Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,807,304 – 3,807,464 |
Length | 160 |
Max. P | 0.999615 |
Location | 3,807,304 – 3,807,424 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 98.17 |
Mean single sequence MFE | -58.44 |
Consensus MFE | -58.94 |
Energy contribution | -58.66 |
Covariance contribution | -0.28 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -2.29 |
Structure conservation index | 1.01 |
SVM decision value | 3.79 |
SVM RNA-class probability | 0.999615 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 3807304 120 - 22407834 UUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAGCGAGGAGGUGCAUCCGCGAUUCGAGAUCCGGGAGGCACAC .((.(((((..((((.((((((......)))))).))))..))))).))....((((((((.((((((....)))))).))))))))((((.((((.((((...))))))))..)))).. ( -59.60) >DroSec_CAF1 16612 120 - 1 UUCUCCACCAUCAACGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAGCGAGGAGGUGCAUCCGCGAUUCGAGAUCCGGGAGGCGCAC .((.(((((..((((.((((((......)))))).))))..))))).))....((((((((.((((((....)))))).))))))))((((.((((.((((...))))))))..)))).. ( -59.20) >DroSim_CAF1 16603 120 - 1 UUCUCCACCAUCAACGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAGCGAGGAGGUGCAUCCGCGAUUCGAGAUCCGGGAGGCGCAC .((.(((((..((((.((((((......)))))).))))..))))).))....((((((((.((((((....)))))).))))))))((((.((((.((((...))))))))..)))).. ( -59.20) >DroEre_CAF1 18064 120 - 1 UUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUGGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUACGGCGCCUCCGUGUCCAGCGAGGAGGUGCAUCCGCGAUUCGAGAUCCGGGAGGCACAC .((.(((((..((((.((((((......)))))).))))..))))).))....((((((((..(((((....)))))..))))))))((((.((((.((((...))))))))..)))).. ( -54.60) >DroYak_CAF1 18423 120 - 1 UUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUGGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAGCGAGGAGGUGCAUCCGCGAUUCGAGAUCCGGGAGGCACAC .((.(((((..((((.((((((......)))))).))))..))))).))....((((((((.((((((....)))))).))))))))((((.((((.((((...))))))))..)))).. ( -59.60) >consensus UUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAGCGAGGAGGUGCAUCCGCGAUUCGAGAUCCGGGAGGCACAC .((.(((((..((((.((((((......)))))).))))..))))).))....((((((((.((((((....)))))).))))))))((((.((((.((((...))))))))..)))).. (-58.94 = -58.66 + -0.28)
Location | 3,807,344 – 3,807,464 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 98.17 |
Mean single sequence MFE | -54.52 |
Consensus MFE | -54.08 |
Energy contribution | -53.80 |
Covariance contribution | -0.28 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.46 |
Structure conservation index | 0.99 |
SVM decision value | 1.32 |
SVM RNA-class probability | 0.941563 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 3807344 120 - 22407834 CACCUCAUCGUCGGAGCUGUGGGCCAGCGAUCGCUUGCGGUUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAG .............(((..((((((((..(((((....)))))..(((((..((((.((((((......)))))).))))..)))))))))))))..)))...((((((....)))))).. ( -54.70) >DroSec_CAF1 16652 120 - 1 CACCUCAUCGUCGGAGCUGUGGGCCAGCGAUCGCUUGCGGUUCUCCACCAUCAACGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAG .............(((..((((((((..(((((....)))))..(((((..((((.((((((......)))))).))))..)))))))))))))..)))...((((((....)))))).. ( -54.70) >DroSim_CAF1 16643 120 - 1 CACCUCAUCGUCGGAGCUGUGGGCCAGCGAUCGCUUGCGGUUCUCCACCAUCAACGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAG .............(((..((((((((..(((((....)))))..(((((..((((.((((((......)))))).))))..)))))))))))))..)))...((((((....)))))).. ( -54.70) >DroEre_CAF1 18104 120 - 1 CACCUCAUCGUCGGAGCUGUGGGCCAGCGAUCGCUUGCGAUUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUGGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUACGGCGCCUCCGUGUCCAG (((.....((((((((..((((((((..(((((....)))))..(((((..((((.((((((......)))))).))))..)))))))))))))..)))...))))).....)))..... ( -53.20) >DroYak_CAF1 18463 120 - 1 CACCUCAUCGUCGGAGCUGUGGGCCAGCGAUCGCUUGCGAUUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUGGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAG .............(((..((((((((..(((((....)))))..(((((..((((.((((((......)))))).))))..)))))))))))))..)))...((((((....)))))).. ( -55.30) >consensus CACCUCAUCGUCGGAGCUGUGGGCCAGCGAUCGCUUGCGGUUCUCCACCAUCAGCGUGGAGCUAGAACGCUUCGAGUUGGAGGUGGUGGCCCGCUCCUCGUAGGGCGCCUCCGUGUCCAG .............(((..((((((((..(((((....)))))..(((((..((((.((((((......)))))).))))..)))))))))))))..)))...((((((....)))))).. (-54.08 = -53.80 + -0.28)
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