Locus 1406

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	3,750,830 – 3,750,972
Length	142
Max. P	0.623295

overview

Window 6

Location	3,750,830 – 3,750,947
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.56
Mean single sequence MFE	-44.53
Consensus MFE	-30.04
Energy contribution	-30.27
Covariance contribution	0.23
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-1.80
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.15
SVM RNA-class probability	0.608345
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3750830 117 - 22407834
ACAGCCCAGUUCGUAGGUGCUGUGCCAGCUGCAGUACAU---UUGGCCAUCGCAGCAGUUGCUGUGCUGUUGGAUGAAGGACAAACUCCGCUGCAGCCGCUUGCCCAUCUUGGCACCAAU
(((((((........)).)))))((..((((((((.(((---(..((...((((((....))))))..))..))))..(((.....))))))))))).)).((((......))))..... ( -48.20)
>DroPse_CAF1 238561 111 - 1
GCAGCCCAGCUCGUAGGUGCUGUGGAAGCUGCAGUAGA------GACCAUCGCAGCAGUU---GUGCUGCUGGAUGAAGGACAGGCUGCGCUGCAGACGCUUGCCCAUGCGGGCCCCAAU
(((((.((((..((...(((((..(...)..)))))..------...((((.((((((..---...))))))))))....))..)))).)))))....((((((....))))))...... ( -48.00)
>DroGri_CAF1 259474 114 - 1
GCAGCCGAGUUCGUAGGUGCUAUGCCAGCUGCAGUACAU---UUGGCCAUCGCAGCAAUU---GUGCUGCUGGAUAAAGGAAAGGCUGCGCUGCAGUCGCUUGCCCAUUUUGGCGCCAAU
((.((((((...(((((((...(((.(((.(((((...(---(((.(((..((((((...---.))))))))).))))......)))))))))))..)))))))....)))))))).... ( -44.80)
>DroWil_CAF1 350653 114 - 1
GCAACCGAGUUCAUAGGUGCUAUGCCAACUGCAAUACAU---UUGGCCAUCACAGCAAUU---GUGUUGUUGUAUAAAGGAUAAGCUGCGUUGCAAUCUCUUGCCCAUGCGUGCUCCGAU
(((.((.........)))))...(((((.((.....)).---))))).(((((((((((.---..)))))))).....(((...(((((((.((((....))))..))))).)))))))) ( -28.70)
>DroAna_CAF1 241768 117 - 1
GCAGCCCAGCUCGUAGGUGCUGUGCCAGCUGCAGUACAUGUUCUGUCCCUCACAGCAGUU---GUGCUGCUGGAUGAAGGACAGGCUGCGCUGCAAACGCUUCCCCAUCCUGGCGCCAAU
(((((.((((......(((((((.......))))))).....((((((.(((((((((..---...))))))..))).)))))))))).)))))...((((..........))))..... ( -50.40)
>DroPer_CAF1 237862 111 - 1
GCAGCCCAGCUCGUAGGUGCUGUGGAAGCUGCAGUAGA------GGCCAUCGCAGCAGUU---GUGCUGCUGAAUGAAGGACAGGCUGCGCUGCAGACGCUUGCCCAUGCGGGCCCCAAU
...((((.((..(((((((((((...(((.(((((...------..((.((.((((((..---...))))))...)).))....)))))))))))).)))))))....))))))...... ( -47.10)
>consensus
GCAGCCCAGCUCGUAGGUGCUGUGCCAGCUGCAGUACAU___UUGGCCAUCGCAGCAGUU___GUGCUGCUGGAUGAAGGACAGGCUGCGCUGCAGACGCUUGCCCAUGCGGGCCCCAAU
(((((..((((.((..(((((((.......))))))).........((.((((((((((......)))))))..))).)))).))))..)))))........(((......)))...... (-30.04 = -30.27 +   0.23)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	3,750,870 – 3,750,972
Length	102
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.23
Mean single sequence MFE	-29.54
Consensus MFE	-21.50
Energy contribution	-21.95
Covariance contribution	0.45
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.80
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	0.18
SVM RNA-class probability	0.623295
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3750870 102 + 22407834
CCUUCAUCCAACAGCACAGCAACUGCUGCGAUGGCCAA---AUGUACUGCAGCUGGCACAGCACCUACGAACUGGGCUGUCACAAGAGCAACAAGUGAGUAGGAU
....((((...(((((.......))))).))))((((.---.((.....))..))))......(((((..(((..(((........)))....)))..))))).. ( -30.00)
>DroVir_CAF1 285676 99 + 1
CCUUCAUCCAGCAGCAC---AACUGCUGCGAUGGCCAG---AUGUACUGCAGCUGGCACAGCACCUACGAGCUCGGCUGCCGCAAGUCUCCCAAGUAAGUCAGAU
...(((((((((((...---..)))))).)))))...(---((.(((((((((((((.............)).)))))))(....).......)))).))).... ( -33.02)
>DroPse_CAF1 238601 95 + 1
CCUUCAUCCAGCAGCAC---AACUGCUGCGAUGGUC------UCUACUGCAGCUUCCACAGCACCUACGAGCUGGGCUGCCACAAGAGCAACAAGUAAGUACAC-
....((((((((((...---..)))))).))))(.(------(((...((((((....((((........))))))))))....)))))...............- ( -30.80)
>DroGri_CAF1 259514 99 + 1
CCUUUAUCCAGCAGCAC---AAUUGCUGCGAUGGCCAA---AUGUACUGCAGCUGGCAUAGCACCUACGAACUCGGCUGCCGCAAAUCGCCCAAGUAAGUAUUAU
..........((((((.---...))))))...(((...---.(((...((((((((....(......)....)))))))).)))....))).............. ( -25.10)
>DroAna_CAF1 241808 101 + 1
CCUUCAUCCAGCAGCAC---AACUGCUGUGAGGGACAGAACAUGUACUGCAGCUGGCACAGCACCUACGAGCUGGGCUGCCACAAGAGCAACAAGUAAGUAGAC-
((((((..((((((...---..))))))))))))(((.....))).((((.(.(((((((((........))))...))))))....((.....))..))))..- ( -30.40)
>DroPer_CAF1 237902 95 + 1
CCUUCAUUCAGCAGCAC---AACUGCUGCGAUGGCC------UCUACUGCAGCUUCCACAGCACCUACGAGCUGGGCUGCCACAAGAGCAACAAGUAAGUACAC-
....((((((((((...---..)))))).))))((.------(((...((((((....((((........))))))))))....)))))...............- ( -27.90)
>consensus
CCUUCAUCCAGCAGCAC___AACUGCUGCGAUGGCCA____AUGUACUGCAGCUGGCACAGCACCUACGAGCUGGGCUGCCACAAGAGCAACAAGUAAGUACAA_
...(((((((((((........)))))).)))))..............((((((....((((........))))))))))......................... (-21.50 = -21.95 +   0.45)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:01:55 2006