Locus 1652

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	4,468,782 – 4,468,942
Length	160
Max. P	0.820418

overview

Window 6

Location	4,468,782 – 4,468,902
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.39
Mean single sequence MFE	-34.32
Consensus MFE	-29.16
Energy contribution	-28.35
Covariance contribution	-0.80
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-2.01
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	0.68
SVM RNA-class probability	0.820418
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4468782 120 - 22407834
UCUCAUGUCUCUUCGGGAUGCCCAACAUCAUACAGGGUGGCAUCUACUACUUCCAGCUAAUGGAUCACUACGCCGCCUCCGUGACGAUCAUGUUUCUGGCCUUCUGUCAAAUGAUUGCCA
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>DroVir_CAF1 4500 120 - 1
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>DroGri_CAF1 4173 120 - 1
UCUCAUGCCUCUUUGGACUGCCGAAUAUUAUACAGGGCGGCAUCUACUACUUCCAGCUGAUGGAUCACUAUGCUGCCUCCGUGACGAUUAUGUUUCUGGCCUUCUGUCAGAUGAUUGCCA
..(((((....(((((....))))).........(((((((((........((((.....)))).....))))))))).)))))((((((....((((((.....))))))))))))... ( -31.62)
>DroWil_CAF1 3539 120 - 1
UAUCAUGCCUAUUUGGUAUGCCAAAUAUUAUACAAGGUGGCAUCUAUUAUUUCCAACUGAUGGAUCAUUAUGCUGCCUCGGUGACAAUAAUGUUCUUGGCCUUUUGCCAAAUGAUUGCCA
......((.(((((((((.((((((((((((...(((..((((........((((.....)))).....))))..))).(....).)))))))..)))))....)))))))))...)).. ( -34.52)
>DroMoj_CAF1 4239 120 - 1
UCGCGUGCCUCUUCGGAUUGCCGAACAUUAUACAGGGCGGCAUCUACUACUUCCAGCUAAUGGAUCACUAUGCUGCCUCCGUGACGAUUAUGUUUCUGGCCUUCUGCCAGAUGAUUGCCA
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>DroAna_CAF1 7479 120 - 1
UCUCGUGCCUUUUCGGAAUGCCGAACAUCAUCCAGGGUGGCAUCUAUUACUUCCAGCUAAUGGAUCACUACGCCGCAUCCGUGACGAUCAUGUUUCUGGCCUUCUGCCAGAUGAUAGCUA
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>consensus
UCUCAUGCCUCUUCGGAAUGCCGAACAUCAUACAGGGCGGCAUCUACUACUUCCAGCUAAUGGAUCACUAUGCUGCCUCCGUGACGAUUAUGUUUCUGGCCUUCUGCCAGAUGAUUGCCA
...........(((((....)))))..((((...(((((((((........((((.....)))).....)))))))))..))))(((((((....(((((.....))))))))))))... (-29.16 = -28.35 +  -0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	4,468,822 – 4,468,942
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.67
Mean single sequence MFE	-34.47
Consensus MFE	-27.40
Energy contribution	-26.49
Covariance contribution	-0.91
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-1.45
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	-0.03
SVM RNA-class probability	0.517128
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4468822 120 - 22407834
CUGGGCUAUCACGAAAUCGUGGUCCUGUUCGUCUGUGUCAUCUCAUGUCUCUUCGGGAUGCCCAACAUCAUACAGGGUGGCAUCUACUACUUCCAGCUAAUGGAUCACUACGCCGCCUCC
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>DroVir_CAF1 4540 120 - 1
CUGGGCUACCAUGAGAUUGUGGUACUCUUUGUCUGCGUUAUUUCGUGCCUCUUUGGAUUGCCAAACAUCAUACAGGGCGGCAUCUACUAUUUCCAGCUAAUGGAUCAUUAUGCUGCCUCU
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>DroPse_CAF1 28167 120 - 1
CUGGGCUACCACGAGAUAGUUGUGCUUUUUGUCUGCGUUAUCUCGUGCCUCUUCGGUAUGCCGAACAUCAUACAGGGUGGGAUCUACUACUUCCAGCUGAUGGACCACUAUGCUGCCUCG
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>DroGri_CAF1 4213 120 - 1
CUAGGCUACCAUGAGAUUGUGGUGCUCUUUGUCUGUGUCAUCUCAUGCCUCUUUGGACUGCCGAAUAUUAUACAGGGCGGCAUCUACUACUUCCAGCUGAUGGAUCACUAUGCUGCCUCC
...(((...(((((((...(((..(.........)..))))))))))((.....))...)))............(((((((((........((((.....)))).....))))))))).. ( -34.72)
>DroWil_CAF1 3579 120 - 1
UUGGGCUAUCAUGAGAUUGUGGUGCUCUUUGUAUGUGUCAUAUCAUGCCUAUUUGGUAUGCCAAAUAUUAUACAAGGUGGCAUCUAUUAUUUCCAACUGAUGGAUCAUUAUGCUGCCUCG
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>DroAna_CAF1 7519 120 - 1
CUGGGCUACCACGAAAUAGUGGUUCUCUUCGUAUGCGUAAUCUCGUGCCUUUUCGGAAUGCCGAACAUCAUCCAGGGUGGCAUCUAUUACUUCCAGCUAAUGGAUCACUACGCCGCAUCC
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>consensus
CUGGGCUACCACGAGAUUGUGGUGCUCUUUGUCUGCGUCAUCUCAUGCCUCUUCGGAAUGCCGAACAUCAUACAGGGUGGCAUCUACUACUUCCAGCUAAUGGAUCACUAUGCUGCCUCC
..((((((((((......))))))..........(((......))))))).(((((....))))).........(((((((((........((((.....)))).....))))))))).. (-27.40 = -26.49 +  -0.91)

alignment

secondary structure

dotplot

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