Results for CNB 72106_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72106_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378           TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72106_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378      -ACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGCC
72106_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378            -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGCC
72106_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_703/1-378          -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACGGCGTGCTTGGCC


72106_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378           AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
72106_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378      AGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGAG
72106_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378            AACTCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72106_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_703/1-378          AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATGGTCGAG


72106_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378           CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
72106_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTT
72106_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378            CGCTTGTTGTAATGAGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72106_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_703/1-378          CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC


72106_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378           ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
72106_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378      ACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTGT
72106_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378            ACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGATGCACTTGC
72106_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_703/1-378          ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC


72106_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378           TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
72106_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378      TTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTTA
72106_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378            TTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72106_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_703/1-378          TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG



72106_0.aln

RNAz output


############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  85.42
 Mean single sequence MFE: -126.99
 Consensus MFE: -102.32
 Energy contribution: -106.07
 Covariance contribution:   3.75
 Mean z-score:  -1.73
 Structure conservation index:   0.81
 SVM decision value:   0.52
 SVM RNA-class probability: 0.768080
 Prediction: RNA

######################################################################

>72106_SINFRUG00000141037_FUGU_315_691/1-378
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
.....(((((..((((((..((((..(((...(((((.((((((((((((((((((.(((((((((...)).)))....(((((.(((.((.........))))))))))..))))((((((((......)))))))))))))))..((((((..(((.(((.((((((((...(((((....)))))))))..)).)).))).))).))))))......))))))))))).))))).)))...).)))..))))))......(((((((..(........)...))))))))))))... ( -125.80)
>72106_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_292_667/1-378
ACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUUA
....((((...((((((..(((.((.......((((.(((.(((((((((((((((((((...((((.....))))(((((((.(.((((((.(.((((....)))).))))))).).)))))))......)).))))))))))..((.((((((((((((.((.....((..(((((....)))))..)).....)).))))))).....))))).))))))))).))).))))........)))))..))))))......(((((((..((.......))..)))))))..)))).. ( -113.26)
>72106_ENSRNOG00000021192_RAT_339_714/1-378
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAACUCCCCGGGAAGCAACAGACGCACCGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGAGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUUAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGAUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
....(((((..((((((..((((...((...(((((..((((((((.((((.(((..((((...(((((((.....((((((......))))))....)))))))..((.((((((((((((..(((((...(.((.(((((...))))).))).))))))))))))).((..(((((....)))))..)).......)))).)).))))..)))))))..))))))))..))))).)).....))))..))))))(((......((((((........))))))...))))))))... ( -127.00)
>72106_ENSMUSG00000054856_MOUSE_328_703/1-378
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
....(((((..((((((..((((..(((...(((((.((((((((((((((.(((..((((..((..((((((((((((((((.((((((((.(.((((....)))).))))))))).)))))))))))....(((..((((((....)))))).)))(((.(((((......(((....))).))))).)))..)))))..))..))))..)))))))).))))))))).))))).)))....))))..))))))(((......((((((........))))))...))))))))... ( -141.90)
>consensus
_ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAACCGAGUAGCUCUCCUUCCGGCUGCGACGGCGCUUCUUA
.....(((((..((((((..((((..(((...(((((.((((((((((((((((((((((((((.....))).(((((((((((.(.((((((...((((....))))..)))))).).)))))))))))..)).)))))))))).(.((((...(((.(((.((.....((..(((((....)))))..)).....)).))).)))...)))).)....))))))))))).))))).)))....))))..))))))......((((((((...(......)..)))))))))))))... (-102.32 = -106.07 +   3.75) 

72106_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

Secondary Structure Dot Plot
PS | PDF PS | PDF
Stefan Washietl
Last modified: Thu Aug 12 14:35:44 CEST 2004