Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,874,922 – 3,875,042 |
Length | 120 |
Max. P | 0.561195 |
Location | 3,874,922 – 3,875,042 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.72 |
Mean single sequence MFE | -48.15 |
Consensus MFE | -29.05 |
Energy contribution | -29.77 |
Covariance contribution | 0.73 |
Combinations/Pair | 1.42 |
Mean z-score | -1.57 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | 0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.561195 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 3874922 120 - 22407834 CACGACCUUGGCCGAAGUUCAUGCGGUGGUAAACGAGCUGCUGAGCAGCGUGGAUGAACCACCGCGUCGUCCAUCGAAGAGAUGUGUGAAUCUCACGGAGCUGCUGAACGCCAGUGAGGC .....((((((((((.(..(((((((((((...((.(((((...))))).)).....)))))))))).)..).)))..(((((......))))).....)))((((.....)))))))). ( -43.10) >DroVir_CAF1 28994 120 - 1 CGCCACACUGGCCGAGGUGCACGCCGUGGUUAACGAGCUGCUCAGCAGUGUGGACGAGCCGCCCAGGCGACCAUCGAAGCGCUGCAUCAAUCUCACCGAGCUGCUCAACGCCAGCGAGGC .(((.(.(((((.((((((((.(((((.....))).)))))...(((((((...(((..(((....)))....)))..)))))))....)))))...(((...)))...))))).).))) ( -48.10) >DroGri_CAF1 18143 120 - 1 UGCCACUCUGGCCGAAGUCCAUGCUGUUGUCAAUGAGCUGCUGAGCAGCGUGGAUGAGCCACCGAGGCGUCCCUCGAAGCGCUGCAUCAAUUUCACGGAGCUCCUCAACGCCAGCGAGGC .(((.(.(((((...(((....)))((((.....(((((.(((((((((((((.....))))(((((....)))))....))))).......))).).)))))..))))))))).).))) ( -45.31) >DroWil_CAF1 26210 120 - 1 CUCAACUCUGGCCGAGGUUCAUGCGGUGGUCAAUGAGCUGUUAAGCAGUGUGGAUGAACCACCGCGUAGACCAUCGAAACGUUGUGUCAAUUUGAUGGAACUACUUAAUGCCAGCGAGUC (((....(((((((((((..((((((((((((....((((.....)))).....)).))))))))))..))).)))....(((.((((.....)))).)))........))))).))).. ( -46.10) >DroMoj_CAF1 20373 120 - 1 CGCCACCCUGGCCGAGGUGCAUGCGGUGGUCAACGAGCUGCUGAGCAGCGUCGAUGAGCCGCCGCGGCGGCCCUCCAAGCGCUGCAUCAACCUGACCGAGCUGCUCAAUGCCAGCGAGGC .(((.(.(((((.((((.((.(((((((((((.((((((((...))))).))).))).))))))))...))))))..((((((...((.....))...))).)))....))))).).))) ( -56.40) >DroAna_CAF1 21234 120 - 1 CACCACUUUGGCGGAGGUUCAUGCGGUGGUUAACGAACUGCUGAGCAGUGUGGAUGAACCACCGCGGCGACCAUCCAAGAGGUGUGUGAAUCUCACGGAUGUCCUGAAUGCCAGUGAAUC ...((((..((((((((((..((((((((((..((.(((((...))))).))....))))))))))..)))).)))..((.((.((((.....)))).)).))......))))))).... ( -49.90) >consensus CGCCACUCUGGCCGAGGUUCAUGCGGUGGUCAACGAGCUGCUGAGCAGCGUGGAUGAACCACCGCGGCGACCAUCGAAGCGCUGCAUCAAUCUCACGGAGCUGCUCAACGCCAGCGAGGC .....(.((((((((((((..(((((((((......(((((...)))))........)))))))))..)))).)))....(((.(.((.....)).).)))........))))).).... (-29.05 = -29.77 + 0.73)
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