Table 1

Clustal W alignment scores of Fugu gene models (columns) with known Hox proteins (rows).

127656 127657 131831 131832 131834 131837 131931 131935 138803 138806 140621 144849 144857 144860 144863 144864 144865 144868 155456 155459 155461 155464 155466 155467 158784 158786 159064 159068 159069 159070 159071 159072 159074 159080 159083 159086 159093 Fuhoxa11a.fa 088064 088066 088069 088072 088073 088075 088076
hoxA10b_AL645795.fa 16 12 17 23 26 45 30 15 56 7 19 20 19 12 16 20 19 16 19 25 22 19 30 94 18 20 3 20 23 14 16 23 21 23 84 14 13 19 60 16 1 20 12 27 22
hoxA11a_AF071240.fa 16 15 14 16 22 19 22 15 50 4 14 18 15 14 16 19 19 16 16 21 18 13 26 70 16 25 4 13 23 15 14 20 15 21 41 15 11 65 20 14 3 21 4 22 60
hoxA11b_NM_131147.fa 22 15 20 19 20 24 24 11 52 14 24 21 18 16 18 18 16 16 18 24 20 14 22 71 16 24 3 16 23 14 15 22 18 24 43 14 15 69 24 13 5 16 5 26 65
hoxA13b_AF071242.fa 17 9 13 18 20 19 23 57 43 8 16 21 15 14 15 13 16 18 19 18 16 16 20 57 51 18 1 18 23 17 18 21 15 17 36 68 8 20 19 17 6 77 5 18 21
hoxA1a_AF071243.fa 16 8 19 23 19 16 23 14 64 19 21 23 19 6 23 30 28 20 23 23 26 18 17 57 16 22 4 58 42 21 21 27 23 20 40 13 18 16 20 19 4 9 4 19 17
hoxA1a_AJ306430-l.fa 16 14 18 23 23 17 23 14 64 22 20 23 18 6 22 31 27 19 23 23 26 17 17 57 16 22 4 63 43 21 20 27 22 21 40 13 19 16 19 18 4 11 4 19 16
hoxA1a_AJ306431-s.fa 14 16 17 22 21 18 20 17 64 21 20 22 21 6 24 30 29 25 22 23 25 19 21 57 17 20 1 59 43 23 20 28 22 21 40 10 14 15 18 18 6 17 4 21 16
hoxA2b_AL645795.fa 16 12 22 29 14 14 21 15 73 8 17 24 21 12 20 19 16 47 24 27 20 15 21 63 11 14 3 22 71 71 23 30 15 21 39 12 15 11 17 66 5 15 6 22 16
hoxA3a_AF071245.fa 15 16 46 29 19 18 23 13 91 11 18 23 19 17 41 26 17 19 27 32 24 15 20 61 13 15 8 18 28 19 67 28 17 14 36 12 14 14 16 22 4 15 5 18 18
hoxA4a_AF071246.fa 17 11 27 45 20 21 23 18 71 8 34 27 28 35 27 22 24 22 52 32 22 26 25 63 15 20 4 23 31 25 26 76 31 23 39 13 18 19 22 20 2 17 10 20 17
hoxA5a_AF071247.fa 18 7 28 37 25 24 23 22 73 7 46 29 48 16 33 29 26 25 32 37 31 28 26 63 16 22 1 24 27 24 29 34 60 25 43 17 21 22 25 24 4 18 3 22 22
hoxA9a_AF071248.fa 25 11 22 23 38 28 40 18 64 11 21 27 25 9 20 20 25 22 21 29 24 23 41 80 20 20 8 21 26 22 22 24 27 54 53 13 13 23 31 17 4 17 5 40 20
hoxA9b_AF071249.fa 20 6 18 21 37 27 40 20 64 7 25 26 18 15 24 19 14 19 18 25 22 19 43 85 21 16 4 17 23 19 25 23 26 47 55 14 14 29 26 18 3 21 4 52 22
hoxA9b_AL645795.fa 21 7 23 16 40 28 38 19 61 7 22 25 19 8 23 20 13 19 18 22 21 19 46 82 21 16 3 21 21 20 26 21 26 47 54 15 14 28 28 17 3 20 9 51 19
hoxA9b_NM_131533.fa 20 6 18 21 37 27 40 20 64 7 25 26 18 15 24 19 14 19 18 25 22 19 43 85 21 16 4 17 23 19 25 23 26 47 55 14 14 29 26 18 3 21 4 52 22
hoxB1a_AL645782.fa 15 12 20 27 17 16 21 15 68 40 19 23 20 18 23 33 51 18 20 28 23 18 19 56 13 17 1 37 36 19 17 27 18 20 40 14 15 14 16 15 12 18 18 25 20
