Locus 1141

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	3,110,408 – 3,110,568
Length	160
Max. P	0.999699

overview

Window 4

Location	3,110,408 – 3,110,528
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.33
Mean single sequence MFE	-46.90
Consensus MFE	-40.18
Energy contribution	-40.22
Covariance contribution	0.04
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.01
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	1.93
SVM RNA-class probability	0.983027
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3110408 120 + 22407834
UCCGGAUCGCUAUGGAUUCGGCUGGACAUCGAGUGAUCGAGGUGUUAGCUAUCUCUAUGGUCGCGAUGUCCUCGAGAAGUUUCUGCAAAAGAACGACUUCGAUCUGGUGUGUCGUGCCCA
.(((((((.........((((..(((((((..((((((((((((.....))))))...)))))))))))))))))(((((((((.....)))..)))))))))))))............. ( -41.40)
>DroSec_CAF1 35528 120 + 1
UCCGGAUCGCUAUGGCUUCGGCUGGACAUCGAGUGAUCGGGGUGUUAGCUACCUCUAUGGGCGCGAUGUCCUCGAGAAGUUUCUGCAAAAGAACGACUUCGAUCUGGUGUGUCGUGCCCA
....(((((((.((((....)))).......)))))))((((((.....))))))..(((((((((..(((....(((((((((.....)))..)))))).....)).)..))))))))) ( -47.80)
>DroSim_CAF1 35817 120 + 1
UCCGGAUCGCUAUGGCUUCGGCUGGACAUCGAGUGAUCGGGGUGUUAGCUACCUCUAUGGGCGCGAUGUACUCGAGAAGUUUCUGCAAAAGAACGACUUCGAUCUGGUGUGUCGUGCCCA
....(((((((.((((....)))).......)))))))((((((.....))))))..(((((((((..((((.(((((((((((.....)))..))))))..)).))))..))))))))) ( -51.20)
>DroEre_CAF1 36196 120 + 1
UCCGGACCGCUAUGGUUUCGGCUGGACACCGAGUGAUCGGGGUGUUAGCUACCUCUAUGGGCGCGAUGUCAUCGAGAGGUUUCUGCAAAAGAAUGACUUCGAUCUGGUGUGUCGUGCCCA
(((((.(((.........))))))))..((((....))))((((.....))))....(((((((((((.(((((.(((((((((.....)))..))))))....)))))))))))))))) ( -46.90)
>DroYak_CAF1 36702 120 + 1
UCCGGAUCGCUAUGGUUUCGGCUGGACAGCGAGUGAUCGGGGUGUUAGCUACCUCUAUGGGCGCGAUGUGCUCGAGAAGUUUCUGCAAAGGAAUGACUUCGAUCUGGUGUGUCGUGCCCA
....(((((((...((((.....))))....)))))))((((((.....))))))..(((((((((((..((.(((((((((((.....)))..))))))..)).))..))))))))))) ( -47.20)
>consensus
UCCGGAUCGCUAUGGCUUCGGCUGGACAUCGAGUGAUCGGGGUGUUAGCUACCUCUAUGGGCGCGAUGUCCUCGAGAAGUUUCUGCAAAAGAACGACUUCGAUCUGGUGUGUCGUGCCCA
....(((((((.(((..((.....))..))))))))))((((((.....))))))..(((((((((((..((.(((((((((((.....)))..))))))..)).))..))))))))))) (-40.18 = -40.22 +   0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	3,110,448 – 3,110,568
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.58
Mean single sequence MFE	-46.68
Consensus MFE	-43.74
Energy contribution	-43.66
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-2.45
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	3.91
SVM RNA-class probability	0.999699
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3110448 120 + 22407834
GGUGUUAGCUAUCUCUAUGGUCGCGAUGUCCUCGAGAAGUUUCUGCAAAAGAACGACUUCGAUCUGGUGUGUCGUGCCCACCAGGUGGUGGAGGAUGGAUACGAGUUCUUUGCCAAACGC
.(((((....((((...(((.(((((..(((....(((((((((.....)))..)))))).....)).)..))))).)))..))))((..((((((........))))))..)).))))) ( -37.40)
>DroSec_CAF1 35568 120 + 1
GGUGUUAGCUACCUCUAUGGGCGCGAUGUCCUCGAGAAGUUUCUGCAAAAGAACGACUUCGAUCUGGUGUGUCGUGCCCACCAGGUGGUGGAGGAUGGAUACGAGUUCUUUGCCAAACGC
.(((((....((((...(((((((((..(((....(((((((((.....)))..)))))).....)).)..)))))))))..))))((..((((((........))))))..)).))))) ( -47.10)
>DroSim_CAF1 35857 120 + 1
GGUGUUAGCUACCUCUAUGGGCGCGAUGUACUCGAGAAGUUUCUGCAAAAGAACGACUUCGAUCUGGUGUGUCGUGCCCACCAGGUGGUGGAGGAUGGAUACGAGUUCUUUGCCAAACGC
.(((((....((((...(((((((((..((((.(((((((((((.....)))..))))))..)).))))..)))))))))..))))((..((((((........))))))..)).))))) ( -50.50)
>DroEre_CAF1 36236 120 + 1
GGUGUUAGCUACCUCUAUGGGCGCGAUGUCAUCGAGAGGUUUCUGCAAAAGAAUGACUUCGAUCUGGUGUGUCGUGCCCAUCAGGUGGUGGAGGAUGGUUACGAGUUCUUUGCCAAACGC
.(((((....((((..((((((((((((.(((((.(((((((((.....)))..))))))....))))))))))))))))).))))((..((((((........))))))..)).))))) ( -49.20)
>DroYak_CAF1 36742 120 + 1
GGUGUUAGCUACCUCUAUGGGCGCGAUGUGCUCGAGAAGUUUCUGCAAAGGAAUGACUUCGAUCUGGUGUGUCGUGCCCACCAGGUGGUGGAGGAUGGAUACGAGUUCUUUGCCAAACGC
.(((((....((((...(((((((((((..((.(((((((((((.....)))..))))))..)).))..)))))))))))..))))((..((((((........))))))..)).))))) ( -49.20)
>consensus
GGUGUUAGCUACCUCUAUGGGCGCGAUGUCCUCGAGAAGUUUCUGCAAAAGAACGACUUCGAUCUGGUGUGUCGUGCCCACCAGGUGGUGGAGGAUGGAUACGAGUUCUUUGCCAAACGC
.(((((....((((...(((((((((((..((.(((((((((((.....)))..))))))..)).))..)))))))))))..))))((..((((((........))))))..)).))))) (-43.74 = -43.66 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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