Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,870,802 – 3,870,910 |
Length | 108 |
Max. P | 0.569874 |
Location | 3,870,802 – 3,870,910 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.12 |
Mean single sequence MFE | -39.57 |
Consensus MFE | -17.98 |
Energy contribution | -18.29 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -2.40 |
Structure conservation index | 0.45 |
SVM decision value | 0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.569874 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 3870802 108 + 22407834 CACCUGAGUCUCGAUCAAAAUUCAGCCGCCGUGGUAAAUGAUUUGGCGAAAAGAUGCACCAUGCUCACCGAUCAGGUUCAAAUGCUGCAAAGCUCGAUUGGAACCAUC ....((.((..(((((..........(((((............)))))......((((.(((....(((.....)))....))).))))......)))))..)))).. ( -24.80) >DroVir_CAF1 25288 108 + 1 CAACUGUGCCUGGAUCAGAACUCGGCAGCCGUUGUAAAUGAUUUGGCGAAGCGUUGCACAAUGCUUACCGAUCAGGUGCAGCAGCUGCAGAGCUCGAUUGGCACUAUU .....(((((..((((.((.(((.(((((.((((((..(((((.((..(((((((....))))))).)))))))..)))))).))))).))).))))))))))).... ( -47.80) >DroWil_CAF1 20696 108 + 1 CAUGUGAGCCUCGAUCAUAACUCGGCGGCUGUGGUAAAUGAUUUGGCCAAGCGUUGCACAAUGCUGACCGAUCAAGUGCAACAGCUGCAGAGUUCGAUUGGCACCAUA .(((.(.(((..((((..(((((.((((((((.(((..(((((.((...((((((....))))))..)))))))..))).)))))))).))))).))))))).)))). ( -43.50) >DroMoj_CAF1 16518 108 + 1 CAAGUGUGCCUCGAUCAGAACUCGGCCGCUGUUGUCAAUGAUCUGGCUAAGCGUUGCACAAUGCUUACCGAUCAGGUGCAACAGCUGCAGAGCUCGAUCGGCACGAUU ....((((((..((((.((.(((.((.((((((((...(((((.((.((((((((....)))))))))))))))...)))))))).)).))).))))))))))))... ( -51.30) >DroAna_CAF1 17298 108 + 1 AACGUGAGCCUUGAUCAGAACUCUGCCUCGGUGGUUAAUGAUCUGGCGAAGCGAUGCACUCUGUUGACGGACCAGGUUCAAUCGCUGCAGAGCUCGAUUGGAACCAUU ..(((..(((..(((((.....(..(....)..)....))))).)))...)))......((((....))))...((((((((((..((...)).))))).)))))... ( -33.40) >DroPer_CAF1 13473 108 + 1 CCCGUGAGUCUUGAUCAUAACUCGGCCUCUGUGGUCAACGAUCUGGCCAAGCGCUGUACCAUGCUGACGGACCAGGUGCAGCAGCUGCGCAGCUCGAUCGGAACGAUU ..(((((((..(....)..))))((((.....))))..(((((.(((..(((((((((((.((.........)))))))))).))).....))).)))))..)))... ( -36.60) >consensus CACGUGAGCCUCGAUCAGAACUCGGCCGCUGUGGUAAAUGAUCUGGCGAAGCGUUGCACAAUGCUGACCGAUCAGGUGCAACAGCUGCAGAGCUCGAUUGGAACCAUU .......(((.............)))....(((((...(((((.(((..((((((((((................))))))).))).....))).)))))..))))). (-17.98 = -18.29 + 0.31)
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