Index >

Results for CNB 407017_4

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


407017_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             --TTTTA-CTGGATGTGAG-----AGCG----CTCT------TGGTCTTAGGAGTGA---
407017_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            --TTTTA-CTGGATGTGAG-----AGCA----CTCT------TGGTATTAGGAGTGA---
407017_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           GGTTTCAGCTGCACAAGAGGAGGCAGCGTGGCCCCTAACATTGGCCCCTCTGAGTGATTG
407017_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          --TTTTA-CTGGATGTGAG-----AGCA----CTCT------TGGTATTAGGAGCGA---
407017_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      --TTTCA-CTGTATTTGAG-----AGCG----CGCT------GGCCCTTCCAAATGA---


407017_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             -CTCACCACAAACCCACCCTTCCCAATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTAAGC
407017_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            -CTCACTGAAAACCTTCCTAACCCAATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTAAGC
407017_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           AATAACTGAGGACCCCGCAGTCCAAATAACAAGGCTCGCATCATTTATGCATTGTTAAGC
407017_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          -CTCACTGCAAACCTTCCTATCCCAATAACAAGA-TCACATCATGTATGCATTATTAAGC
407017_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      -ATTACCGTAGACCCCACAGTCCAAATAACAAGACTCGCATCATTTATGCGTTGTTAAGC


407017_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             CACATAATTGAA-CGGTCCATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGCTT
407017_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            TACATAATTGAA-CAGTCTATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGCTT
407017_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           CATGTAATTGAAACCAGCCATAGTTTGCATATTACACCATTAAAATAATGTGCTTTGCGT
407017_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          TACATAATTGAA-CAGTCTATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAATGTGTTTTGCTT
407017_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      CATGTAATTGAA-CGATCCATAGTTTGCATATTATACCATTAAAGTAATGTGCTTTGGTT


407017_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             TTCTCTGAACACGTATTGTTCAAGCCTCTGCGAGTATGTAGTGATTCTGATAATTACCTC
407017_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            TTCTCTGAACACGTATTGTTCAAGCCTCTGCGAATATGTGGTGATTCTGATAATTATCAC
407017_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           TTCTCCCAACACG-ACTATTTAAGCCTGTGTGGCGATGTGGTAATTCCTTGAATTACTGC
407017_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          TTCTCTGAACACGTATTGTTCAAGCCTCTGCGAATATGTGGTGATTCTGATAATTATCAC
407017_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      TTCTCCCAACACG-ACTATTTAAGCTTCTGTGGCGTTGTGGTAATTCTCTGAATTACAAC


407017_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455             CA-AACTACTGCAAA
407017_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455            CA-AATTACAGCAAA
407017_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455           CT-AATTACCACAA-
407017_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455          CA-AATTACAGCAAA
407017_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455      CTTAATTGCCATAAA

407017_4.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 255
 Mean pairwise identity:  77.02
 Mean single sequence MFE: -57.53
 Consensus MFE: -16.96
 Energy contribution: -18.64
 Covariance contribution:   1.68
 Mean z-score:  -2.00
 Structure conservation index:   0.29
 SVM decision value:   0.65
 SVM RNA-class probability: 0.811535
 Prediction: RNA

######################################################################

>407017_ENSG00000184486_HUMAN_1441_1832/1-455
UUUUACUGGAUGUGAGAGCGCUCUUGGUCUUAGGAGUGACUCACCACAAACCCACCCUUCCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCCACAUAAUUGAACGGUCCAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAGUAUGUAGUGAUUCUGAUAAUUACCUCCAAACUACUGCAAA
......((((.(((((((((((((((....)))))))).))).........................((..(((((..((((..((((((((........))))(((((((((..((((((((.....)))))))).......((((((((...........))))))))))))))))).....))))..))))..)))))..))....)))).))))............ ( -53.20)
>407017_ENSRNOG00000006908_RAT_1055_1446/1-455
UUUUACUGGAUGUGAGAGCACUCUUGGUAUUAGGAGUGACUCACUGAAAACCUUCCUAACCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCUACAUAAUUGAACAGUCUAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUAUCACCAAAUUACAGCAAA
........((((((((((((((((((....)))))))).)))...(((....))).................)))))))(((((.((........)))))))..(((((((((..((((((((.....)))))))).......((((((((...........))))))))))))))))).....(((.......(((((((..........))))))).......))).. ( -58.74)
>407017_SINFRUG00000149835_FUGU_6576_7027/1-455
GGUUUCAGCUGCACAAGAGGAGGCAGCGUGGCCCCUAACAUUGGCCCCUCUGAGUGAUUGAAUAACUGAGGACCCCGCAGUCCAAAUAACAAGGCUCGCAUCAUUUAUGCAUUGUUAAGCCAUGUAAUUGAAACCAGCCAUAGUUUGCAUAUUACACCAUUAAAAUAAUGUGCUUUGCGUUUCUCCCAACACGACUAUUUAAGCCUGUGUGGCGAUGUGGUAAUUCCUUGAAUUACUGCCUAAUUACCACAA
(((((..((.((((((((((.(((...(((........)))..))))))))..(((((((...(((((.((((......)))).........((((.(..(((....(((((.(.....).)))))..)))..).)))).)))))..)).))))).............)))))...))(((......)))..........)))))..(((((..(((..(((((((...)))))))..)...))..))))). ( -68.10)
>407017_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1366_1756/1-455
UUUUACUGGAUGUGAGAGCACUCUUGGUAUUAGGAGCGACUCACUGCAAACCUUCCUAUCCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCUACAUAAUUGAACAGUCUAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUAUCACCAAAUUACAGCAAA
........(((((((........((((...((((((((......)))......)))))..))))........)))))))(((((.((........)))))))..(((((((((..((((((((.....)))))))).......((((((((...........))))))))))))))))).....(((.......(((((((..........))))))).......))).. ( -55.63)
>407017_ENSDARG00000026918_ZEBRAFISH_7280_7673/1-455
UUUCACUGUAUUUGAGAGCGCGCUGGCCCUUCCAAAUGAAUUACCGUAGACCCCACAGUCCAAAUAACAAGACUCGCAUCAUUUAUGCGUUGUUAAGCCAUGUAAUUGAACGAUCCAUAGUUUGCAUAUUAUACCAUUAAAGUAAUGUGCUUUGGUUUUCUCCCAACACGACUAUUUAAGCUUCUGUGGCGUUGUGGUAAUUCUCUGAAUUACAACCUUAAUUGCCAUAAA
.((((....(((((..((.((....)).))..)))))((((((((...(((.((((((......((((((....(((((.....)))))))))))(((..(((......)))....((((((.(((((((((.........))))))))).((((.......))))...))))))....))).)))))).)))..))))))))..))))...................... ( -52.00)
>consensus
__UUUUA_CUGGAUGUGAG_____AGCG____CUCU______UGGUCUUAGGAGUGA____CUCACUGAAAACCCCCCAAUCCCAAUAACAAGA_UCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCCACAUAAUUGAA_CAGUCCAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUACCACCA_AAUUACAGCAAA
.........................((..............................................................(((((..(((((((..(((((........))...)))..)))........((((((((.....))))))))........)))))))))........((((((.....)))))).))...........((((((((((.((...........)).)))))))))).. (-16.96 = -18.64 +   1.68) 

407017_4.rnaz

RNAalifold consensus structure

PS | PDF	PS | PDF