Locus 1345

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 3,567,344 – 3,567,440
Length 96
Max. P 0.799189
window2195

overview

Window 5

Location 3,567,344 – 3,567,440
Length 96
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.32
Mean single sequence MFE -34.38
Consensus MFE -29.39
Energy contribution -28.78
Covariance contribution -0.61
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.61
SVM RNA-class probability 0.799189
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3567344 96 - 22407834
CAGC---UGUUGUUGUUAGUGGUGGCGCGUACCGAGAUCUCAGUUCAUUCGUGAGCGGAACGUCCAUCAAUGUGGCAAUACCACGGCUG---------UUGUUGCUGU
((((---(((((((((((.((((((.((((.((((....)).(((((....))))))).))))))))))...))))))))..)))))))---------.......... ( -35.80)
>DroPse_CAF1 38510 99 - 1
UAGUUGUUGUUGCUGCUUGUGGUGGCGCGUACCCAGGCUGGGGUUCAUUCGUGAGCGGAACGUCCAUCAAUGUGGCAAUACUGUUGCUU---------AUGUUGCUGU
.......((((((..(...((((((.((((.(((.....)))(((((....)))))...))))))))))..)..))))))..((.((..---------..)).))... ( -33.10)
>DroSim_CAF1 36226 96 - 1
CAGC---UGUUGUUGUUAGUGGUGGCGCGUACCGAGAUCUCAGUUCAUUCGUGAGCGGAACGUCCAUCAAUGUGGCAAUACCACGGCUG---------UUGUUGCUUU
((((---(((((((((((.((((((.((((.((((....)).(((((....))))))).))))))))))...))))))))..)))))))---------.......... ( -35.80)
>DroEre_CAF1 36490 95 - 1
CAGC---UGUUGUUGUUAGUGGUGGCGCGUACCGAGAUCUCAGUUCAUUCGUGAGCGGAACGUCCAUCAAUGUGGCAAUACUGUGGCUG---------UUGUUGCUG-
((((---..(((((((((.((((((.((((.((((....)).(((((....))))))).))))))))))...))))))))..)..))))---------.........- ( -33.20)
>DroYak_CAF1 37511 95 - 1
CAGC---UGUUGUUGUUAGUGGUGGCGCGUACCGAGAUCUCAGUUCAUUCGUGAGCUGAACGUCCAUCAAUGUGGCAAUACUGCGGCUG---------UUGUUGCUG-
((((---(((((((((((.((((((.((((...(....)((((((((....))))))))))))))))))...))))))))..)))))))---------.........- ( -35.50)
>DroPer_CAF1 38576 108 - 1
UAGUUGUUGUUGCUGCUUGUGGUGGCGCGUACCCAGGCUGGGGUUCAUUCGUGAGCGGAACGUCCAUCAAUGUGGCAAUACUGUUGCUUACGUUGCUUAUGUUUCUGU
.......((((((..(...((((((.((((.(((.....)))(((((....)))))...))))))))))..)..)))))).....((.......))............ ( -32.90)
>consensus
CAGC___UGUUGUUGUUAGUGGUGGCGCGUACCGAGAUCUCAGUUCAUUCGUGAGCGGAACGUCCAUCAAUGUGGCAAUACUGCGGCUG_________UUGUUGCUGU
((((...((((((..(...((((((.((((.(((......).(((((....))))))).))))))))))..)..)))))).....))))................... (-29.39 = -28.78 +  -0.61)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:00:10 2006