hoxB1b_AL645798.fa 14 16 20 21 19 19 23 17 66 32 19 18 22 18 24 33 40 19 26 30 21 18 24 56 15 22 5 32 36 19 16 26 15 19 36 14 15 15 19 18 6 16 4 20 22
hoxB2a_AL645782.fa 16 8 23 25 16 15 23 14 73 10 14 21 15 12 22 20 19 61 24 25 23 15 19 63 13 18 8 22 56 51 20 26 17 21 45 13 16 11 16 42 3 17 12 21 17
hoxB4a_AL645782.fa 20 8 26 52 23 24 23 20 73 10 36 29 34 69 32 25 22 26 50 32 26 24 20 59 19 18 2 25 30 25 29 53 31 23 37 16 22 19 24 22 2 15 3 22 19
hoxB5a_AL645782.fa 19 11 25 36 22 23 26 18 73 13 71 35 60 12 29 25 22 21 29 40 27 28 22 63 17 20 1 24 26 18 28 39 51 22 44 12 18 21 21 21 3 16 3 27 20
hoxB5b_AL645798.fa 18 11 24 34 19 22 20 18 73 11 68 32 53 18 30 26 19 22 32 40 33 27 20 63 19 20 1 22 27 19 27 34 49 21 44 18 19 25 23 19 8 17 3 23 18
hoxB6a_AL645782.fa 16 5 23 33 28 23 26 26 68 6 64 35 65 16 29 25 24 26 30 35 44 34 25 66 18 17 1 25 23 21 25 40 32 25 43 16 22 28 22 21 3 21 3 23 21
hoxB6b_AL645798.fa 15 4 27 33 20 25 27 23 66 4 65 38 58 20 29 27 24 24 31 28 44 33 30 68 16 16 9 26 28 24 25 35 34 28 46 12 18 25 31 21 1 22 6 23 17
hoxB7a_AL645782.fa 17 11 29 33 27 22 21 22 68 14 33 36 33 12 30 27 27 24 27 31 36 37 22 64 16 17 1 24 26 24 25 30 35 23 39 16 19 20 21 22 5 22 9 26 19
hoxB8a_AL645782.fa 18 8 20 28 21 25 23 16 59 7 35 89 35 9 21 19 23 19 23 30 33 56 29 68 16 19 3 22 21 18 24 32 32 26 45 11 12 24 21 20 4 22 7 25 15
hoxB8b_AL645798.fa 19 10 23 27 22 23 27 19 59 12 33 66 36 11 21 19 26 31 25 30 32 48 23 68 18 16 3 24 23 19 21 27 29 17 44 12 18 21 23 17 4 16 6 24 17
hoxB9a_AF071256.fa 27 11 22 23 41 32 70 20 64 5 23 29 22 8 22 18 21 23 20 21 22 25 47 82 23 23 3 25 23 20 22 23 25 43 56 16 11 20 31 21 3 21 4 36 24
hoxC11b_AF071259.fa 50 8 43 38 54 60 56 46 50 2 43 43 42 4 42 38 38 42 40 42 40 43 53 71 46 46 15 40 39 40 43 40 40 56 56 32 33 84 57 39 5 50 7 56 88
hoxC12b_AF071260.fa 39 11 12 12 19 20 19 16 49 9 22 21 20 4 21 21 18 15 15 21 20 13 21 63 15 54 2 14 21 16 15 19 18 19 38 13 13 22 19 16 1 21 6 22 15
hoxC1a_AJ306432.fa 18 14 20 23 20 18 22 18 64 10 20 23 25 5 19 24 26 18 20 28 20 17 21 57 11 18 5 28 36 19 17 29 19 13 43 15 11 15 18 19 3 17 5 19 16
hoxC3a_NM_131182.fa 10 9 28 23 20 20 22 14 77 8 25 24 25 12 25 16 24 21 28 24 19 16 23 61 14 12 6 20 25 21 23 27 27 18 45 9 18 20 22 20 2 16 7 19 16
hoxC4a_AF071264.fa 17 10 24 51 23 24 23 16 71 6 32 27 29 41 25 20 21 28 87 32 25 21 21 61 17 16 2 25 32 23 26 53 31 21 39 13 20 18 22 22 3 19 3 22 17
hoxC5a_NM_131144.fa 11 12 26 31 24 23 23 20 71 11 39 22 37 10 32 28 24 22 28 51 28 28 21 63 19 18 2 28 27 22 30 29 40 21 40 15 16 20 21 22 4 18 3 19 21
hoxC6a_AF071265.fa 17 5 27 31 22 23 22 19 66 12 41 30 41 6 27 22 25 23 28 33 81 32 23 64 18 16 1 25 27 25 25 31 34 18 41 16 15 19 16 24 7 19 6 16 14
hoxC6b_AF071266.fa 12 7 21 29 22 23 23 20 64 7 41 32 40 8 24 22 25 23 27 28 70 29 25 61 20 21 2 23 25 22 25 27 29 24 40 14 13 22 24 22 3 18 3 18 17
