Locus 1000

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 2,885,817 – 2,886,000
Length 183
Max. P 0.999616
window1599 window1600 window1601 window1602 window1603

overview

Window 9

Location 2,885,817 – 2,885,920
Length 103
Sequences 5
Columns 103
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.58
Mean single sequence MFE -36.44
Consensus MFE -27.56
Energy contribution -27.48
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.53
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 1.38
SVM RNA-class probability 0.948621
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2885817 103 + 22407834
AGCAAAUAUGCGGUACCGACAUUUUCCAGAACUGGACCUAUCGUCGCACAGCUGAUCGCCCGCCAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCCGUAUCGAUAGCCGACCC
.(((....)))(((..........((((....)))).((((((..((.((((((.((((((((......)).))))))))))))..))..))))))...))). ( -36.30)
>DroSec_CAF1 4534 103 + 1
AGCAAAUAUGCAGUACCGACAUUUACCAGCACUGGACCUAUCGCCGCACAGCUGAUCGCCCGCCAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCUGUAUCGAUAGCCGACCC
.(((....))).....((.......(((....)))..((((((..(((((((((.((((((((......)).)))))))))))).)))..)))))).)).... ( -34.70)
>DroSim_CAF1 4600 103 + 1
AGCAAAUAUGCAGUACCGACAAUUACCAGCACUGGACCUAUCGCCGCACAGCUGAUUGCCCGCCAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCUGUAUCGAUAGCCGACCC
.((....((((((((..........(((....)))..((((((((...((((((((((.....)))))))))))))))))).)))))))).....))...... ( -38.40)
>DroEre_CAF1 4671 103 + 1
AGGAAAAAUGCCGUACCGACAUUUUUCAACACUGGACCUAUCGCGGCACAGCUGAUCGCCCGCCAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCCGUAUCGAUAGCCGAGCC
..((((((((.((...)).)))))))).....(((..(((((((((((..((((.((((((((......)).)))))))))))))))...))))))))).... ( -38.60)
>DroYak_CAF1 4828 103 + 1
AGAAAAAAUGUUGUACCGACAUUUGCCAGCACUGAACCUAUCGCUGCACAGCUGAUCGCCCGCCAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCCGUGUCGAUAACCGUGGC
.....((((((((...))))))))((((((((.(...((((((((...((((((((.(.....).))))))))))))))))...).))))((.....)))))) ( -34.20)
>consensus
AGCAAAUAUGCAGUACCGACAUUUACCAGCACUGGACCUAUCGCCGCACAGCUGAUCGCCCGCCAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCCGUAUCGAUAGCCGACCC
.......((((((((..........(((....)))..((((((((...((((((((.(.....).)))))))))))))))).))))))))............. (-27.56 = -27.48 +  -0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 2,885,817 – 2,885,920
Length 103
Sequences 5
Columns 103
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.58
Mean single sequence MFE -43.76
Consensus MFE -37.26
Energy contribution -37.02
Covariance contribution -0.24
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -3.12
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 3.79
SVM RNA-class probability 0.999616
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2885817 103 - 22407834
GGGUCGGCUAUCGAUACGGCAACUAUCGCCCAGCUGAUUGGCGGGCGAUCAGCUGUGCGACGAUAGGUCCAGUUCUGGAAAAUGUCGGUACCGCAUAUUUGCU
.((((.....(((.((((((....(((((((.(((....))))))))))..)))))))))(((((..((((....))))...)))))).)))(((....))). ( -41.60)
>DroSec_CAF1 4534 103 - 1
GGGUCGGCUAUCGAUACAGCAACUAUCGCCCAGCUGAUUGGCGGGCGAUCAGCUGUGCGGCGAUAGGUCCAGUGCUGGUAAAUGUCGGUACUGCAUAUUUGCU
(..(((.....)))..)(((((((((((((((((((((((.....))))))))))...))))))))((.(((((((((......))))))))).))..))))) ( -45.70)
>DroSim_CAF1 4600 103 - 1
GGGUCGGCUAUCGAUACAGCAACUAUCGCCCAGCUGAUUGGCGGGCAAUCAGCUGUGCGGCGAUAGGUCCAGUGCUGGUAAUUGUCGGUACUGCAUAUUUGCU
(..(((.....)))..)(((((((((((((((((((((((.....))))))))))...))))))))((.(((((((((......))))))))).))..))))) ( -46.00)
>DroEre_CAF1 4671 103 - 1
GGCUCGGCUAUCGAUACGGCAACUAUCGCCCAGCUGAUUGGCGGGCGAUCAGCUGUGCCGCGAUAGGUCCAGUGUUGAAAAAUGUCGGUACGGCAUUUUUCCU
.(((.((((((((...(((((.(((((((((.(((....)))))))))).))...)))))))))).))).)))...(((((((((((...))))))))))).. ( -44.70)
