Locus 101

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 318,913 – 319,066
Length 153
Max. P 0.776334
window147 window148

overview

Window 7

Location 318,913 – 319,026
Length 113
Sequences 6
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.76
Mean single sequence MFE -41.30
Consensus MFE -20.56
Energy contribution -21.99
Covariance contribution 1.42
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -2.02
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 0.54
SVM RNA-class probability 0.776334
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 318913 113 - 22407834
GCACACUGCCUGACCUACAAUCAGGGUCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUUAGGAAGUUCACCAAUGCCCAGUACGUGAUCCACGA
(((.((((((((((((.......)))))))))))))))((((((........))))))....((.((((.(((......))).)))).))...........((((...)))). ( -44.50)
>DroVir_CAF1 26791 113 - 1
GCCCACUGCAUGACCUAUGCUACAUUCCAGGUGGUCGCUGGCGCCCACAGUCGCACGGACAAGUCAGCGACUCAGGUGCGCAAGGGCAGCAGCGCUCGCCAGACGAUACACGA
.......(((((...)))))..........((((((((((((((((..((((((...((....)).))))))..)).))....((((......))))))))).)))).))).. ( -40.20)
>DroSec_CAF1 522 113 - 1
GCACACUGCCUGACCUACAAUCAAGGUCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUUAGGAAGUUCACCAAUGCCCAGUACGUGAUCCACGA
(((.((((((((((((.......)))))))))))))))((((((........))))))....((.((((.(((......))).)))).))...........((((...)))). ( -44.50)
>DroSim_CAF1 497 113 - 1
GCACACUGCCUGACCUACAAUCAAGGUCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUUAGGAAGUUCACCAAUGCCCAGUACGUGAUCCACGA
(((.((((((((((((.......)))))))))))))))((((((........))))))....((.((((.(((......))).)))).))...........((((...)))). ( -44.50)
>DroYak_CAF1 497 113 - 1
GCCCACUGCCUGACCUACAACCAAGGCCAGGCAGUUGCCGGUGCUCACAGCCGCACCGACCGGGAAAACGUUCAGACCAGGAAGUUCACCAGUGCCCAGUACGUGAUCCACGA
.(((((((((((.(((.......))).))))))))...((((((........))))))...)))...............(((...((((..((((...))))))))))).... ( -40.00)
>DroMoj_CAF1 25124 113 - 1
GCCCAUUGCUUGACCUACGCCAACUUCCAGGUGGUUGCCGGAGCUCACAGCCGCUCGGACAAGACCGAGACUCAGGUGCGCCAGGGCAGCAGCGCCCGUCAGACCAUCCACGA
.........(((((...((((........))))((((((.(.((.(((.....(((((......)))))......))).)))..)))))).......)))))........... ( -34.10)
>consensus
GCACACUGCCUGACCUACAAUCAAGGCCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUUAGGAAGUUCACCAAUGCCCAGUACGUGAUCCACGA
((..((((((((.(((.......))).)))))))).))((((((........))))))....(((..((((........((.......))..........))))..))).... (-20.56 = -21.99 +   1.42) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 318,948 – 319,066
Length 118
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.08
Mean single sequence MFE -44.64
Consensus MFE -23.15
Energy contribution -23.18
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.68
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.600235
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 318948 118 - 22407834
UGCAGGAAGCUUGCUCGAUGAGGUGACCAUUGUGACCGCCGCACACUGCCUGACCUACAAUCAGGGUCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUU
.(((((...))))).(((((.(....))))))(((.(((((((.((((((((((((.......)))))))))))))))((((((........))))))....))....)).))).... ( -47.00)
>DroVir_CAF1 26826 118 - 1
UGCCGGUUCCCUGAUCAGCGAUCGCGUUGUGCUGACCGCCGCCCACUGCAUGACCUAUGCUACAUUCCAGGUGGUCGCUGGCGCCCACAGUCGCACGGACAAGUCAGCGACUCAGGUG
.((((((........(((((....)))))....(((((((.......(((((...))))).........)))))))))))))(((...((((((...((....)).))))))..))). ( -42.19)
>DroSec_CAF1 557 118 - 1
UGCAGGAAGUCUGAUCGACGAGGUGACCAUUUUGACCGCCGCACACUGCCUGACCUACAAUCAAGGUCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUU
.......(((((((.((.((((((....)))))).((...(((.((((((((((((.......)))))))))))))))((((((........))))))....))....)).))))))) ( -47.90)
>DroSim_CAF1 532 118 - 1
UGCAGGAAGUCUGAUCGACGAGGUGACCAUUUUGACCGCCGCACACUGCCUGACCUACAAUCAAGGUCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUU
.......(((((((.((.((((((....)))))).((...(((.((((((((((((.......)))))))))))))))((((((........))))))....))....)).))))))) ( -47.90)
>DroYak_CAF1 532 118 - 1
UGCAGGAACUCUGCUCGACGAGGUGACCAUCAUGACCGCCGCCCACUGCCUGACCUACAACCAAGGCCAGGCAGUUGCCGGUGCUCACAGCCGCACCGACCGGGAAAACGUUCAGACC
.((((.....))))..((((.((((..(.....)..)))).(((((((((((.(((.......))).))))))))...((((((........))))))...)))....))))...... ( -44.30)
>DroMoj_CAF1 25159 118 - 1
CGCCGGCUCGCUGAUCAGGAAUGACAUCGUCCUGACCGCCGCCCAUUGCUUGACCUACGCCAACUUCCAGGUGGUUGCCGGAGCUCACAGCCGCUCGGACAAGACCGAGACUCAGGUG
((((((((.((((.((((((.((....)))))))).).(((.(.((..((((...............))))..)).).))))))....)))).(((((......))))).....)))) ( -38.56)
>consensus
UGCAGGAACUCUGAUCGACGAGGUGACCAUUCUGACCGCCGCACACUGCCUGACCUACAAUCAAGGCCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUU
..(((.....(((.((((...(....)....)))).(((((...((((((((.(((.......))).))))))))...)))))....))).....))).................... (-23.15 = -23.18 +   0.04) 

alignment

Postscript

secondary structure

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