hoxC9a_AF071267.fa 23 10 22 24 50 31 47 20 63 13 25 27 26 12 25 23 20 21 20 32 20 25 80 82 19 19 8 23 28 20 20 26 23 46 55 18 18 25 31 19 1 23 4 39 23
hoxD10_X87750.fa 20 11 14 23 27 64 22 12 56 12 20 25 20 14 16 22 14 16 20 29 27 13 29 92 15 19 3 18 26 14 15 24 19 26 82 15 11 16 44 16 7 20 4 30 22
hoxD11_X87751.fa 22 11 17 18 20 23 22 12 47 10 19 19 19 17 15 16 19 18 20 18 19 17 17 70 22 24 4 20 23 18 17 25 18 23 44 14 11 49 23 12 1 17 18 22 49
hoxD13_X87752.fa 21 11 12 17 18 21 14 35 47 7 23 20 20 4 10 10 19 12 16 18 17 17 17 56 38 20 4 21 17 10 14 18 18 12 35 30 12 19 17 10 3 35 4 18 19
hoxD4a_AY168642.fa 19 7 25 72 22 25 23 11 73 11 39 28 35 35 29 25 23 25 52 31 28 26 26 59 19 17 8 25 28 23 27 51 35 24 39 6 19 20 22 20 4 16 3 22 18
HShoxA10_AF040714.fa 27 20 16 23 23 45 33 19 56 11 23 31 20 16 14 20 16 15 23 27 22 18 32 94 18 24 3 18 28 15 14 27 16 30 90 20 12 16 50 16 5 22 9 30 26
HShoxA11_AF071164.fa 24 14 17 17 23 19 24 14 52 11 19 22 22 16 15 16 17 16 17 23 13 17 24 71 19 20 3 9 20 13 15 27 16 22 43 20 15 62 18 14 5 18 5 23 61
HShoxA13_U82827.fa 19 12 11 18 19 16 24 56 43 10 14 24 14 16 14 20 16 12 17 20 11 16 22 56 50 22 5 20 24 9 12 23 15 21 35 65 8 15 19 14 10 66 4 20 25
HShoxA1_U10421.fa 17 8 21 29 26 17 28 14 66 27 19 27 21 11 23 33 34 20 22 22 25 16 22 59 16 16 8 61 43 19 18 29 19 21 44 17 15 15 15 14 7 16 4 23 20
HShoxA2_NM_006735.fa 19 11 22 28 16 15 23 15 73 11 15 27 15 14 18 20 18 47 23 28 19 17 22 63 14 13 5 20 68 65 21 34 17 18 39 12 13 10 16 60 6 16 7 21 18
HShoxA3_NM_030661.fa 20 12 49 29 20 19 23 15 91 11 17 25 18 18 48 40 15 22 26 30 24 15 24 61 14 16 9 20 32 20 62 29 16 20 37 14 18 10 18 23 4 17 9 23 20
HShoxA4_NM_002141.fa 21 6 22 45 20 18 24 15 71 10 31 29 26 36 26 27 21 21 46 36 25 20 21 63 15 18 1 24 32 22 23 54 29 21 41 10 19 16 20 21 3 18 6 26 16
HShoxA5_NM_019102.fa 21 11 26 36 21 21 26 19 73 8 56 36 50 17 26 22 26 22 30 42 34 27 26 63 18 22 1 23 29 22 26 37 61 24 41 17 17 22 24 21 9 20 3 24 22
HShoxA6_NM_024014.fa 15 10 28 29 27 27 26 17 68 8 49 35 48 13 29 23 23 26 34 34 48 36 25 66 18 15 1 24 29 24 25 30 36 28 47 9 18 24 27 23 5 19 3 24 23
HShoxA7_AF026397.fa 18 6 24 29 26 21 27 21 70 10 34 41 40 6 30 26 26 24 30 30 36 36 29 64 18 18 1 28 27 26 25 31 39 32 40 10 21 14 23 23 7 11 7 17 21
HShoxA9_U82759.fa 19 13 21 20 45 29 45 16 63 5 26 28 22 16 21 21 22 22 19 29 22 25 49 84 20 20 8 21 26 19 21 24 22 51 58 15 18 22 28 21 3 20 4 44 21
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HShoxC9 HFhoxA13 HShoxB3 HShoxA10 hoxA1a HFhoxA5 HFhoxA13 hoxA9b
HShoxD9 HShoxD3 HShoxC10 HShoxA1 hoxC11b
HFhoxA9 HFhoxA3 HShoxD10
FUhoxC9 HFhoxA10
FUhoxA10
Best guess D12 (evx2) D3 D4 D9 D10 B9a B13a B3b B1b B5b B8a B5a B4a B3a B3a' B1a B2a C4a C5a C6a C8a C9a C10a C13 C12 (nex10) A1a A2a A2a' A3a A4a A5a A9a A10a A13a (evx-1) A11a A10b A2b (3hbd) A13b (nex10) A9b A11b