Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,519,402 – 4,519,522 |
Length | 120 |
Max. P | 0.506751 |
Location | 4,519,402 – 4,519,522 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.11 |
Mean single sequence MFE | -47.09 |
Consensus MFE | -31.71 |
Energy contribution | -31.52 |
Covariance contribution | -0.19 |
Combinations/Pair | 1.37 |
Mean z-score | -2.10 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | -0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.506751 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 4519402 120 - 22407834 AUGACGAGUGCCAGAACCAUCUUUCCUGUCAGCAGGAGCGCUGCGUGGAUCCGUGCCCCGGAUCGUGUGGUAGCAACGCCAUCUGCCAGGUGGUGCAGCACAAUGCUGUAUGCUCCUGCG .((((.((.(..(((....)))..)))))))(((((((((((((...((((((.....)))))).....)))))..((((........))))(((((((.....))))))))))))))). ( -50.80) >DroPse_CAF1 35049 120 - 1 ACGACGAGUGCCAGAAUCAUCUAUCCUGCCAGCAGGAGCGCUGCGUCGAUCCCUGUCCUGGCUCAUGCGGCAGUAACGCCGUCUGUCAGGUAGUGCAACAUAAUGCCGUCUGCUCCUGUG .((((((((((.(((....))).(((((....)))))))))).)))))....(((.((((((....(((((......)))))..))))))))).(((((........)).)))....... ( -43.20) >DroGri_CAF1 35705 120 - 1 ACGACGAAUGCCAAAAUAAUCUCUCGUGCCAGCAAGAGCGUUGCAUCAACCCGUGUCCUGGCUCAUGUGGCAGCAACGCCAUCUGCCAGGUUGUACAGCACAAUGCGGUCUGCUCCUGCG ((((.((..............))))))....(((.((((((((...))))((((..((((((....(((((......)))))..))))))((((.....)))).))))...)))).))). ( -36.74) >DroEre_CAF1 34638 120 - 1 AUGACGAGUGCCAGAACCAUCUUUCUUGUCAGCAGGAGCGCUGCGUGGAUCCAUGUCCUGGUUCGUGUGGUAGCAAUGCCAUCUGCCAGGUGGUGCAGCAUAAUGCUGUAUGCUCCUGCG .(((((((....(((....)))..)))))))((((((((...(((((....)))))((((((....((((((....))))))..))))))..(((((((.....))))))))))))))). ( -57.10) >DroMoj_CAF1 42932 120 - 1 ACGACGAAUGCCAAAAUCAUCUGUCCUGCCAACAGGAGCGCUGCGUUGAUCCUUGCCCUGGCUCAUGCGGCAGCAAUGCCAUUUGCCAGGUGGUUCAACACAAUGCAGUUUGCUCCUGUG ..((((.(((.......))).))))......((((((((((((((((((.((....((((((......((((....))))....)))))).)).))))).....)))))..)))))))). ( -48.60) >DroAna_CAF1 34860 120 - 1 ACGACGAGUGCCAAAACCAUCUGUCCUGCCAGCAGGAGCGAUGUGUGGAUCCUUGCCCAGGAUCGUGCGGCAGUAACGCCAUCUGCCAGGUCGUGCAGCACAAUGCUGUCUGCUCCUGCG ..((((..((.......))..))))......((((((((((((..((.(((((.....)))))))..)(((((.........)))))..)))..(((((.....)))))..)))))))). ( -46.10) >consensus ACGACGAGUGCCAAAACCAUCUGUCCUGCCAGCAGGAGCGCUGCGUGGAUCCGUGCCCUGGCUCAUGCGGCAGCAACGCCAUCUGCCAGGUGGUGCAGCACAAUGCUGUCUGCUCCUGCG ...............................(((((((((..((((.......(((((((((....(((((......)))))..))))))....))).....))))....))))))))). (-31.71 = -31.52 + -0.19)
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