Divergence of Conserved Non-Coding Sequences: Rate Estimates and Relative Rate Tests
Günter P. Wagner, Claudia Fried, Sonja J. Prohaska, Peter F. Stadler

Table A1: Phylogenetic Footprints in HoxA clusters computed using tracker.
Alignment HfM   PsA   XtA   HsA   MmA   RnA  
1 231 44             68025 44    
2 366 40                 9232 40
3 873 34             142281 34    
4 1259 34             75596 34    
5 2484 33                 62889 33
6 3115 29             144182 29    
7 3734 81         20391 84     65933 27
8     2900 47         10014 34 34916 24
9         2579 64     15730 77    
10         7946 58     106392 63    
11         8165 33         116 33
12         9609 26 33587 26        
13         9625 23 35628 23        
14         9850 44         5032 44
15         9921 31 41311 31        
16         9982 25     20540 25    
17         12164 36     24872 36    
18         15705 31     109944 31    
19         16088 26         5551 26
20         17967 56         10978 50
21         19856 35 43866 35        
22         20831 23         55851 23
23         21294 24         59587 24
25         24378 28     31461 28    
26         31322 33         22302 33
27         31404 38     129274 38    
29         32365 65     84841 68    
32     5805 37         22516 37    
33     6781 61         26022 62    
34     9491 32 258 32            
35     12096 32             44927 32
36     13087 65         34165 65    
37     15013 24 2116 24            
38     17219 47         70844 45    
39     18089 39 3642 35            
40     21491 38 9223 38            
41     21731 139 31769 48 3222 115 93533 67 49057 60
43     23247 250     4618 248 94182 248 50309 248
44     23498 57     4878 57 94442 57 50569 57
46     24842 165     7024 158 96629 158 52699 158
47     25048 26     7213 26 96818 26 52888 22
48     26090 30     8623 29     54126 33
49     26144 44     8688 43     54196 43
50     29987 229     13112 228 102326 223 58421 223
51     32913 37 5236 37            
52     35561 60     13851 60        
53     43897 61 11838 55            
54 3931 23 44043 23                
55 4642 25             92161 25    
56 5239 44 9524 44                
57 5668 31                 13992 31
58 5901 75         28483 75        
59 5949 23         4134 23        
60 6245 28                 93547 28
61 6474 129     24970 137 45103 138 145167 106 104986 106
62     45688 67     14823 67        
63     60031 34         126380 34    
64     61992 147 12294 145            
65     62235 21 12530 21            
66     67662 44 13781 44            
67     69213 66             82332 61
68     69904 31         130576 31    
73     79489 31         142940 31    
74     85023 41             97803 41
75     87787 37 32162 39            
76     91412 41     31585 41        
77     91590 34     34164 34        
78     91930 33     36430 33        
79     96320 33             98060 33
80     110121 52             102252 39
81     118559 37             107131 37
82 6766 50 123822 41 25250 47 45433 51 145485 30 105297 30
83 9052 48               34433 48
84 11912 26 24417 99     6297 99 95907 99 51909 99
85 12706 53 93728 49                
86 13194 128 128724 124 33573 75 53810 88 153292 73 113151 73
87         34310 21         40311 21
88 16120 61 130136 60 35234 35            
89 16196 94 130211 97 35295 81            
90         37258 32 58221 31 157705 26 118137 32
91         37776 112 58895 113 158410 65 118774 111
92         37897 12 59019 12        
93     133081 24 38158 23            
94 19132 113 133157 133 38213 145 59469 150 158937 138 119392 144
95         38424 17     159146 18    
96         38457 32     159187 32    
100         43684 21         119713 21
101         44767 24 62304 24        
104 27606 116 139822 218 45137 170 68084 219 167782 185 128087 210
105         49345 11 70485 10        
106         49365 89 70504 83 170137 90 130424 83
107 29793 160 141653 165 49460 175 70661 173 170296 175 130581 173
108 34423 80 145837 58     75337 82 174918 66 135211 66
109         54325 38     175278 41    
110     146188 89 54408 136 75799 140 175411 111 135673 137
111 35034 85 146436 78 54622 73 76055 66 175616 78 135905 79
112 37278 59     51672 56            
113 39229 58     52449 61            
116     148412 59         177205 46 137494 59
117         54706 37 76127 37 175703 35 135993 27
118     149568 12 59484 34 81560 32 181143 29 141479 29
119 43120 116 149591 119 59530 119 81610 115 181192 114 141528 113