>DroYak_CAF1 4828 103 - 1
GCCACGGUUAUCGACACGGCAACUAUCGCCCAGCUGAUUGGCGGGCGAUCAGCUGUGCAGCGAUAGGUUCAGUGCUGGCAAAUGUCGGUACAACAUUUUUUCU
(((...(((...)))..)))..((((((((((((((((((.....)))))))))).)..))))))).....((((((((....))))))))............ ( -40.80)
>consensus
GGGUCGGCUAUCGAUACGGCAACUAUCGCCCAGCUGAUUGGCGGGCGAUCAGCUGUGCGGCGAUAGGUCCAGUGCUGGAAAAUGUCGGUACUGCAUAUUUGCU
......(((((((((((((((.((((((((((((((((((.....))))))))))...))))))))......))))).....))))))))..))......... (-37.26 = -37.02 +  -0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 2,885,840 – 2,885,960
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.42
Mean single sequence MFE -38.23
Consensus MFE -34.30
Energy contribution -34.02
Covariance contribution -0.28
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.08
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 2.89
SVM RNA-class probability 0.997576
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2885840 120 + 22407834
UUCCAGAACUGGACCUAUCGUCGCACAGCUGAUCGCCCGCCAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCCGUAUCGAUAGCCGACCCAUCGAUAACGAUAUGUGUAUUUUCCUGCUCUCUCUGCACC
.((((....)))).((((((((...((((((((.(.....).)))))))))))))))).((((((((((.((..(((....))).)).))))))).)))......(((.......))).. ( -37.00)
>DroSec_CAF1 4557 120 + 1
UACCAGCACUGGACCUAUCGCCGCACAGCUGAUCGCCCGCCAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCUGUAUCGAUAGCCGACCCAUCGAUAACGAUAUGUGUAUUUUCCUGCUCUCUCUGCACC
.....(((((((..((((((..(((((((((.((((((((......)).)))))))))))).)))..)))))))))....((((....))))..)))).......(((.......))).. ( -38.50)
>DroSim_CAF1 4623 120 + 1
UACCAGCACUGGACCUAUCGCCGCACAGCUGAUUGCCCGCCAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCUGUAUCGAUAGCCGACCCAUCGAUAACGAUAUGUGUAUUUUCCUGCUCUCUCUGCACC
....((((..(((.((((((((...((((((((((.....)))))))))))))))))).((((((((((.((..(((....))).)).))))))).)))...)))))))........... ( -41.10)
>DroEre_CAF1 4694 120 + 1
UUUCAACACUGGACCUAUCGCGGCACAGCUGAUCGCCCGCCAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCCGUAUCGAUAGCCGAGCCAUCGAUAACGAUAUGUGUAUUUUCCUGCUCUCUCUGCACC
.........((.((.((((((((((..((((.((((((((......)).)))))))))))))))(((((((.((...)).))))))).))))).)).))......(((.......))).. ( -39.50)
>DroYak_CAF1 4851 120 + 1
UGCCAGCACUGAACCUAUCGCUGCACAGCUGAUCGCCCGCCAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCCGUGUCGAUAACCGUGGCAUCGAUAACGAUAUGUGUAUUUUCCUGCUCUCUCUGCACC
.((((((((.(...((((((((...((((((((.(.....).))))))))))))))))...).))))((.....))))))((((....))))..(((((...............))))). ( -35.06)
>consensus
UACCAGCACUGGACCUAUCGCCGCACAGCUGAUCGCCCGCCAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCCGUAUCGAUAGCCGACCCAUCGAUAACGAUAUGUGUAUUUUCCUGCUCUCUCUGCACC
..........(((.((((((((...((((((((.(.....).)))))))))))))))).((((((((((.((..((......)).)).))))))).)))...)))(((.......))).. (-34.30 = -34.02 +  -0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 2,885,840 – 2,885,960
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.42
Mean single sequence MFE -44.98
Consensus MFE -39.82
Energy contribution -40.46
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -2.26
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 3.07
SVM RNA-class probability 0.998343
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2885840 120 - 22407834
GGUGCAGAGAGAGCAGGAAAAUACACAUAUCGUUAUCGAUGGGUCGGCUAUCGAUACGGCAACUAUCGCCCAGCUGAUUGGCGGGCGAUCAGCUGUGCGACGAUAGGUCCAGUUCUGGAA
.........(((((.(((...........((((.((((((((.....))))))))))))...((((((((((((((((((.....)))))))))).).).)))))).))).))))).... ( -44.40)
>DroSec_CAF1 4557 120 - 1
GGUGCAGAGAGAGCAGGAAAAUACACAUAUCGUUAUCGAUGGGUCGGCUAUCGAUACAGCAACUAUCGCCCAGCUGAUUGGCGGGCGAUCAGCUGUGCGGCGAUAGGUCCAGUGCUGGUA
