Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,522,339 – 3,522,449 |
Length | 110 |
Max. P | 0.935866 |
Location | 3,522,339 – 3,522,449 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.79 |
Mean single sequence MFE | -38.82 |
Consensus MFE | -23.21 |
Energy contribution | -23.80 |
Covariance contribution | 0.59 |
Combinations/Pair | 1.20 |
Mean z-score | -1.94 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | 1.25 |
SVM RNA-class probability | 0.935866 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 3522339 110 - 22407834 AG----UACCUUCAAGUUGCCUGGACAGCUGAUGAGCCCAAUCUAGUGCCUAGGUCUAGGCAGUCCAGUCCAGAUCCCCGUUUAGAUCGUCGCCUUCAGAGUUCGGGGGGCUGC ..----..............((((((.(((....))).........((((((....))))))))))))..(((..(((((......((..........))...)))))..))). ( -33.60) >DroSec_CAF1 31353 105 - 1 AG----UACCUUCAAGUUGCCUGGACAGCUGAUGAGCCCAAUCUAGUGCCUAGGUCUAGGCAGU-----CCAGAUCCCCGUUUAGAUCGUGGCCUUCAGCGUUCGGGGGGCUGC ..----........((((.(((((((.(((((.(.((((.......((((((....))))))..-----...((((........))))).)))).)))))))))))).)))).. ( -40.50) >DroSim_CAF1 30853 105 - 1 AG----UACCUUCAAGUUGCCUGGACAGCUGAUGAGCCUAAUCUAGUGCCUAGGUCUAGGCAGU-----CCAGAUCCCCGUUUAGAUCGUGGCCUUCAGCGUUCGGGGGGCUGC ..----........((((.(((((((.(((((...(((((((((((...)))))).)))))((.-----(((((((........)))).))).)))))))))))))).)))).. ( -41.10) >DroEre_CAF1 29217 90 - 1 AG----UACCUUCAAGUUGCCUGGACAGCUGAUGAGCCCAAUCUA---------------CAGU-----CCCGAUCGCUACUUAGAUCGUGGCCUUCAGCGUUCGGGGAGCACC ..----.........(((.(((((((.(((((.(.((((.(((((---------------.(((-----..(....)..)))))))).).)))).)))))))))))).)))... ( -33.00) >DroYak_CAF1 30671 105 - 1 AG----UACCUUCAAGUUGCCUGGACAGCUGAUGAGCCCGAUCUAGUGCCGAGGGCUGUAAAGA-----CCAGAUCCCUGCUUAGAUCGUGGCCUUCAGCGUUCGGGAAGCACC ..----.........(((.(((((((.(((((.(.(((((((((((.((.(.((((((......-----.))).)))).)))))))))).)))).)))))))))))).)))... ( -44.80) >DroAna_CAF1 27336 102 - 1 CGUGCAUAUCUUCAAGUUGCCUGGACCGCUGACGGGCUUGGCCUAAAAUCGGGAACAAU--ACC-----CGAGAUA-----CUAGAUCUUGCCCUUCAGCGUCCUGGGGUUACC ...............((.((((((((.(((((.((((..(..(((...(((((......--.))-----)))....-----.)))..)..)))).)))))))))..)))).)). ( -39.90) >consensus AG____UACCUUCAAGUUGCCUGGACAGCUGAUGAGCCCAAUCUAGUGCCUAGGUCUAGGCAGU_____CCAGAUCCCCGUUUAGAUCGUGGCCUUCAGCGUUCGGGGGGCACC ...............(((.(((((((.(((((.(.(((..((((((...................................))))))...)))).)))))))))))).)))... (-23.21 = -23.80 + 0.59)
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