Locus 1165

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 3,188,897 – 3,189,013
Length 116
Max. P 0.807367
window1886

overview

Window 6

Location 3,188,897 – 3,189,013
Length 116
Sequences 6
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.43
Mean single sequence MFE -38.42
Consensus MFE -31.19
Energy contribution -32.25
Covariance contribution 1.06
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -2.49
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.64
SVM RNA-class probability 0.807367
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3188897 116 - 22407834
UGCUGCUCGAGGUCUGUAUGCAAACAGAACGACUGGUAAGAUGGCUUAUAAUUUAUGCCGUUCGUAACUGUCUCAUUGACAGUUUGCCAGUUGGCCGUGUAAGCGACUCGUUAAAA
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>DroSec_CAF1 25639 116 - 1
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>DroSim_CAF1 27396 116 - 1
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>DroEre_CAF1 25286 114 - 1
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>DroYak_CAF1 25003 116 - 1
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>DroAna_CAF1 27753 111 - 1
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>consensus
UGCUGCUCGAGGGCUGUAUGCAUACAGAACGACUGGUAAGAUGGCUUAUAAUUUAUGCCGUUCGUAACUGUCUCAUUGACAGUUUGCCAGUUGGCCGUGUAAGCGACUCGUUAAAA
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alignment

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secondary structure

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