Locus 162

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 479,153 – 479,259
Length 106
Max. P 0.996281
window249 window250

overview

Window 9

Location 479,153 – 479,259
Length 106
Sequences 6
Columns 107
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.57
Mean single sequence MFE -45.58
Consensus MFE -27.15
Energy contribution -29.02
Covariance contribution 1.86
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -3.05
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 2.68
SVM RNA-class probability 0.996281
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 479153 106 + 22407834
UCGCUCGCACUCACACAUCACUCGCUGUGCAUGCGGUGUUCACGUGAAAGCGUGUUGGCUGCGUGAUCGCAUGGCUGUGUGCGAGUGCGAGCGGGACGAGGCACU-U
((((((((((((.((((.((...((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))....))))))))))))).))))))))))))...........-. ( -54.90)
>DroVir_CAF1 33347 103 + 1
GUU-UGGGUUU---GUAUCACUCGUUGUGCAUGCGGUGUUCACGUGAAAGCGUGCCCGCUGCGUGAUCGCAUAGCGCUACACUAGAGCGAACGAGAUGCGAGACUUU
...-.((((((---(((((..(((((((((((((((((..(((((....)))))..)))))))))..)))....((((.......)))))))))))))).)))))). ( -41.20)
>DroGri_CAF1 27202 103 + 1
GUG-UGUGUCU---GUAUCACUCGCUGUGCAUGCGGUGUUCACGUGAAAGCGUGCCCGCUGCGUGAUCGCAUAGCGUUCAAUGGGUGCAAGCGAGAUACAAGACUUU
...-...((((---(((((..(((((.(((((((((((..(((((....)))))..)))))).(((.(((...))).)))....))))))))))))))).))))... ( -45.30)
>DroSim_CAF1 24978 106 + 1
UCGCUCGCACUCACACAUCACUCGCUGUGCAUGCGGUGUUCACGUGAAAGCGUGCUGGCUGCGUGAUCGCAUGGCUGUGUGCGAGUGCGAGCGGGACGGGGCACU-U
((((((((((((.((((.((...((((((((((((((...(((((....)))))...)))))))....))))))))))))).))))))))))))...........-. ( -54.20)
>DroMoj_CAF1 26717 100 + 1
AUA-UG---CU---GUAUCACUCGCUGUGCAUGCGGUGUUCACGUGAAAGCGUGCCCGCUGCGUGAUCGCAUAGCGUUACUGCGGUGCGAGCGAGAUGCGAGACUUU
...-..---.(---(((((..((((....(((((((((..(((((....)))))..))))))))).((((((.(((....))).))))))))))))))))....... ( -44.60)
>DroAna_CAF1 31125 107 + 1
UCGCUUCCACUCGCCAAUCAUCCACUGUCCAUGCGGUGUUCACGUGAACGCGUGCUGGCUGCGUGAUCACAUAGCUGACAAUGAGUCAGAGCAGGAUGGAACACUUU
..(.(((((..(((((......((((((....))))))..(((((....))))).))))(((((....))....(((((.....))))).))))..))))))..... ( -33.30)
>consensus
UCG_UGGCACU___GUAUCACUCGCUGUGCAUGCGGUGUUCACGUGAAAGCGUGCCCGCUGCGUGAUCGCAUAGCGGUAAACGAGUGCGAGCGAGAUGCGACACUUU
....................(((((....((((((((...(((((....)))))...)))))))).((((((............)))))))))))............ (-27.15 = -29.02 +   1.86)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 479,153 – 479,259
Length 106
Sequences 6
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.57
Mean single sequence MFE -38.95
Consensus MFE -17.36
Energy contribution -16.92
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.80
Structure conservation index 0.45
SVM decision value 2.10
SVM RNA-class probability 0.987974
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 479153 106 - 22407834
A-AGUGCCUCGUCCCGCUCGCACUCGCACACAGCCAUGCGAUCACGCAGCCAACACGCUUUCACGUGAACACCGCAUGCACAGCGAGUGAUGUGUGAGUGCGAGCGA
.-............((((((((((((((((....((((((.(((((.(((......)))....)))))....))))))(((.....))).)))))))))))))))). ( -47.70)
>DroVir_CAF1 33347 103 - 1
AAAGUCUCGCAUCUCGUUCGCUCUAGUGUAGCGCUAUGCGAUCACGCAGCGGGCACGCUUUCACGUGAACACCGCAUGCACAACGAGUGAUAC---AAACCCA-AAC
...(((((((((..(((((((....))).))))..))))))....(((((((.((((......))))....)))).))).........)))..---.......-... ( -31.20)
>DroGri_CAF1 27202 103 - 1
AAAGUCUUGUAUCUCGCUUGCACCCAUUGAACGCUAUGCGAUCACGCAGCGGGCACGCUUUCACGUGAACACCGCAUGCACAGCGAGUGAUAC---AGACACA-CAC
...((((.(((((..((((((......(((.(((...))).))).(((((((.((((......))))....)))).)))...)))))))))))---))))...-... ( -38.50)
>DroSim_CAF1 24978 106 - 1
A-AGUGCCCCGUCCCGCUCGCACUCGCACACAGCCAUGCGAUCACGCAGCCAGCACGCUUUCACGUGAACACCGCAUGCACAGCGAGUGAUGUGUGAGUGCGAGCGA
.-............((((((((((((((((....((((((.(((((.(((......)))....)))))....))))))(((.....))).)))))))))))))))). ( -47.70)
>DroMoj_CAF1 26717 100 - 1
AAAGUCUCGCAUCUCGCUCGCACCGCAGUAACGCUAUGCGAUCACGCAGCGGGCACGCUUUCACGUGAACACCGCAUGCACAGCGAGUGAUAC---AG---CA-UAU
........((...((((((((..((((.........)))).....(((((((.((((......))))....)))).)))...))))))))...---.)---).-... ( -36.10)
>DroAna_CAF1 31125 107 - 1
AAAGUGUUCCAUCCUGCUCUGACUCAUUGUCAGCUAUGUGAUCACGCAGCCAGCACGCGUUCACGUGAACACCGCAUGGACAGUGGAUGAUUGGCGAGUGGAAGCGA
...((.(((((..((((.(((((.....)))))....((....)))))(((((((((((((((.(((.....))).))))).)))..)).))))))..))))))).. ( -32.50)
>consensus
AAAGUCUCGCAUCCCGCUCGCACUCGUACACAGCUAUGCGAUCACGCAGCCAGCACGCUUUCACGUGAACACCGCAUGCACAGCGAGUGAUAC___AGUGCCA_CAA
.........((.((((((.((...........))((((((.(((((.(((......)))....)))))....))))))...)))))))).................. (-17.36 = -16.92 +  -0.44)

alignment

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secondary structure

Postscript

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