Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,062,606 – 3,062,726 |
Length | 120 |
Max. P | 0.607284 |
Location | 3,062,606 – 3,062,726 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.61 |
Mean single sequence MFE | -47.23 |
Consensus MFE | -28.73 |
Energy contribution | -28.40 |
Covariance contribution | -0.33 |
Combinations/Pair | 1.46 |
Mean z-score | -2.23 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 0.15 |
SVM RNA-class probability | 0.607284 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 3062606 120 + 22407834 GGUCGGAUGGGACCACACCCAGAAGUGGCUGGUGGCCAAGUUCGGCAAGGAAACUUCUUCUGGUGAGACCAUCGUGGAAGUCGAUCUCUCCAAGGAGGAUGAUGCUUUCCUGGCUGGACA ((((..((.((.((((........)))))).))))))..(((((((.((((((((((((((((.((((...(((.......))))))).)).)))))))....).)))))).))))))). ( -44.10) >DroVir_CAF1 23395 120 + 1 GGUCGGCUGGGAUCACACGCAGAAGUGGUUGGUGGCCAAGUUUGGCAAGGAGACCUCUUCGGGUGAAACCAUCAUCGAGAUCGAUCUCUCCAAGGAGGAGGACGCAUUCCUAGCUGGCCA ((((((((((((...(((......)))....(((((((....)))).......(((((((.(((((.....)))))((((....))))......))))))).)))..)))))))))))). ( -51.90) >DroGri_CAF1 22373 120 + 1 GAUCGGCUGGGAUCACACACAGAAAUGGCUGGUUUGCAAGUUUGGCAAGGAGACCACUUCGGGUGAGACCAUCAUUGAGAUUGAUCUGUCCAAGGAGGAGGAUGCAUUCUUCGUCGGACA ((((((.(((..((((.(...(((.(((((..(((((.......))))).)).))).))).)))))..)))((.....)))))))).((((.(.((((((......)))))).).)))). ( -36.40) >DroWil_CAF1 16634 120 + 1 GAUUGGUUGGGAUCAUACUCAGAAGUGGUUGGUUGCCAAAUUCGGCAAGGAAACUACUUCGGGCGAGACUGUGAUCGAGGUGGAUCUUUCUAAGGAAGAUGAUGCCUUCCUGGCCGGUCA (((((((..(((((((((((.(((((((((..(((((......)))))...)))))))))....)))..)))))))((((((.((((((.....))))))..)))))).)..))))))). ( -52.20) >DroMoj_CAF1 18657 120 + 1 GAUCGGCUGGGAUCAUACACAGAAGUGGUUGGUGGCCAAGUUUGGCAAGGAGACGUCAUCGGGCGAAACCAUUGUCGAGGUCGAUCUGUCCAAGGAGGAGGAUGCUUUCCUGGCGGGUCA ((((((((...((((..(((....)))..))))))))....(((((((((...((((....))))...)).)))))))))))((((((.(((.(((((......))))).))))))))). ( -43.40) >DroAna_CAF1 15407 120 + 1 GGUCGGCUGGGACCACACCCAGAAGUGGCUGGUGGCCAAGUUCGGCAAGGAGACCUCGUCGGGUGAAACCAUUGUCGAGGUGGAUCUGUCCAAGGAGGACGACGCCUUCCUGGCUGGCCA (((((((..(((...(((((.(((.((((.....))))..)))(((.(((...))).))))))))............(((((....(((((.....))))).))))))))..))))))). ( -55.40) >consensus GAUCGGCUGGGAUCACACACAGAAGUGGCUGGUGGCCAAGUUCGGCAAGGAGACCUCUUCGGGUGAAACCAUCAUCGAGGUCGAUCUGUCCAAGGAGGAGGAUGCAUUCCUGGCUGGACA ((((((((((((.........(((.((((.....))))..)))(((..(((.....(((((((((....))))..)))))....))).(((.....)))....))).)))))))))))). (-28.73 = -28.40 + -0.33)
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