Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,393,866 – 3,393,966 |
Length | 100 |
Max. P | 0.904098 |
Location | 3,393,866 – 3,393,966 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 6 |
Columns | 106 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.71 |
Mean single sequence MFE | -35.92 |
Consensus MFE | -17.68 |
Energy contribution | -18.22 |
Covariance contribution | 0.53 |
Combinations/Pair | 1.30 |
Mean z-score | -2.54 |
Structure conservation index | 0.49 |
SVM decision value | 1.03 |
SVM RNA-class probability | 0.904098 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 3393866 100 + 22407834 AAUGGGCGCGGGCGGUGGGUGGUGGGUGGUGAACUUGCUACCCUGUGG---C-GUGCAUUGAGUUUCAUGACGUCAUUAGCGUUAAUGGCUG--UCCGUGUGCAUU ((((.(((((((((((((((((..(((.....)))..))))))..(((---(-((....((((((....))).)))...))))))...))))--))))))).)))) ( -48.40) >DroGri_CAF1 20496 92 + 1 U-------------GUGUGUGGCUAGUGUUGCAGUCAGC-UCCAGUGGCGGUUGUGCAUUGAAUUUCAUGACGUCGUUAGUGUUAAUGACAUCAGCACUGUGCAUA .-------------.......((((((((((..((((..-..((.(((((((..((.(......).))..))..))))).))....))))..)))))))).))... ( -26.50) >DroSec_CAF1 16381 100 + 1 AGUCGGCGAGGGCGGUGGGUGGUGGGUGGUGAACUUGGUACCCUGUGG---C-GUGCAUUGAGUUUCAUGACGUCAUUAGCGUUAAUGGCUG--UCCGUGUGCAUU .....(((.((((((((((((.(((((.....))))).)))))..(((---(-((....((((((....))).)))...))))))...))))--)))...)))... ( -34.90) >DroSim_CAF1 16520 100 + 1 UGUGGGCGAGGGCGGUGGGUGGUGGGUGGUGAACUUGGUACCCUGUGG---C-GUGCAUUGAGUUUCAUGACGUCAUUAGCGUUAAUGGCUG--UCCGUGUGCAUU .(((.(((.((((((((((((.(((((.....))))).)))))..(((---(-((....((((((....))).)))...))))))...))))--))).))).))). ( -36.70) >DroEre_CAF1 16449 87 + 1 UG-------------UGGGCGGCGGGUGGUGAACUUGCUACCCUGUGG---C-GUGCAUUCAGUUUCAUGACGUCAUUAGCGUUAAUGGCUG--UCCAUGUGCAUU .(-------------(((((((((((((((......))))))).((((---(-((.(((........))))))))))...........))))--)))))....... ( -34.60) >DroYak_CAF1 17048 88 + 1 UG------------CUGGGCGGCGGGUGGUGAACUUGCUACCCUGUGG---C-GUGCAUUGAGUUUCAUGACGUCAUUAGCGUUAAUGGCUG--UCCGUGUGCAUU ((------------((((((((((((((((......)))))))..(((---(-((....((((((....))).)))...))))))...))))--))))...))).. ( -34.40) >consensus UG____________GUGGGUGGCGGGUGGUGAACUUGCUACCCUGUGG___C_GUGCAUUGAGUUUCAUGACGUCAUUAGCGUUAAUGGCUG__UCCGUGUGCAUU .......................(((((((......)))))))..........(..(((.(((((....)))(((((((....)))))))....)).)))..)... (-17.68 = -18.22 + 0.53)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:58:21 2006