Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,807,571 – 3,807,691 |
Length | 120 |
Max. P | 0.824470 |
Location | 3,807,571 – 3,807,691 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 100.00 |
Mean single sequence MFE | -32.50 |
Consensus MFE | -32.50 |
Energy contribution | -32.50 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.46 |
Structure conservation index | 1.00 |
SVM decision value | 0.69 |
SVM RNA-class probability | 0.824470 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 3807571 120 + 22407834 AUCGCCGCCAUUGGAGGCAUUCAAGCCAAAUCGUAGCCAUAUGAUGUUCCGCUCCACAACGCCACUGAUAUUAUCGGAGGCCCGAUGUGGCAUCGAAAAUAUUAAAUUAUGUGAUAAUAG ...(((((.(((((.(((......)))..((((((....))))))...............(((.(((((...))))).)))))))))))))((((...(((......))).))))..... ( -32.50) >DroSec_CAF1 16879 120 + 1 AUCGCCGCCAUUGGAGGCAUUCAAGCCAAAUCGUAGCCAUAUGAUGUUCCGCUCCACAACGCCACUGAUAUUAUCGGAGGCCCGAUGUGGCAUCGAAAAUAUUAAAUUAUGUGAUAAUAG ...(((((.(((((.(((......)))..((((((....))))))...............(((.(((((...))))).)))))))))))))((((...(((......))).))))..... ( -32.50) >DroSim_CAF1 16870 120 + 1 AUCGCCGCCAUUGGAGGCAUUCAAGCCAAAUCGUAGCCAUAUGAUGUUCCGCUCCACAACGCCACUGAUAUUAUCGGAGGCCCGAUGUGGCAUCGAAAAUAUUAAAUUAUGUGAUAAUAG ...(((((.(((((.(((......)))..((((((....))))))...............(((.(((((...))))).)))))))))))))((((...(((......))).))))..... ( -32.50) >DroEre_CAF1 18338 120 + 1 AUCGCCGCCAUUGGAGGCAUUCAAGCCAAAUCGUAGCCAUAUGAUGUUCCGCUCCACAACGCCACUGAUAUUAUCGGAGGCCCGAUGUGGCAUCGAAAAUAUUAAAUUAUGUGAUAAUAG ...(((((.(((((.(((......)))..((((((....))))))...............(((.(((((...))))).)))))))))))))((((...(((......))).))))..... ( -32.50) >DroYak_CAF1 18703 120 + 1 AUCGCCGCCAUUGGAGGCAUUCAAGCCAAAUCGUAGCCAUAUGAUGUUCCGCUCCACAACGCCACUGAUAUUAUCGGAGGCCCGAUGUGGCAUCGAAAAUAUUAAAUUAUGUGAUAAUAG ...(((((.(((((.(((......)))..((((((....))))))...............(((.(((((...))))).)))))))))))))((((...(((......))).))))..... ( -32.50) >consensus AUCGCCGCCAUUGGAGGCAUUCAAGCCAAAUCGUAGCCAUAUGAUGUUCCGCUCCACAACGCCACUGAUAUUAUCGGAGGCCCGAUGUGGCAUCGAAAAUAUUAAAUUAUGUGAUAAUAG ...(((((.(((((.(((......)))..((((((....))))))...............(((.(((((...))))).)))))))))))))((((...(((......))).))))..... (-32.50 = -32.50 + 0.00)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:02:16 2006