Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 318,913 – 319,066 |
Length | 153 |
Max. P | 0.776334 |
Location | 318,913 – 319,026 |
---|---|
Length | 113 |
Sequences | 6 |
Columns | 113 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 76.76 |
Mean single sequence MFE | -41.30 |
Consensus MFE | -20.56 |
Energy contribution | -21.99 |
Covariance contribution | 1.42 |
Combinations/Pair | 1.36 |
Mean z-score | -2.02 |
Structure conservation index | 0.50 |
SVM decision value | 0.54 |
SVM RNA-class probability | 0.776334 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 318913 113 - 22407834 GCACACUGCCUGACCUACAAUCAGGGUCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUUAGGAAGUUCACCAAUGCCCAGUACGUGAUCCACGA (((.((((((((((((.......)))))))))))))))((((((........))))))....((.((((.(((......))).)))).))...........((((...)))). ( -44.50) >DroVir_CAF1 26791 113 - 1 GCCCACUGCAUGACCUAUGCUACAUUCCAGGUGGUCGCUGGCGCCCACAGUCGCACGGACAAGUCAGCGACUCAGGUGCGCAAGGGCAGCAGCGCUCGCCAGACGAUACACGA .......(((((...)))))..........((((((((((((((((..((((((...((....)).))))))..)).))....((((......))))))))).)))).))).. ( -40.20) >DroSec_CAF1 522 113 - 1 GCACACUGCCUGACCUACAAUCAAGGUCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUUAGGAAGUUCACCAAUGCCCAGUACGUGAUCCACGA (((.((((((((((((.......)))))))))))))))((((((........))))))....((.((((.(((......))).)))).))...........((((...)))). ( -44.50) >DroSim_CAF1 497 113 - 1 GCACACUGCCUGACCUACAAUCAAGGUCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUUAGGAAGUUCACCAAUGCCCAGUACGUGAUCCACGA (((.((((((((((((.......)))))))))))))))((((((........))))))....((.((((.(((......))).)))).))...........((((...)))). ( -44.50) >DroYak_CAF1 497 113 - 1 GCCCACUGCCUGACCUACAACCAAGGCCAGGCAGUUGCCGGUGCUCACAGCCGCACCGACCGGGAAAACGUUCAGACCAGGAAGUUCACCAGUGCCCAGUACGUGAUCCACGA .(((((((((((.(((.......))).))))))))...((((((........))))))...)))...............(((...((((..((((...))))))))))).... ( -40.00) >DroMoj_CAF1 25124 113 - 1 GCCCAUUGCUUGACCUACGCCAACUUCCAGGUGGUUGCCGGAGCUCACAGCCGCUCGGACAAGACCGAGACUCAGGUGCGCCAGGGCAGCAGCGCCCGUCAGACCAUCCACGA .........(((((...((((........))))((((((.(.((.(((.....(((((......)))))......))).)))..)))))).......)))))........... ( -34.10) >consensus GCACACUGCCUGACCUACAAUCAAGGCCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUUAGGAAGUUCACCAAUGCCCAGUACGUGAUCCACGA ((..((((((((.(((.......))).)))))))).))((((((........))))))....(((..((((........((.......))..........))))..))).... (-20.56 = -21.99 + 1.42)
Location | 318,948 – 319,066 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.08 |
Mean single sequence MFE | -44.64 |
Consensus MFE | -23.15 |
Energy contribution | -23.18 |
Covariance contribution | 0.04 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -1.68 |
Structure conservation index | 0.52 |
SVM decision value | 0.13 |
SVM RNA-class probability | 0.600235 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 318948 118 - 22407834 UGCAGGAAGCUUGCUCGAUGAGGUGACCAUUGUGACCGCCGCACACUGCCUGACCUACAAUCAGGGUCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUU .(((((...))))).(((((.(....))))))(((.(((((((.((((((((((((.......)))))))))))))))((((((........))))))....))....)).))).... ( -47.00) >DroVir_CAF1 26826 118 - 1 UGCCGGUUCCCUGAUCAGCGAUCGCGUUGUGCUGACCGCCGCCCACUGCAUGACCUAUGCUACAUUCCAGGUGGUCGCUGGCGCCCACAGUCGCACGGACAAGUCAGCGACUCAGGUG .((((((........(((((....)))))....(((((((.......(((((...))))).........)))))))))))))(((...((((((...((....)).))))))..))). ( -42.19) >DroSec_CAF1 557 118 - 1 UGCAGGAAGUCUGAUCGACGAGGUGACCAUUUUGACCGCCGCACACUGCCUGACCUACAAUCAAGGUCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUU .......(((((((.((.((((((....)))))).((...(((.((((((((((((.......)))))))))))))))((((((........))))))....))....)).))))))) ( -47.90) >DroSim_CAF1 532 118 - 1 UGCAGGAAGUCUGAUCGACGAGGUGACCAUUUUGACCGCCGCACACUGCCUGACCUACAAUCAAGGUCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUU .......(((((((.((.((((((....)))))).((...(((.((((((((((((.......)))))))))))))))((((((........))))))....))....)).))))))) ( -47.90) >DroYak_CAF1 532 118 - 1 UGCAGGAACUCUGCUCGACGAGGUGACCAUCAUGACCGCCGCCCACUGCCUGACCUACAACCAAGGCCAGGCAGUUGCCGGUGCUCACAGCCGCACCGACCGGGAAAACGUUCAGACC .((((.....))))..((((.((((..(.....)..)))).(((((((((((.(((.......))).))))))))...((((((........))))))...)))....))))...... ( -44.30) >DroMoj_CAF1 25159 118 - 1 CGCCGGCUCGCUGAUCAGGAAUGACAUCGUCCUGACCGCCGCCCAUUGCUUGACCUACGCCAACUUCCAGGUGGUUGCCGGAGCUCACAGCCGCUCGGACAAGACCGAGACUCAGGUG ((((((((.((((.((((((.((....)))))))).).(((.(.((..((((...............))))..)).).))))))....)))).(((((......))))).....)))) ( -38.56) >consensus UGCAGGAACUCUGAUCGACGAGGUGACCAUUCUGACCGCCGCACACUGCCUGACCUACAAUCAAGGCCAGGCAGUUGCCGGUGCACACAGCCGCACUGACCAGGAGAACGUUCAGAUU ..(((.....(((.((((...(....)....)))).(((((...((((((((.(((.......))).))))))))...)))))....))).....))).................... (-23.15 = -23.18 + 0.04)
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