120         62146 44     184539 36 144812 44
121 46400 43     62464 123 85233 124 184849 125 145127 124
122 46546 26         85435 24 185064 14 145341 14
123 46579 213 153511 215 62728 187 85477 189 185094 190 145371 190
124 47540 118 154149 105 63324 114 86411 116 186028 113 146438 111
125 48333 30   64972 33 87347 39 186914 32 147346 43
126 52962 356 156742 224 67251 352 90123 382 189661 405 150190 435
127         69151 38 92727 41        
128         69813 70 93441 63 193000 65 153670 65
129 56958 94     70634 93 94193 53 193747 56 154449 51
130     158475 126 69206 150 92785 160 192371 132 153047 115
131 57228 226 160242 226 70976 214 94466 223 194005 209 154710 210
132 57682 31         94837 31 194376 30 155081 30
133 59398 50     72129 50            
135     160958 31 71368 31            
137     165175 39             155777 39
138         77609 11         163615 10
139         77684 58 103560 59 203028 45 163687 45
143     167384 26             156296 26
145 62147 62     73862 61 99258 54 198607 54 159294 54
146 62226 107 162086 79 73938 113 99320 115 198669 115 159356 115
147 64887 42 161405 42                
148 66397 22 165572 22                
149 66442 263 165611 263 77306 238 103200 221 202656 272 163315 272
150 66915 32     77774 37 103652 40 203109 40 163762 32
151 67795 54                 164177 54
152 71706 222 168484 214 82096 221 108003 222 207337 222 168019 222
153 74307 24             211362 25    
154 74397 30 170824 32 84875 91 111936 92 211402 86 172811 83
155 74445 59 170872 50 84995 32 112037 42 211502 46 172907 47
156 74514 273 170948 253 85051 265 112101 272 211568 271 172971 277
157 76119 11         114171 11 213634 12 175239 13
158 76137 66         114197 56 213664 57 175264 66
159 76215 286 172865 258 86966 149 114264 307 213732 317 175341 326
160 76530 47 173138 72     114585 62 214063 72 175681 72
161 76627 83 173231 125     114670 123 214153 123 175771 123
162 76740 88 173382 82     114894 44 214367 36 175994 36
163 77370 22 173881 21                
164 77534 357 173989 398 87858 354 115437 480 214966 406 176591 408
165 78765 105     88843 100 116698 106 216103 91 177704 72
167         90854 30 119227 31 218555 16 180183 24
168 81937 76 175409 135 90902 178 119276 176 218593 174 180226 160
169         91223 34         180552 34
170 82436 333 175886 126 91421 297 119799 314 219121 306 180759 299
171 84822 235 177482 244 92529 238 121972 260 221207 257 182870 255
172 85596 98     93186 122 122775 120 222014 115 183669 123
174         93334 27 122948 26        
175 87651 77     95930 72            
176 87744 115 179530 91 96017 124 125173 76 224417 72    
177 89930 34                 179729 34
178 91064 132         128822 129 227852 127 188875 128
179 91507 81     98983 78 129461 79 228476 56 189435 82
180 91596 49     99069 50 129556 44 228568 46 189542 43
181 92853 91 182503 59 100686 45 131248 89 230361 77 191356 80
182 93216 84     101061 16 131592 77 230687 58 191691 66
183 93311 53     101120 28 131680 42 230776 44 191788 54
184 93372 115     101166 100 131766 85 230871 85 191901 58
185     183073 42         235777 42    
187     186107 63     129630 63        
188 98246 67 186333 129     136878 140     196255 79
189 98409 129 186496 57 105157 125 137066 111 235519 94 196402 105
190 98855 188 186937 118 105708 205 137513 170 235971 154 196861 166
192 99105 106 187224 63 105998 99 137817 80 236285 80 197166 81
193 100021 120 187870 109 106544 66            
194 100163 12 188003 11                
195         107831 15     238878 15 199808 15
196 101931 276 189075 65 107890 211 140542 277 238940 219 199866 273
197 102591 71 189635 73 108768 57 141730 37 239960 38 200883 38
198 102687 133 189732 133 108978 129 141955 104 240188 85 201110 85
199 102844 14 189892 14                
200 102907 280 189952 253 109290 181 142331 191 240515 189 201409 189
201 105041 196 191239 126 110494 213 144051 217 242219 222 203067 204
202 106120 237 192001 208 111798 221 145095 245 243298 228 204178 228
203     196002 67     148228 70        
204 109870 373 196379 69 117922 364 148351 349 246505 376 207392 364
206     196544 24         246949 21 207814 30
207 110397 49 196625 49     148901 40 247019 69 207896 66
208 112894 117 198558 160 120693 212 151182 178 249198 203 210054 211
209 113355 59 199175 64                
210 113534 69 199366 75                
211 113619 198 199544 137 121931 215 152783 156 250845 159 211655 163
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