Locus 1667

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	4,520,306 – 4,520,520
Length	214
Max. P	0.965604

overview

Window 7

Location	4,520,306 – 4,520,400
Length	94
Sequences	6
Columns	95
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.38
Mean single sequence MFE	-13.93
Consensus MFE	-12.18
Energy contribution	-11.85
Covariance contribution	-0.33
Combinations/Pair	1.25
Mean z-score	-1.08
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	0.78
SVM RNA-class probability	0.848533
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4520306 94 - 22407834
CAGGCUGUGCGAUCGUACAGCAAAGUAAUAUAUUC-CUGCCUGCUAACGAAUUCGCGAUUCCCUACUAAUUUACAUAUCCAAUUCUCCUAUCUUC
.(((...(((((((((..((((..(((........-.))).)))).))))..)))))....)))............................... ( -14.80)
>DroPse_CAF1 35963 90 - 1
CCGGCUGUGCUGUUGUACAGCAAAGUA-UAUAUCAAUUGCAUGCCAACGUAUACCUUAUCCUCCUU-CACUCACA---CCACUUUUCCCUUAUUU
...(((((((....)))))))...(((-(((.................))))))............-........---................. ( -12.93)
>DroSec_CAF1 35030 94 - 1
CAGGCUGUGCGAUCGUACAGCAAAGUAAUAUAUCC-CUUCCUGCUAACGAGUCUGCGAUUCCCUACUAAUUUACAUAUCCAAUUCUCCCAUCUUC
...(((((((....)))))))..((((....(((.-(...((.(....)))...).)))....))))............................ ( -14.70)
>DroEre_CAF1 35542 94 - 1
CAGGCUGUGCGGUCGUACAGCAAAGUAAUAUAUUU-CUGCCUGCUAACGAAUCUACGAUUCCCUACUAAUUUACAUAACCAAUUCUCGAAUUUUU
((((((((((....)))))))...(((........-.)))))).....(((((...))))).................................. ( -13.80)
>DroYak_CAF1 25044 94 - 1
CAGGCUGUGCGAUCGUACAGCAAAGUAAUAUAUCC-CUGCCUGCUAAUGAAUCUCAGAUUCUUUACUAAUUUACAUAUCAAAUUCUCCCAUCUCU
...(((((((....)))))))..(((((.......-..(....)....(((((...))))).)))))............................ ( -14.40)
>DroPer_CAF1 37611 90 - 1
CCGGCUGUGCUGUUGUACAGCAAAGUA-UAUAUCAAUUGCAUGCCAACGUAUACCUUAUCCUCCUC-CACUCACA---CCACUUUUCCCUUAUUU
...(((((((....)))))))...(((-(((.................))))))............-........---................. ( -12.93)
>consensus
CAGGCUGUGCGAUCGUACAGCAAAGUAAUAUAUCC_CUGCCUGCUAACGAAUCCCCGAUUCCCUACUAAUUUACAUAUCCAAUUCUCCCAUCUUU
...(((((((....)))))))...........................(((((...))))).................................. (-12.18 = -11.85 +  -0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	4,520,366 – 4,520,480
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.85
Mean single sequence MFE	-39.09
Consensus MFE	-24.78
Energy contribution	-25.32
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-2.32
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	1.58
SVM RNA-class probability	0.965604
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4520366 114 - 22407834
CGGCCUGCACUCCGUGUGCACGGUCAUCAAGCACCGACCAGCAUGCGAGUGUGUGCCAGGUUACACCGGAGAUCCCUUCUCAGGCUGUGCGAUCGUACAGCAAAGUAAUAUA------UU
.(((.(((((((.((((((..((((..........)))).))))))))))))).)))..(((((....((((.....))))..(((((((....)))))))...)))))...------.. ( -46.20)
>DroPse_CAF1 36020 113 - 1
UGGCCAGAACUCUCUGUGCCAGGUGAUCAAGCAUCGUCCAACAUGCGAAUGCGUGCCUGGUUACACCGGCGAUCCGUUCUCCGGCUGUGCUGUUGUACAGCAAAGUA-UAUA------UC
((((((((....)))).))))((((((.....)))).))...(((((((((..((((.((.....))))))...)))))....(((((((....)))))))...)))-)...------.. ( -39.20)
