Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,837,718 – 3,837,838 |
Length | 120 |
Max. P | 0.981362 |
Location | 3,837,718 – 3,837,838 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 90.28 |
Mean single sequence MFE | -43.72 |
Consensus MFE | -37.11 |
Energy contribution | -37.95 |
Covariance contribution | 0.84 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -2.92 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 1.89 |
SVM RNA-class probability | 0.981362 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 3837718 120 - 22407834 UGAUUGGUCAUUAUGUACUCGUAGAUGCCAUUCAGGGUUAGACGCUUCUCGGAACUCUGACGAAUGGCCAUCAUGAUUAGGGCAUUGUAGCUGUAAGGUGGCUUUUCGUUGCCUUUCUUA .((.((((..(((((....)))))..)))).))((((((...((.....)).))))))((((((.(((((((....(((.(((......))).)))))))))).)))))).......... ( -35.50) >DroSec_CAF1 26586 120 - 1 UGAUUGGUCAUGAUGUACUCGUAGAUGCCAUUCAGGGUUAGACGCUUUUCGGAGCUCUGACGAAUGGCCAUCAUGAUCAGGGCAUUGUAGCUGUAAGGUGGCUUUUCGUUGCCCUUCUUA ....(((((((((((...........(((((((...((((((.((((....))))))))))))))))))))))))))))(((((.((.((((.......))))...)).)))))...... ( -46.50) >DroEre_CAF1 31177 120 - 1 UGAUUGGUCAUGAUGUACUCGUAGAUGCCAUUCAGAGUUAGACGCUUCUCGGAGCUCUGGCGAAUGGCCAUCAUGAUCAGGGCAUUGUAGCUGUACGGUGGCUUUUCGUUGCCCUUUUUA ....(((((((((((...........(((((((...((((((.((((....))))))))))))))))))))))))))))(((((.((.((((.......))))...)).)))))...... ( -47.10) >DroWil_CAF1 50579 120 - 1 UGAUUGGUCAUUAUGUACUCGUAGAUCCCAUUCAGAGUUAGACGUUUCUCCUGACUCUGGCGUAUGGCCAUCAUAAUGAGGGCAUUGUAGCUGUAAGGGGGCUUCUCAUUGCCCUUCUUA ((((.((((((.((((.......(....)...(((((((((.........)))))))))))))))))))))))(((.(((((((.((.((((.......))))...)).))))))).))) ( -39.60) >DroYak_CAF1 27946 120 - 1 UGAUUGGUCAUGAUGUACUCGUAGAUGCCAUUCAGUGUUAGACGCUUCUCGGAACUCUGACGAAUGGCCAUCAUGAUCAAGGCAUUAUAGCUGUACGGCGGCUUUUCGUUGCCCUUUUUA ...((((((((((((...........(((((((((((.....))))..((((....)))).)))))))))))))))))))((((....(((((.....)))))......))))....... ( -42.00) >DroAna_CAF1 27853 120 - 1 UGAUUGGUCAUGAUGUACUCGUAGAUGCCAUUCAGGGUCAGGCGCUUCUCCGCGCUCUGCCGGAUGGCCAUCAUGAUCAGGGCGUUGUAGCUGUACGGCGGCUUCUCGUUGCCCUUCUUG ....(((((((((((...........(((((((..((.(((((((......)))).)))))))))))))))))))))))(((((.((.(((((.....)))))...)).)))))...... ( -51.60) >consensus UGAUUGGUCAUGAUGUACUCGUAGAUGCCAUUCAGGGUUAGACGCUUCUCGGAACUCUGACGAAUGGCCAUCAUGAUCAGGGCAUUGUAGCUGUAAGGUGGCUUUUCGUUGCCCUUCUUA ....(((((((((((...........(((((((...((((((.((((....))))))))))))))))))))))))))))(((((.((.(((((.....)))))...)).)))))...... (-37.11 = -37.95 + 0.84)
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