Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,325,985 – 3,326,105 |
Length | 120 |
Max. P | 0.950464 |
Location | 3,325,985 – 3,326,105 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.00 |
Mean single sequence MFE | -54.98 |
Consensus MFE | -29.71 |
Energy contribution | -28.88 |
Covariance contribution | -0.83 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -2.48 |
Structure conservation index | 0.54 |
SVM decision value | 1.40 |
SVM RNA-class probability | 0.950464 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 3325985 120 + 22407834 GAGCAAGCUGGCUCCAGCCUUCCGCCCACAGUGGCCGCCAUCAUAGUGGGUGUCAUCCAACUAAUGGGCACCUAUGCAUCCACCGUUUUGGUGGAGCGACUGGGCCGUAAGAUCCUGCUC (((((.((((....))))((((.(((((..((..((((((..(..((((((((..........((((....))))))))))))..)..)))))).))...))))).).)))....))))) ( -47.90) >DroVir_CAF1 37442 120 + 1 GAGAAGUCCGGCUCCAGUCUGUCGCCCACCGUAUCCGCUAUAAUCGUCGGCUUCAUACAGCUGGUGGGCUCUUAUGUGUCCACCUUGUUGGUGGAGCGUGCGGGCCGCAAGCUGCUGCUG ........((((..(((..(((.((((.((((.(((((((........((((......))))(((((((.(....).)))))))....)))))))))).).)))).)))..)))..)))) ( -51.40) >DroPse_CAF1 36375 120 + 1 GAGCAGGCCGGCGCCAGUCUGGCACCCACUGUGUCGGCCAUUAUUGUCGGCUCGAUUCAGUUGCUCGGCUGCUACGCGUCCACGGUUCUGGUGGAGCGAGCGGGUCGCAAGAUCCUGCUG .((((((((((((((.....)))....((((.(((((((.........))).)))).)))).)).)))))(((.(((.(((((.......)))))))))))(((((....))))))))). ( -58.20) >DroYak_CAF1 12156 120 + 1 CAGCAGGCGGGCUCCAACCUUCCGCCCACGGUGGCCGCCAUCAUAGUGGGUGCCAUCCAAUUGCUGGGCACCUACGCAUCCACCGUUUUGGUGGAGCGUCUGGGUCGGAAGAUCCUGCUC .((((((.((...))...((((((((((.(((((...)))))...(((((((((...(....)...)))))))))((.((((((.....))))))))...)))).))))))..)))))). ( -58.20) >DroMoj_CAF1 13753 120 + 1 GAGAAAUCCGGCUCCAGUCUGCCGCCCACUGUCUCCGCCAUCAUUGUGGGCGUCAUUCAGCUGGUGGGCUCCUAUGUGUCCACUCUGCUGGUGGAGCGAGCAGGUCGCAAGGUCCUGCUG ((....))..((((((...((.(((((((................))))))).)).(((((.(((((((........)))))))..))))))))))).((((((((....)).)))))). ( -55.99) >DroPer_CAF1 38487 120 + 1 GAGCAGGCCGGCGCCAGUCUGGCACCCACUGUGUCGGCCAUUAUUGUCGGCUCGAUUCAGUUGCUCGGCUGCUACGCGUCCACGGUUCUGGUGGAGCGAGCGGGUCGCAAGAUCCUGCUG .((((((((((((((.....)))....((((.(((((((.........))).)))).)))).)).)))))(((.(((.(((((.......)))))))))))(((((....))))))))). ( -58.20) >consensus GAGCAGGCCGGCUCCAGUCUGCCGCCCACUGUGUCCGCCAUCAUUGUCGGCGCCAUUCAGCUGCUGGGCUCCUACGCGUCCACCGUUCUGGUGGAGCGAGCGGGUCGCAAGAUCCUGCUG .((((((..(((....)))(((.((((.......((((.......))))((.(((.........))))).....(((.((((((.....)))))))))...)))).)))....)))))). (-29.71 = -28.88 + -0.83)
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