>DroGri_CAF1 36682 114 - 1
UGGCAUACACUCACUGUGUACUGUUAUCAAGCAUAAUCCGAACUGUCAAUGCGAGCCUGGUUACACCGGAGAUCCAUUCUCUGGCUGUGCUAUUAUACAACAAAGUA-UAAAA-----UC
.(((.(((((.....)))))..........((((..............))))..)))((((.((((((((((.....))))))).)))))))((((((......)))-)))..-----.. ( -30.24)
>DroMoj_CAF1 43900 119 - 1
CGGCAUACACUCGCAGUGUACUGUUAUUAAGCAUAAUCCGAACUGUCAAUGCGAGCCUGGUUACACCGGAGAUCCUUUCUCCGGCUGUGCCAUUAUACACCAAAGUA-UACAAAUUUAUC
.((((((..((((((.((.((.(((((((....))))...))).)))).))))))..........(((((((.....))))))).))))))..(((((......)))-)).......... ( -34.20)
>DroAna_CAF1 35828 114 - 1
UGGCCUGCACUCCGUGUGCACAGCCAUCAAGCACCGACCGACGUGCGAGUGUGUGCCUGGUUACACCGGAGAUCCGUUCUCCGGCUGUGCGAUUGUGCAGCAAAGUAAUGAG------CC
.(((((((((......(((((((((((((.((((((..((.....))..)).)))).))))......(((((.....))))))))))))))...))))))((......)).)------)) ( -46.20)
>DroPer_CAF1 37668 113 - 1
UGGCCAGAACUCUCUGUGCCAGGUGAUCAAGCAUCGUCCAACAUGCGAAUGCGUUCCUGGUUACACCGGCGAUCCGUUCUCCGGCUGUGCUGUUGUACAGCAAAGUA-UAUA------UC
((((((((....)))).)))).(((((((.(((((((.......))).)))).....)))))))..(((.((.....)).)))(((((((....)))))))......-....------.. ( -38.50)
>consensus
UGGCCUGCACUCCCUGUGCACGGUCAUCAAGCAUCGUCCAACAUGCGAAUGCGUGCCUGGUUACACCGGAGAUCCGUUCUCCGGCUGUGCUAUUGUACAGCAAAGUA_UAUA______UC
.(((..((((.....))))...........(((((((.......))).))))..)))....(((..((((((.....))))))(((((((....)))))))...)))............. (-24.78 = -25.32 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	4,520,400 – 4,520,520
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.78
Mean single sequence MFE	-46.12
Consensus MFE	-33.00
Energy contribution	-32.20
Covariance contribution	-0.80
Combinations/Pair	1.48
Mean z-score	-1.87
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	1.14
SVM RNA-class probability	0.920731
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4520400 120 + 22407834
AGAAGGGAUCUCCGGUGUAACCUGGCACACACUCGCAUGCUGGUCGGUGCUUGAUGACCGUGCACACGGAGUGCAGGCCGCAAGCGCCGAUACAUGGGUUCGAGCAGCGCUGGUUCACAC
.....((....)).(((.((((.(((.(...((((((((...(((((((((((.((.((.(((((.....))))))).))))))))))))).))))....))))..).)))))))))).. ( -48.90)
>DroPse_CAF1 36053 120 + 1
AGAACGGAUCGCCGGUGUAACCAGGCACGCAUUCGCAUGUUGGACGAUGCUUGAUCACCUGGCACAGAGAGUUCUGGCCACAAGCUCCAACACACGGAUCUGCGCAGCGCUGGUUGACAC
....(((....)))((((((((((((.((((((((..(((((((....(((((......((((.(((......)))))))))))))))))))..))))..))))..)).)))))).)))) ( -48.00)
>DroGri_CAF1 36716 120 + 1
AGAAUGGAUCUCCGGUGUAACCAGGCUCGCAUUGACAGUUCGGAUUAUGCUUGAUAACAGUACACAGUGAGUGUAUGCCACAUGCACCGGCACAUGGAUUAGCGCAGCGCUGGUUUACAC
....(((....)))((((((((((((((((.....((((((((....(((.((......((((((.....))))))....)).))))))).)).)).....))).))).)))).)))))) ( -36.10)
>DroMoj_CAF1 43939 120 + 1
AGAAAGGAUCUCCGGUGUAACCAGGCUCGCAUUGACAGUUCGGAUUAUGCUUAAUAACAGUACACUGCGAGUGUAUGCCGCAUGCACCGAUACAUGGGUUUGCACAGCGCUGGUUAACAC
.....((....)).(((((((((((((((((.((((.(((...((((....))))))).)).)).)))))(((((.(((.((((........))))))).))))).)).)))))).)))) ( -38.60)
>DroAna_CAF1 35862 120 + 1
AGAACGGAUCUCCGGUGUAACCAGGCACACACUCGCACGUCGGUCGGUGCUUGAUGGCUGUGCACACGGAGUGCAGGCCACAGGCACCGAUGCACGGGUUGGUGCAGCGCUGGUUCACGC
