Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,482,200 – 4,482,320 |
Length | 120 |
Max. P | 0.658395 |
Location | 4,482,200 – 4,482,320 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.94 |
Mean single sequence MFE | -48.90 |
Consensus MFE | -26.19 |
Energy contribution | -27.83 |
Covariance contribution | 1.64 |
Combinations/Pair | 1.39 |
Mean z-score | -1.77 |
Structure conservation index | 0.54 |
SVM decision value | 0.26 |
SVM RNA-class probability | 0.658395 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 4482200 120 + 22407834 ACCAGGACAGUCGGUAUCCAACUGGCAGAUGGGCUGUGGCGGCGGUCGGCAGUCCACGUAUGGAUUGCCCAGGAAAUCGACAGGACAGCGGCACACGGCCAGAUGGUUCUGAGCCCUGCA ..((((((.((((((.....)))))).....(((((((((.((.((((((((((((....)))))))))..(........)..))).)).)).))))))).....))))))......... ( -52.30) >DroVir_CAF1 21598 120 + 1 CGCUGGGCAGUCCGUAUCCAGUUUGCAAACGGGCUGUGGUUGUGGGCGACAGUCCACAUACGGAUUACCCAAGAAGUUCGACGGACAGCGGCACACGGCCAUAUGAUUUUGUGGGCGACA (((((((.(((((((((((((((((....))))))).)).(((((((....))))))))))))))).))).....(((.....))))))).....((.(((((......))))).))... ( -49.40) >DroPse_CAF1 41322 120 + 1 CGAGGGGCAGUCCGUGUCCAGCACGCAGACGGGCUGCGGCUGGGGACGGCAGUCCACGUAAGGAUUGCCAACAAAGUCGGAAGGACAGCGACAGACAGCCAGGUGGUUCUGGGGGCGGCA ......((.((((((.((((((.(((((.....))))))))))).))((((((((......))))))))......((((.........))))......(((((....))))))))).)). ( -55.00) >DroGri_CAF1 19144 120 + 1 AGCGGGACAAUCCGUAUCCAGUUUGCAAACGGGCUGUGGCUGCGGUCGGCAAGCCACAUAGGGAUUACCCAGGUAGUCUGGUGGGCAGCGGCACACAGCCAUAUGAUUCUGUGGACGACA .((((......)))).....(((..((....((((((((((((.(((((....)).(((..(((((((....))))))).)))))).))))).))))))).........))..))).... ( -49.12) >DroMoj_CAF1 21365 120 + 1 AGCAGGACAGUCCGUAUCCAGUUUGCAGACAGGUUGGGGCUCCGGGCGACAGUCCACAUAUGGAUUGCCAAUGAAAUCUGAUGGGCAGCGGCAAACGGCCAUGUGGUUCUGUGGACGACA .(((((((.(((((..(((((..((....))..)))))....))))).........(((((((.(((((..((...((....)).))..)))))....))))))))))))))........ ( -41.80) >DroAna_CAF1 21563 120 + 1 GGCGGGACAAUCCGUGUCCAGUUGGCAGAUGGGUUGCGGCGGAGGACGGCAGUCCACAUAGGGAUUGCCAAGGAAGUCGGCCGGACAGCGACACACAGCCAAGUGGUUUUGAGGUCGGCA (((....((((((((.(((....)).).))))))))(((((.....)((((((((......))))))))......)))))))......((((.((.((((....)))).))..))))... ( -45.80) >consensus AGCGGGACAGUCCGUAUCCAGUUUGCAGACGGGCUGUGGCUGCGGACGGCAGUCCACAUAGGGAUUGCCAAGGAAGUCGGAAGGACAGCGGCACACAGCCAUAUGGUUCUGUGGACGACA ..((((((.(((.(((.......))).))).(((((..(((((....((((((((......))))))))......(((.....))).)))))...))))).....))))))......... (-26.19 = -27.83 + 1.64)
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