Locus 1125

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 3,046,720 – 3,046,859
Length 139
Max. P 0.996880
window1831 window1832

overview

Window 1

Location 3,046,720 – 3,046,830
Length 110
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 71.34
Mean single sequence MFE -40.37
Consensus MFE -23.14
Energy contribution -25.34
Covariance contribution 2.20
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.41
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 2.76
SVM RNA-class probability 0.996880
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3046720 110 + 22407834
AUGG-CAAGCCAACGUAGA-AUCCCCAUCGAGUGUCGGGGAUCAUCAU----GUCUCG---AUCGCCGCUUCAGU-UGUGGAGCGAGAGCUUACGCAAUGGAGCGGAGUGAUGAGCACAU
.(((-....))).....((-.(((((..(....)..)))))))...((----(((((.---(((.((((((((.(-((((((((....)))).)))))))))))))...)))))).)))) ( -44.10)
>DroSec_CAF1 6359 113 + 1
AUGC-CAAUACAACGUAGA-AUCCCCAUCGAGUGCCGGGGAUCAUUCUAUCUAUCUCG---AUCGCCGCUUCAGU-UGUGGAGCGAGAGCUUACGCAAUGGAGCGGAGUGAUGAGUA-GU
....-.........(((((-((((((..........))))))...)))))(((.(((.---(((.((((((((.(-((((((((....)))).)))))))))))))...))))))))-). ( -41.90)
>DroSim_CAF1 6594 113 + 1
AUGC-CAAUACAACGUAGA-GUCCCCAUCGAGUGUAGGGGAUCAUUUUAUCUAUCUCG---AUCGCCGCUUCAGU-UGUGGAGCGAGAGCUUACGCAAUGGAGCGGAGUGAUGAGUA-GU
....-.........(((((-((((((..........))))))...)))))(((.(((.---(((.((((((((.(-((((((((....)))).)))))))))))))...))))))))-). ( -39.60)
>DroYak_CAF1 6559 110 + 1
AUGG-CAAGUCCCAGUAGA-ACCCCCAUCGACGACUGUGGAUCAGCAU----GUCUCG---AUCGCCGCUUCAGU-UGUGGAGCGAGAGCUUACGCAAUGGAGCGGAGUGAUGAGCACAU
...(-(..((((((((.((-.......))....)))).))))..))((----(((((.---(((.((((((((.(-((((((((....)))).)))))))))))))...)))))).)))) ( -43.40)
>DroAna_CAF1 5956 110 + 1
CUCGUCACAUUCAUGUAGACAGGCCCCUCGGUUUC-----AACGUCAAGUC-GACUCCAAACUCCCCUCGUCAGUUUGUGGAACACCA-AUUCCGCAUUGAUGUUUGGGACUGAGUA---
...((((((....))).)))......((((((..(-----((((((((...-(((..............)))....(((((((.....-.))))))))))))).)))..))))))..--- ( -32.84)
>consensus
AUGG_CAAGACAACGUAGA_AUCCCCAUCGAGUGCCGGGGAUCAUCAU_UC_GUCUCG___AUCGCCGCUUCAGU_UGUGGAGCGAGAGCUUACGCAAUGGAGCGGAGUGAUGAGUA_AU
....................((((((..........))))))............((((.....(.((((((((...((((((((....)))).)))).)))))))).)...))))..... (-23.14 = -25.34 +   2.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 3,046,758 – 3,046,859
Length 101
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.81
Mean single sequence MFE -36.88
Consensus MFE -25.78
Energy contribution -26.74
Covariance contribution 0.96
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.36
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 2.31
SVM RNA-class probability 0.992114
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 3046758 101 + 22407834
AUCAUCAU----GUCUCG---AUCGCCGCUUCAGU-UGUGGAGCGAGAGCUUACGCAAUGGAGCGGAGUGAUGAGCACAUUAUCCGAGGCAAUUUUUUUAGUGCCUGGC-----------
......((----(((((.---(((.((((((((.(-((((((((....)))).)))))))))))))...)))))).))))...((.(((((..........))))))).----------- ( -38.80)
>DroSec_CAF1 6397 104 + 1
AUCAUUCUAUCUAUCUCG---AUCGCCGCUUCAGU-UGUGGAGCGAGAGCUUACGCAAUGGAGCGGAGUGAUGAGUA-GUUAUCCGAGGCAAUUUUUUUAGUGCCUGGC-----------
..........(((.(((.---(((.((((((((.(-((((((((....)))).)))))))))))))...))))))))-)....((.(((((..........))))))).----------- ( -37.40)
>DroSim_CAF1 6632 104 + 1
AUCAUUUUAUCUAUCUCG---AUCGCCGCUUCAGU-UGUGGAGCGAGAGCUUACGCAAUGGAGCGGAGUGAUGAGUA-GUUAUCCGAGGCAAUUUUUUUAGUGCCUGGC-----------
..........(((.(((.---(((.((((((((.(-((((((((....)))).)))))))))))))...))))))))-)....((.(((((..........))))))).----------- ( -37.40)
>DroYak_CAF1 6597 102 + 1
AUCAGCAU----GUCUCG---AUCGCCGCUUCAGU-UGUGGAGCGAGAGCUUACGCAAUGGAGCGGAGUGAUGAGCACAUUAUCCGAGGCAAUUUUUUUAGUGCCUAGCC----------
....((((----(((((.---(((.((((((((.(-((((((((....)))).)))))))))))))...)))))).))))......(((((..........))))).)).---------- ( -39.00)
>DroAna_CAF1 5991 115 + 1
AACGUCAAGUC-GACUCCAAACUCCCCUCGUCAGUUUGUGGAACACCA-AUUCCGCAUUGAUGUUUGGGACUGAGUA---UAUCCGAGGCAAUUUUUUGAGUACCCGGCUGCAACUGGGU
.((.(((((..-..(((...(((((((.((((((..(((((((.....-.)))))))))))))...)))...)))).---.....))).......)))))))((((((......)))))) ( -31.80)
>consensus
AUCAUCAU_UC_GUCUCG___AUCGCCGCUUCAGU_UGUGGAGCGAGAGCUUACGCAAUGGAGCGGAGUGAUGAGUA_AUUAUCCGAGGCAAUUUUUUUAGUGCCUGGC___________
..............((((.....(.((((((((...((((((((....)))).)))).)))))))).)...))))........(((.((((..........)))))))............ (-25.78 = -26.74 +   0.96)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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