Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,365,593 – 3,365,701 |
Length | 108 |
Max. P | 0.960721 |
Location | 3,365,593 – 3,365,701 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 95.06 |
Mean single sequence MFE | -49.63 |
Consensus MFE | -44.37 |
Energy contribution | -44.48 |
Covariance contribution | 0.11 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.56 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 1.01 |
SVM RNA-class probability | 0.899410 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 3365593 108 + 22407834 GUCACCUGUUGCUCCCGGUCGACGCGCAGCAGGCUCAGCUCGUGCUGGGUGAGAUCGCUCAGCCGAUGCUGCGAGAUGUCCUGCUGGGAGACAAGCGAAAGGGAGAGC .......(((.(((((..(((.(...((((((((.(((((((.((((((((....))))))))))).))))......).)))))))(....)..))))..)))))))) ( -50.20) >DroSec_CAF1 56302 108 + 1 GUCACCUGUUGCUCCCGGUCGACGCGCAGCAGGCUCAGCUCGUGUUGGGUGAGAUCGCUCAGCCGGUGCUGCGAGAUGUCCUGCUGGGAGACAAGCGAGAGGGUGAGC .(((((((((.((((((((.(((.((((((((((...)))((.((((((((....)))))))))).)))))))....)))..))))))))...)))....)))))).. ( -50.50) >DroSim_CAF1 52387 108 + 1 GUCACCUGUUGCUCCCGGUCGACGCGCAGCAGGCUUAGCUCGUGUUGGGUGAGAUCGCUUAGCCGGUGCUGCGAGAUGUCCUGCUGGGAGACAAGCGAGAGGGAGAGC .((.(((.(((((((((((.(((.((((((((((...)))((.((((((((....)))))))))).)))))))....)))..))))))).....)))).))))).... ( -45.70) >DroEre_CAF1 50830 108 + 1 GUCACCUGUUGCUCCCGGUCGACGCGCAGCAGGCUCAGCUCGUGCUGGGUGAGAUCGCUCAGCCGGUGCUGUGAGAUGUCCUGCUGGGAGACAAGCGAGAAGGAGAGC ..........((((((..((..(((.((((((((.(((((((.((((((((....))))))))))).))))......).)))))))(....)..))).)).)).)))) ( -49.10) >DroYak_CAF1 52088 108 + 1 GUCACCUGUUGCUCCCGGUCGACGCGCAGCAGGCUCAGCUCGUGCUGGGUGAGAUCGCUCAGCCGGUGCUGCGAGAUGUCCUGCUGGGAGACAAGCGAGAGGGAGAGC .((.(((.(((((....(((....(.(((((((..((.((((((((((.((((....)))).)))))...))))).)).))))))).).))).))))).))))).... ( -51.30) >DroAna_CAF1 60481 108 + 1 GUCACCUGCUGCUCCCUGUCGACGCGCAGGAGGCUCAGCUCGUGGGGAGUGAGGUCGCUCAGCCGGUGCUGGGAGAUGUCCUGCUGGGAGACAAGCGAGAGGGAGAGC .......(((.((((((.(((.(..((((((.(((((((.(.(((.(((((....)))))..)))).))))))...).))))))..(....)..)))).))))))))) ( -51.00) >consensus GUCACCUGUUGCUCCCGGUCGACGCGCAGCAGGCUCAGCUCGUGCUGGGUGAGAUCGCUCAGCCGGUGCUGCGAGAUGUCCUGCUGGGAGACAAGCGAGAGGGAGAGC ....(((.(((((....(((....(.((((((((.(((((((.((((((((....))))))))))).))))......).))))))).).))).))))).)))...... (-44.37 = -44.48 + 0.11)
Location | 3,365,593 – 3,365,701 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.06 |
Mean single sequence MFE | -40.98 |
Consensus MFE | -38.22 |
Energy contribution | -38.58 |
Covariance contribution | 0.36 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.44 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 1.52 |
SVM RNA-class probability | 0.960721 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 3365593 108 - 22407834 GCUCUCCCUUUCGCUUGUCUCCCAGCAGGACAUCUCGCAGCAUCGGCUGAGCGAUCUCACCCAGCACGAGCUGAGCCUGCUGCGCGUCGACCGGGAGCAACAGGUGAC ..........(((((((((((((....((.(..(.(((((((..(((((((....)))...((((....))))))))))))))).)..).)))))))..)))))))). ( -43.20) >DroSec_CAF1 56302 108 - 1 GCUCACCCUCUCGCUUGUCUCCCAGCAGGACAUCUCGCAGCACCGGCUGAGCGAUCUCACCCAACACGAGCUGAGCCUGCUGCGCGUCGACCGGGAGCAACAGGUGAC ..........(((((((((((((....((.(..(.(((((((..((((.(((.................))).))))))))))).)..).)))))))..)))))))). ( -42.13) >DroSim_CAF1 52387 108 - 1 GCUCUCCCUCUCGCUUGUCUCCCAGCAGGACAUCUCGCAGCACCGGCUAAGCGAUCUCACCCAACACGAGCUAAGCCUGCUGCGCGUCGACCGGGAGCAACAGGUGAC ..........(((((((((((((....((.(..(.(((((((..((((.(((.................))).))))))))))).)..).)))))))..)))))))). ( -40.03) >DroEre_CAF1 50830 108 - 1 GCUCUCCUUCUCGCUUGUCUCCCAGCAGGACAUCUCACAGCACCGGCUGAGCGAUCUCACCCAGCACGAGCUGAGCCUGCUGCGCGUCGACCGGGAGCAACAGGUGAC ..........(((((((((((((((((((.((((.(.((((....)))).).)))......((((....)))).))))))).((...))...)))))..)))))))). ( -38.30) >DroYak_CAF1 52088 108 - 1 GCUCUCCCUCUCGCUUGUCUCCCAGCAGGACAUCUCGCAGCACCGGCUGAGCGAUCUCACCCAGCACGAGCUGAGCCUGCUGCGCGUCGACCGGGAGCAACAGGUGAC ..........(((((((((((((....((.(..(.(((((((..(((((((....)))...((((....))))))))))))))).)..).)))))))..)))))))). ( -43.10) >DroAna_CAF1 60481 108 - 1 GCUCUCCCUCUCGCUUGUCUCCCAGCAGGACAUCUCCCAGCACCGGCUGAGCGACCUCACUCCCCACGAGCUGAGCCUCCUGCGCGUCGACAGGGAGCAGCAGGUGAC (((((((((.(((..(((......((((((..((.(.((((....)))).).)).(((((((.....))).))))..))))))))).))).)))))).)))....... ( -39.10) >consensus GCUCUCCCUCUCGCUUGUCUCCCAGCAGGACAUCUCGCAGCACCGGCUGAGCGAUCUCACCCAGCACGAGCUGAGCCUGCUGCGCGUCGACCGGGAGCAACAGGUGAC ..........(((((((((((((.(...(((....(((((((..((((.(((.................))).))))))))))).)))..).)))))..)))))))). (-38.22 = -38.58 + 0.36)
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