..(((.......)))......(((.........(((((((((.....)))))))))(((((.((((((((((((((((((.....))))))))))...))))))))......)))))))) ( -46.70)
>DroSim_CAF1 4623 120 - 1
GGUGCAGAGAGAGCAGGAAAAUACACAUAUCGUUAUCGAUGGGUCGGCUAUCGAUACAGCAACUAUCGCCCAGCUGAUUGGCGGGCAAUCAGCUGUGCGGCGAUAGGUCCAGUGCUGGUA
..(((.......)))......(((.........(((((((((.....)))))))))(((((.((((((((((((((((((.....))))))))))...))))))))......)))))))) ( -47.00)
>DroEre_CAF1 4694 120 - 1
GGUGCAGAGAGAGCAGGAAAAUACACAUAUCGUUAUCGAUGGCUCGGCUAUCGAUACGGCAACUAUCGCCCAGCUGAUUGGCGGGCGAUCAGCUGUGCCGCGAUAGGUCCAGUGUUGAAA
..(((.......)))....(((((((.((((((((((((((((...)))))))))).((((.(((((((((.(((....)))))))))).))...)))))))))).))...))))).... ( -44.90)
>DroYak_CAF1 4851 120 - 1
GGUGCAGAGAGAGCAGGAAAAUACACAUAUCGUUAUCGAUGCCACGGUUAUCGACACGGCAACUAUCGCCCAGCUGAUUGGCGGGCGAUCAGCUGUGCAGCGAUAGGUUCAGUGCUGGCA
........(..((((.((....((...(((((((.(((((((....).))))))((((((....(((((((.(((....))))))))))..)))))).))))))).))))..))))..). ( -41.90)
>consensus
GGUGCAGAGAGAGCAGGAAAAUACACAUAUCGUUAUCGAUGGGUCGGCUAUCGAUACGGCAACUAUCGCCCAGCUGAUUGGCGGGCGAUCAGCUGUGCGGCGAUAGGUCCAGUGCUGGAA
..(((.......)))..................(((((((((.....)))))))))(((((.((((((((((((((((((.....))))))))))...))))))))......)))))... (-39.82 = -40.46 +   0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 2,885,880 – 2,886,000
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.83
Mean single sequence MFE -26.76
Consensus MFE -25.66
Energy contribution -25.26
Covariance contribution -0.40
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.32
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 0.92
SVM RNA-class probability 0.882725
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2885880 120 + 22407834
CAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCCGUAUCGAUAGCCGACCCAUCGAUAACGAUAUGUGUAUUUUCCUGCUCUCUCUGCACCAACACAAAACACGCAACUAAAUUUCGGUUAAAAACCCCUA
.....(((((((...((((((((((((((((.(.....).)))))).)))...(((((.......(((.......)))...)))))......)))))))...)))))))........... ( -26.00)
>DroSec_CAF1 4597 120 + 1
CAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCUGUAUCGAUAGCCGACCCAUCGAUAACGAUAUGUGUAUUUUCCUGCUCUCUCUGCACCAACACAAAACACGCAACUAAAUUUCGGUUAAAAACCCCAG
.......((((....(((((((.((((((.((..(((....))).)).))))))((((.......(((.......)))...)))).......)))))))......(((.....))))))) ( -26.50)
>DroSim_CAF1 4663 120 + 1
CAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCUGUAUCGAUAGCCGACCCAUCGAUAACGAUAUGUGUAUUUUCCUGCUCUCUCUGCACCAACACAAAACACGCAACUAAAUUUCGGUUAAAAACCCCAG
.......((((....(((((((.((((((.((..(((....))).)).))))))((((.......(((.......)))...)))).......)))))))......(((.....))))))) ( -26.50)
>DroEre_CAF1 4734 120 + 1
CAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCCGUAUCGAUAGCCGAGCCAUCGAUAACGAUAUGUGUAUUUUCCUGCUCUCUCUGCACCAACACAAAACACGCAACUAAAUUUCGGUUAAAAACCCCAA
.....(((((((...((((((((((((((((.((...)).)))))).)))...(((((.......(((.......)))...)))))......)))))))...)))))))........... ( -28.60)
>DroYak_CAF1 4891 120 + 1
CAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCCGUGUCGAUAACCGUGGCAUCGAUAACGAUAUGUGUAUUUUCCUGCUCUCUCUGCACCAACACAAAACACGCAACUAAAUUUCGGUUAAAAACCCCAA
.....(((((((...((((((((((((((((..(....).)))))).)))...(((((.......(((.......)))...)))))......)))))))...)))))))........... ( -26.20)
>consensus
CAAUCAGCUGGGCGAUAGUUGCCGUAUCGAUAGCCGACCCAUCGAUAACGAUAUGUGUAUUUUCCUGCUCUCUCUGCACCAACACAAAACACGCAACUAAAUUUCGGUUAAAAACCCCAA
.....(((((((...((((((((((((((((.........)))))).)))...(((((.......(((.......)))...)))))......)))))))...)))))))........... (-25.66 = -25.26 +  -0.40)

alignment

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secondary structure

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