGUUUGUGGCUUGAAUGCAGAAUGCCGCGUGUCCAAUCA ((.(((.......))))).....((((((..((((((.((..(((.((((((((((.((((((.(((((....))))).)))))).))).))).))))))).)).))))))..)))))) ( -47.70) >DroAna_CAF1 37031 119 - 1 CGUCCGGAGUGCGUGGUGAACAGUGAUUGCUCGCGCGACAAAUCCUGUGUCAACCAGAAGUGCGUGGACCCAUGUCCUGGCGUUUGUGGCUUGAAUGCCGAAUGUCGUGUGUCCAAUCA (..(((.....)).)..).....((((((..(((((((((..((.....(((((((.((((((..((((....))))..)))))).))).)))).....)).)))))))))..)))))) ( -39.10) >DroPer_CAF1 39161 119 - 1 CGUCCCGAGUGCGUGGUUAAUAGCGAUUGCUCACGCGACAAGUCCUGCGUCAACCAGAAAUGCGUGGACCCUUGUCCUGGCGUUUGUGGCCUGAACGCCGAGUGUCGUGUGUCCAAUCA ...((((....)).))........(((((..(((((((((..((..((((((.(((.((((((..((((....))))..)))))).)))..)).)))).)).)))))))))..))))). ( -47.00) >consensus CGUCCGGAGUGCGUGGUGAACAGUGAUUGCUCACGCGACAAAUCCUGCGUCAACCAGAAAUGCGUGGACCCUUGUCCUGGCGUUUGUGGCUUGAACGCCGAAUGUCGUGUGUCCAAUCA ........................(((((..(((((((((..(((.((((((((((.((((((..((((....))))..)))))).))).))).))))))).)))))))))..))))). (-40.82 = -40.52 + -0.30)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:08:00 2006