....(((....)))(((.((((((((...((((.((.(((..(((((((((((.(((((.(((((.....)))))))))))))))))))))..))).)).))))..)).))))))))).. ( -62.30)
>DroPer_CAF1 37701 120 + 1
AGAACGGAUCGCCGGUGUAACCAGGAACGCAUUCGCAUGUUGGACGAUGCUUGAUCACCUGGCACAGAGAGUUCUGGCCACAAGCUCCAACACACGGAUCUGCGCAGCGUUGGUUGACAC
....(((....)))(((((((((((..((((((((..(((((((....(((((......((((.(((......)))))))))))))))))))..))))..))))...).)))))).)))) ( -42.80)
>consensus
AGAACGGAUCUCCGGUGUAACCAGGCACGCAUUCGCAUGUCGGACGAUGCUUGAUAACCGUGCACAGAGAGUGCAGGCCACAAGCACCGACACACGGAUUUGCGCAGCGCUGGUUCACAC
....(((....)))((((((((((((.((((((((..(((((((....(((((....((.(((((.....)))))))...))))))))))))..)))))..)))..)).)))))).)))) (-33.00 = -32.20 +  -0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	4,520,400 – 4,520,520
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.78
Mean single sequence MFE	-47.35
Consensus MFE	-28.48
Energy contribution	-30.10
Covariance contribution	1.62
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-2.47
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	1.43
SVM RNA-class probability	0.953045
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4520400 120 - 22407834
GUGUGAACCAGCGCUGCUCGAACCCAUGUAUCGGCGCUUGCGGCCUGCACUCCGUGUGCACGGUCAUCAAGCACCGACCAGCAUGCGAGUGUGUGCCAGGUUACACCGGAGAUCCCUUCU
((((((.((.((((((((((....(((((.((((.(((((.(((((((((.....))))).))))..))))).))))...))))))))))).))))..)))))))).((((....)))). ( -52.90)
>DroPse_CAF1 36053 120 - 1
GUGUCAACCAGCGCUGCGCAGAUCCGUGUGUUGGAGCUUGUGGCCAGAACUCUCUGUGCCAGGUGAUCAAGCAUCGUCCAACAUGCGAAUGCGUGCCUGGUUACACCGGCGAUCCGUUCU
((((.((((((.((.(((((....((((((((((((((((((((((((....)))).))))......)))))....)))))))))))..)))))))))))))))))(((....))).... ( -53.50)
>DroGri_CAF1 36716 120 - 1
GUGUAAACCAGCGCUGCGCUAAUCCAUGUGCCGGUGCAUGUGGCAUACACUCACUGUGUACUGUUAUCAAGCAUAAUCCGAACUGUCAAUGCGAGCCUGGUUACACCGGAGAUCCAUUCU
((((((.((((.(((.(((.....((.((..((((((.((((((((((((.....))))).))))).)).)))....))).)))).....)))))))))))))))).((....))..... ( -40.10)
>DroMoj_CAF1 43939 120 - 1
GUGUUAACCAGCGCUGUGCAAACCCAUGUAUCGGUGCAUGCGGCAUACACUCGCAGUGUACUGUUAUUAAGCAUAAUCCGAACUGUCAAUGCGAGCCUGGUUACACCGGAGAUCCUUUCU
((((.((((((.(((.((((....((.((.((((...(((((((((((((.....))))).)))).....))))...))))))))....))))))))))))))))).((....))..... ( -37.30)
>DroAna_CAF1 35862 120 - 1
GCGUGAACCAGCGCUGCACCAACCCGUGCAUCGGUGCCUGUGGCCUGCACUCCGUGUGCACAGCCAUCAAGCACCGACCGACGUGCGAGUGUGUGCCUGGUUACACCGGAGAUCCGUUCU
..(((((((((.((.((((..((.((..(.(((((((.((((((.(((((.....)))))..)))).)).))))))).....)..)).)))))))))))))).)))(((....))).... ( -53.40)
>DroPer_CAF1 37701 120 - 1
GUGUCAACCAACGCUGCGCAGAUCCGUGUGUUGGAGCUUGUGGCCAGAACUCUCUGUGCCAGGUGAUCAAGCAUCGUCCAACAUGCGAAUGCGUUCCUGGUUACACCGGCGAUCCGUUCU
((((.(((((.....(((((....((((((((((((((((((((((((....)))).))))......)))))....)))))))))))..)))))...)))))))))(((....))).... ( -46.90)
>consensus
GUGUCAACCAGCGCUGCGCAAACCCAUGUAUCGGUGCUUGUGGCCUGCACUCCCUGUGCACGGUCAUCAAGCAUCGUCCAACAUGCGAAUGCGUGCCUGGUUACACCGGAGAUCCGUUCU
((((.((((((.((.(((((....(((((.((((.((.((((((((((((.....))))).))))).)).)).....)))).)))))..))))))))))))))))).((....))..... (-28.48 = -30.10 +   1.62)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:07:59 2006